同治元年，粤匪陈得才自南阳趋陕边，捻匪窜永宁，延及雒南。树森疏言：“当今贼势，不患其并力南趋，特虑其潜窥陕境。西、同、凤三府为全陕菁华所萃，宜急驱出关，会合夹击，以保完善之区。”五月，贼犯郧西，令总兵何绍彩败之何家店。会道员金国琛赴郧策应，令周凤山分兵剿正阳、罗山，破贼巢，克邢家集、龙井、陡沟、明港。叙、捻诸匪合陷随州，陈大喜陷京山，马融和陷德安，令舒保击败德安贼，穆正春复京山、应城，襄北稍定。因星变，奏劾钦差大臣胜保。又奏言：“藩、臬任重，不得以军功擅请记名。标兵缺额，请以战勇充补。阵亡恤赏欠发，许作子孙捐项，叙给官阶职衔贡监。京官五品以下，官俸实发不折。”下部分别议行。
二年，捻匪窜城，树森赴黄州视师，督舒保、穆正春等击走之。三年，粤、捻诸匪由陕南合趋湖北，诏总督官文出省督师，树森留防省城。官文奏劾树森把持兵柄，旧营悉改隶抚标。上斥其任意妄为，降道员。四年，授广西按察使，贵州巡抚张亮基被劾玩兵侵饷。纵暴殃民诸款，命树森驰往查奏。五年，授贵州布政使。树森逗遛不进，未至，即奏覆参案。六年，疏请开缺，诏斥其规避取巧，褫职，发往云南差遣委用。十一年，予四品顶戴，署广西按察使。光绪元年，迁布政使，就擢巡抚。二年，卒，赐恤。
论曰：王懿德治闽，悍寇未深入。镇辑萑苻，尚能保境。曾望颜在言路有声，治兵无术，蜀乱遂成。耆龄辑睦湘军，因人成事。安徽兵饷俱绌，四郊多垒，福济固一筹莫展。翁同书亦据蒺终凶。严树森恃才器小，效胡林翼而適得其反者也。