光绪七年，命署两江总督，再疏力辞，乃以左宗棠代之。留督江、海防如故。言者议长江提督宜驻吴淞口外，玉麟疏言：“江南提督责在海防，请多畀兵轮，使立一军於海上。长江提督责在江防，请仍由臣督同巡阅，改驻吴淞，会操兵轮，以通江、海。”九年，擢兵部尚书，以衰病辞。
会法、越构兵，命赴广东会筹防务。玉麟募四千人从行，驻大黄。遣部将王之春、黄得胜等防琼州、钦州、灵山，娄云庆、王永章等驻沙角、大角，与粤军联合。增兵设垒，编沙户渔舟，分守内沙港汊。法兵竟不至。十一年春，粤军大捷於镇南关，进攻谅山。和议旋成，停战撤兵。玉麟疏请严备战守，以毖后患，陈海防善后六事。是秋，以病乞休，温诏慰留。十四年，扶病巡阅。至安庆，巡抚陈彝见其病笃，以闻，诏允开缺回籍，仍留巡阅差使。十六年，卒，年七十五，赠太子太保，依尚书例赐恤，建专祠立功地，谥刚直。
玉麟刚介绝俗，素厌文法，治事辄得法外意。不通权贵，而坦易直亮，无倾轧倨傲之心。历奉命按重臣疆吏被劾者，於左宗棠、刘坤一、涂宗瀛、张树声等，皆主持公道，务存大体，亦不为谿刻。每出巡，侦官吏不法辄劾惩，甚者以军法斩之然后闻，故所至官吏皆危栗。民有枉，往往盼彭公来。朝廷倾心听之，不居位而京察屡加褒奖，倚畀盖过於疆吏。生平奏牍皆手裁，每出，为世传诵。好画梅，诗书皆超俗，文采风流亦不沫云。
杨岳斌，原名载福，字厚庵，湖南善化人，原籍乾州。祖胜德，乾隆末，从剿苗，战殁永绥。父秀贵，以荫官至直隶独石口副将。岳斌幼娴骑射，补湘阴外委，从剿新宁匪。
咸丰二年，守湘阴有功，擢宜章营千总。三年，曾国藩创立水师，拔为营官。战岳州，水陆皆溃，独岳斌一营力拒不败。四年，战湘潭，焚贼舟数百，复其城，擢守备，赐花翎。国藩重整水师，进规岳州。岳斌与彭玉麟为前锋，伏船雷公湖，诱贼舟至，夹击，连战皆捷；贼再至，沿东岸斜击之，手挺矛刺杀贼酋在汪得胜，夺其舟，贼无还者：擢都司，赐号彪勇巴图鲁。进战擂鼓台，乘舢板冲贼屯纵火，贼阵乱，大破之，克岳州，擢游击。总兵陈辉龙率后队至，狃前胜，欲乘风攻城陵矶。岳斌曰：“顺风难收队，不可行也。”不从，遇贼伏，竟败。辉龙及知府褚汝航、同知夏銮、游击沙镇邦皆战死，岳斌军独完。既而贼为陆师所败，将遁，要击之，平两岸炮台，搜螺山、倒口贼舟。寻夜袭嘉鱼黄盖湖，岳斌先入，被火伤，舟覆落水，跃上别船，大呼陷阵，焚贼舟数十。遂会湖北军进屯金口，破汉阳关贼营，攻塘角，至青山，焚其垒，贼遁，焚其辎重。武昌、汉阳皆复，擢参将，授湖南常德营副将。诸军进规田家镇，岳斌由中路先发，克黄州及武昌县，破援贼於蕲州，逼田家镇，偕彭玉麟分队毁横江铁锁，焚贼船四千馀皆尽，漂尸数万，遂拔田家镇，蕲州贼亦遁去。岳斌昼夜进战，积劳呕血，诏嘉其劳勚最著，加总兵衔。
五年，水陆会攻九江，岳斌以疾留武穴，寻假归。水师恃胜锐进，前队舢板入鄱阳湖，贼树栅湖口扼之，不得出，而留九江者，亦屡为贼所袭。岳斌闻败，驰救不及。贼复上犯，武、汉再陷。曾国藩分水师回援，令岳斌回岳州，增募为十营，会屯金口，屡败贼。秋，退屯新堤，修船，汰疲卒十之三，简练以图大举。自武、汉为贼踞，长江商旅皆绝。及水师驻新堤，流亡归之，市廛始兴，渐为重镇。授郧阳镇总兵，兼署湖北提督。六年，进屯沙口，距武昌三十里。岳斌念贼舟往来长江，停则依垒，行皆乘风，恒避战，难得大创，乃谋袭烧之。募壮士驾千石大船，实硝黄芦荻，施火线。约曰：“近贼而发，急登舢板退。”应募者三百人，悬重赏。夜逼贼舟，於南岸嘴纵火，於是贼舟能战者多烬。前军直至黄州，旬日间转战数百里，击毁贼舟六百馀，夺其资粮火药，哨船掠巴河、蕲州、耀兵九江城下而还。武、汉水路援绝，乃益困。十一月，与李续宾陆师合攻。值大风扬沙，波涛汹涌，水师上下环击，贼大溃败走。二城同日克复，捷闻，加提督衔。
进规九江，曾国藩以忧归，荐岳斌接统其军，彭玉麟副之。分兵扼蕲州，破援贼。秋，会陆军克小池口，密与彭玉麟约期会攻湖口，克之。於是内湖外江水师始复合。乘胜夺小孤山，克彭泽，留军屯之。自率前锋至望江，贼望风遁，遂复东流。过安庆，攻枞阳、大通贼垒，克之。复铜陵，至芜湖鲁港，与江南师船会。诏嘉其转战千里，谋略过人，寻授福建陆路提督，许专摺奏事。八年四月，与李续宾会攻九江。岳斌当北门，临江地雷发，奋呼齐登，擒贼首林启荣，逸出之贼，尽为水师所歼，赐黄马褂。