初，曾国藩军饷多倚江西。葆桢以本省军事方殷，奏留自给。江宁前敌需饷亟，而江西协解不至，国藩疏争。御史华祝三亦疏言两人龃龉，虑误大局，诏两解之，命各分其半，别以江海关拨款济江南军。三年，大军围江宁急。贼聚扰江西，图牵后路。诏杨岳斌移师督剿，命葆桢会商机宜。既而江宁、杭州相继复，黄文金拥洪福瑱由浙、皖窜江西，为入粤计。葆桢令席宝田追剿，至石城，大破之。阵擒洪仁玕、洪仁政、黄文英等，搜获洪福瑱於荒谷中，皆伏诛。以擒首逆功，予一等轻车都尉世职，加头品顶戴。葆桢推功诸将，疏辞，诏嘉其开诚布公，将士用命，且江西吏治民风，日有起色，宜膺殊赏，不允所请。寻乞归养，温诏慰留。四年，以亲病请假省视，因防务急，未行，丁母忧，命治丧百日，假满仍回任。坚请终制，乃允之。
六年，命为总理船政大臣。初，左宗棠创议於福州马尾山麓濒江设船厂，未及兴工，宗棠调陕甘，疏言非葆桢莫能任。葆桢释服，始出任事。造船坞及机器诸厂，聘洋员日意格、德克碑为监督。月由海关拨经费五万两，期以五年告成。附设艺童学堂，预募水勇习练驾驶。事皆创立，船材来自外国，煤炭亦购诸南洋，采办尤易侵渔。葆桢坚明约束，一无瞻徇。布政使周开锡为提调，延平知府李庆霖佐局事，皆为总督所不喜，齮龁欲去之，葆桢疏争得留，藩署吏玩抗，以军法斩之，众咸惊服。
九年，丁父忧，仍请终制，暂解事，服阕始出。当其居忧，内阁学士宋晋疏请暂停船工，诏下酌议。葆桢上疏，略谓：“自强之道，与好大喜功不同，不可以浮言摇动。且洋员合同不能废，机厂经营不可弃。不特不能即时裁撤，五年期满，亦不可停。”推论利害切至，诏嘉纳之。十一年，再莅事。先后造成兵舰二十艘，分布各海口。寻以匠徒艺成，议酌改船式，督令自造，不用洋员监督。疏陈善后事宜，并如议行。
十三年，日本因商船避风泊台湾，又为生番所戕，藉词调兵，觊觎番社地。诏葆桢巡视，兼办各国通商事务。日兵已登岸结营，葆桢据理诘之。晓谕番族遵约束，修城筑垒为战备。提督唐定奎亦率淮军至，日人如约撤兵。乃议善后事宜，疏陈福建巡抚宜移驻台湾，吏治军政方能整顿，诏如所请。甫内渡，狮头社番戕官滋事，光绪元年，复往，督唐定奎等伐山开道，攻破内外狮头等社，毁其巢，胁从者次第就抚。中路、北路亦分军深入，诸番皆听约束。先於琅玡增设恒春县，至是奏设台北府，淡水、新竹、宜兰三县隶之；噶玛兰通判移驻鸡笼山；台湾府同知移驻卑南；鹿港同知移驻水沙。连疏陈营伍积弊，请归巡抚节制。购机器，开台北煤窑，为明遗臣郑成功请予谥建祠，以作台民忠义之气，并报可。遂撤军内渡，事竣，擢两江总督，兼通商大臣。
江南自军事定后，已逾十年。疆吏习为宽大，葆桢精覈吏事，治尚严肃。属吏懔懔奉职，宿将骄蹇者绳以法，不稍假借。尤严治盗，莅任三月，诛戮近百人，莠民屏迹。皖南教案，华教士诬良民重罪，亲讯，得其受枉状，反坐教士，立诛之，然后奏闻，洋人亦屈伏。淮南引地以次归复，濬河、积穀、捕蝗、禁种罂粟诸政，并实力施行。数以病乞退，五年，入觐，皇太后温谕勉以共济时艰，毋萌退志，自此遂不言病。是年十一月，卒於位，赠太子太保，祀贤良祠，立功各省建专祠，谥文肃。子玮庆，赐举人，袭一等轻车都尉世职；瑜庆，恩荫主事，官至贵州巡抚。
刘坤一，字岘庄，湖南新宁人。廪生。咸丰五年，领团练从官军克茶陵、郴州、桂阳、宜章，叙功以教谕即选。六年，骆秉章遣刘长佑率师援江西，坤一为长佑族叔而年少，师事之，从军中自领一营。长佑既克萍乡，令进战芦溪、宣风镇，连破贼，逼袁州，招降贼目李能通。於是降者相继，守城贼何益发夜启西门，坤一先入，复袁州。累擢直隶州知州，赐花翎。
七年，克临江，擢知府。八年，长佑以病归，坤一代将其军。偕萧启江渡赣江规抚州，克崇仁。启江在上顿渡为贼所困，往援，大破贼，遂复抚州，连克建昌，擢道员。九年，石达开犯湖南，坤一回援，解永州、新宁之围，加盐运使衔。贼窜广西，从刘长佑追蹑，复柳州。长佑擢抚广西，令坤一驻柳州清馀匪，悉平之，加布政使衔。进攻浔州，十一年七月，拔其城，以按察使记名。石达开回趋川、楚，坤一扼之融县，掩击败之，贼溃走入黔，授广东按察使。