安惇，字处厚，广安军人。上舍及第，调成都府教授。上书论学制，召对，擢监察御史。哲宗初政，许察官言事，谏议大夫孙觉请汰其不可者，诏刘挚推择，罢惇为利州路转运判官，历夔州、湖北、江东三路。
绍圣初，召为国子司业，三迁谏议大夫。章惇、蔡卞造同文谤狱，使蔡京与惇杂治，二人肆其忮心，上言："司马光、刘挚、梁焘、吕大防等交通陈衍之徒，变先帝成法，惧陛下一日亲政，必有欺君之诛，乃密为倾摇之计。于是疏隔两宫，斥随龙内侍，以去陛下之腹心；废顾命大臣，以翦陛下之羽翼。纵释先帝之所罪，收用先帝之所弃。无君之恶，同司马昭之心；擅事之迹，过赵高指鹿为马。比询究本末，得其情状，大逆不道，死有余责。"帝曰："元祐人果如是乎？"惇、京曰："诚有是心，特反形未具耳。"帝为诛衍，锢挚、焘子孙。迁御史中丞。
刘后之受册也，百官仗卫陈于大庭，是日天气清晏，惇巍立班中，倡言曰："今日之事，上当天心，下合人望。"朝士皆笑其奸佞。又鞫邹浩事，檄广东使者钟正甫摄治之于新州，士大夫或千里会逮，踵蹇序辰初议，阅诉理书牍，被祸者七八百人，天下怨疾，为二蔡、二惇之谣。徽宗雅恶之。邹浩还朝，惇言："浩若复用，虑彰先帝之失。"帝曰："立后，大事也。御史中丞不言而浩独敢言之，何为不可复用？"惇惧而退。陈瓘请曰："陛下欲开正路，取浩既往之善，惇乃诖惑主听，规骋其私，若明示好恶，当自惇始。"乃以宝文阁待制知潭州，寻放归田里。
蔡京为相，复拜工部侍郎、兵部尚书。崇宁初，同知枢密院。卒，赠特进。
长子郊，后坐指斥诛。流其次子邦于涪而追贬惇单州团练副使，其祀遂绝。人以为惇平生数陷忠良之报云。