同治元年，石达开由滇、黔边境入四川。预调诸军罗布以待，秉章令蓉赴前敌督战，达开不得逞，徘徊於土司地，穷蹙就擒。蓉亲往受俘，槛送成都诛之，被旨嘉奖。时粤、捻诸匪蓝成春、陈得才等窜扰陕南，踞汉中、城固等城，川匪馀孽亦入陕蔓延，势方炽。多隆阿督师关中，注重北路回匪，於南路未能兼顾。官文疏荐蓉堪当一面，於是命蓉督办陕南军务，擢陕西巡抚。秉章分兵四千授蓉，总兵萧庆高、何胜必两军先赴援，亦隶之。又遣将赴湖南增募万人，蓉於十月进屯广元。三年春，汉中粤、捻诸匪因江宁被围急，促其回援，遂自退，趋湖北。蓉入汉中部署屯防，清馀匪。
多隆阿围盩厔久未下，闻蓉将至，督攻益急，克之，而多隆阿受重伤。三月，蓉抵省城，多隆阿寻卒於军，其所部雷正绾、陶茂林诸军剿西路回匪，入甘肃；穆图善一军议令赴援湖北。五月，川匪合粤、捻由镇安、孝义突犯省城，蓉集诸军击之於鄠、盩厔之间，寻偕穆图善会击於郿县，贼西走略阳，入甘肃，陷阶州，令何胜必等会川军周达武攻之。四年，克阶州，川匪馀孽悉平。雷正绾军譁变，其部将胡士贵率叛兵回扰泾州，蓉遣军扼隘，散其胁从，诛士贵。
会编修蔡寿祺疏劾恭亲王奕，牵及蓉，指为夤缘，诏诘蓉令自陈。蓉奏办，自言荐举本末，并讦寿祺前在四川招摇，擅募兵勇，为蓉所阻，挟嫌构陷。复为内阁侍读学士陈廷经所劾，命大学士瑞常、尚书罗惇衍按究，坐漏泄密摺，降调革任。陕甘总督杨岳斌疏言陕西士民为诉枉乞留，诏蓉仍署巡抚。
五年，奏荐贤能牧令龚衡龄等，请予升阶，下部议駮。蓉疏言：“近来登进之途，多出於从军，而究心民瘼者，仍潦倒於下吏。陕西疮痍未起，急应旌举贤能以为之劝。”上特允之。先是，蓉任凤邠道黄辅辰经理回民叛产，设法垦治，岁获穀数百万斛，成效甚著，因奏：“陕西兵后荒芜，以招徕开垦为急务。应视兵灾轻重，荒地多少，以招垦成数为州官吏劝惩。”报可。寻以病乞开缺，上允其请，以乔松年代之，仍留陕西治军。捻匪张总愚入陕，逼省城，蓉与松年议不合，所部楚军三十营，统将无专主，士无战心，屯灞桥，为贼所乘，大溃。诏斥蓉贻误，夺职回籍。十二年，卒。湖南巡抚王文韶疏闻，命复官，陕西请祀名宦祠。
乔松年，字鹤侪，山西徐沟人。道光十五年进士，授工部主事，再迁郎中。咸丰三年，以知府发江苏，除松江，调苏州。会匪刘丽川据上海，省城潮勇潜与通，松年侦知之，白上官诛其为首者。丁父忧，总督怡良奏留，从克上海，擢道员，赐花翎，授常镇通海道。六年，从怡良驻常州，署两淮盐运使。八年，丁本生父忧，总督何桂清复奏留。
九年，授两淮盐运使，兼办江北粮台。十年，奏劾南河河道总督庚长擅提淮北存盐变价充饷，又截留山西解江北粮台饷银；复劾庚长在清江闻警犹演剧设宴，迨寇急，仓皇退守。命侍郎文俊往按得实，庚长褫职逮问。又疏论用勇不如用兵，请发京师护军营暨北五省绿营赴江北防剿。英吉利、法兰西兵入犯，京师戒严，松年请赴畿辅督兵御敌，谕止之。十一年，设江南北两粮台，仍命松年办理。叙劳，以按察使记名。
同治二年，擢江宁布政使，仍留办粮台，擢安徽巡抚。三年，抵任，驻防临淮。时苗匪已平，李世忠亦解兵柄，捻匪窜河南、湖北。松年增募勇千人，就颍、宿间设防，奏请雉河集地处交冲，当建县设官，从之。又奏苗沛霖馀党自非积恶，请予宽贷；李世忠散遣勇丁，恐流为盗，饬州县整顿捕务。粤、捻诸匪自湖北麻城、罗田东窜入皖境，松年移军寿州，急调英翰自湖北回援，令朱淮森屯正阳关，蒋凝学迎击於英山，克金家寨。英翰等败贼於陶家河、黑石渡，僧格林沁大军追至合击，诸贼穷蹙，纷纷乞降，先后凡十馀万。贼首陈得才后至，为蒋凝学击败，服毒死，获其尸。上饬英翰等移军进剿，松年请留英翰防皖境，郭宝昌援河南，蒋凝学赴湖北。
四年，僧格林沁战殁，上命曾国藩督师山东。松年奏：“国藩久治军务，气体较逊於前。李鸿章才识亚於国藩，而年力正强，如以代国藩督师山东，必能迅奏荡平。”疏上，报闻。时捻匪大举犯皖北，围英翰於雉河集，国藩遣援军至，乃击走之。
五年，调陕西巡抚，前任巡抚刘蓉奉命留陕办理军务。时捻匪张总愚窜入陕境，松年初至，与蓉意见不合，奏劾蓉军政隳坏，留陕无益，蓉亦劾松年掣肘，贪利徇私。十二月，贼逼省城，蓉军溃於灞桥。六年正月，提督刘松山援军至，破贼雨花寨，连战皆捷，省城始安。迭奏请师，鲍超军援陕迄不至，皖军郭宝昌应调来援，偕刘松山转战泾、渭之间，屡捷。总愚窥同州，欲渡河，未得逞，趋陕北。六月，总督左宗棠至陕，军事始有统辖。松山、宝昌等连破贼於北路，至冬，总愚由垣曲渡河，循太行东趋，松山、宝昌尾追。七年春，宗棠率师入卫畿辅，陕西自捻匪出境，西路回氛仍未靖，松年以病乞假归。九年，病痊，授仓场侍郎。