寻随塔齐布由嘉鱼转战而前，所向披靡，直抵武汉。塔齐布分军三路：一攻武昌，一攻汉阳，一由水路进剿。时风势顺利，官军纵火，焚贼船数十只，乘势奋击，毙贼无数。汉阳贼大惧，弃城遁，武昌贼亦遁，遂复之。三元并截於洪山要隘，斩馘甚多。十月，偕泽南进屯马岭坳，直偪半壁山。贼悉众至，官军径捣贼垒，贼狂窜，三元等分途截杀，斩伪丞相林绍璋及伪将军指挥等。越数日，贼复由田家镇渡江来犯，塔齐布击卻之，列队江干。贼侦官军尽赴下游，径从上游登岸，将掩袭泽南老营，三元驰至，率众奋击，追至牛礶矶，毁其船，毙贼百馀，馀众溃遁。
时三元累功擢至游击，捷入，进参将。旋随塔齐布进攻黄梅，时湖北踞匪招安庆援贼并入广济，塔齐布击走之。贼败窜黄梅，官军追剿至大河埔。十一月，军至黄梅，塔齐布偕泽南攻北门，三元列阵桥西以遏贼冲，塔齐布、泽南自城北沟港中取道入，三元等亦由城西越二桥，从栅门跃入。贼惊窜，官军四面兜围，其由营垒突出者，歼灭殆尽。克黄梅，移剿九垅驿，擒伪丞相余福胜。大军复渡南岸，攻九江城，三元战绩最多。
五年二月，武昌复陷。八月，塔齐布病殁，三元副泽南回援武昌。九月，复通城，进师崇阳，贼夜遁，遂克之。国藩疏保堪胜总兵人员，三元得记名以总兵用。会湖南防兵战蒲圻羊楼峒失利，泽南饬诸营移驻羊楼峒，遏贼上犯，独率三元及湘副中营官李杏春驻崇阳，於是乘胜攻蒲圻，毙贼数百。贼首石达开率贼大至，三元等分路抵御，鏖战多时，毙贼百馀。翌日，贼悉众来攻，绕营三匝，众寡不敌，遂殁於阵。赠副将衔，附祀塔齐布专祠，谥勤勇。
三元忠勇识大体，尝战濠头堡，忽讹言子瑾光阵亡，左右以告，三元急止之曰：“速击贼！无以吾子阻士气。”督战益急。阵殁之日，将出队，马忽踶齧，三上三坠，众以为不祥。杏春亦同时殁於阵。
萧捷三，字敏南，湖南武陵人。由武举投营效力，擢千总。咸丰二年，以守省城功迁守备，署湘阴千总。四年，贼陷湘阴，坐免。曾国藩奇其才，檄领水师。既克岳州，沿江进剿。闰七月，败贼高桥、城陵矶，进攻擂鼓台，捷三偕李孟群、杨载福等搜捕两岸伏贼，俘馘甚众。乘胜追至六溪口，平贼垒，毁贼艘殆尽，水陆各军遂进抵嘉鱼。以功复职，授永绥协守备。八月，进规武汉，水师分两队，捷三率战舰为前队，冒炮驶至鹦鹉洲，掷火球焚沿江贼栅，贼不支，扬帆下遁，急驶出贼前，毁其辎重。渡江攻汉阳朝宗门外土城，偕载福等殊死战，焚汉口以内贼船皆尽。会陆军破花园贼垒，武昌、汉阳同日复，进都司。时馀贼尚据襄河，乃扼新滩口，溯流进剿，贼艘千馀，连樯下驶，迎击败之。追至上游，突有悍贼数舟，用火弹扑营，灼捷三头面手足几死，仍裹创力战，追剿二十馀里。襄河肃清。
寻偕彭玉麟败贼蕲州钓鱼台、骨牌矶，遂大破田家镇，逾九江，直趋湖口。先是江西吴城战舰数百沦於贼，贼实沙石沉湖口，截江路，於对岸梅家洲筑城，环列巨炮，拒官军。十二月，捷三驾火舟径冲贼栅，燔贼舟百数，乘胜驶入内湖，泊大孤塘。游击孙昌国、黄翼升等出贼不意，焚内湖贼舟二百馀。贼益囊土塞湖口，水涸，师弗克归。贼以小艇杂外江巨舰中，潜纵火，水师惊溃，国藩大营泊九江北岸，亦被焚袭。捷三陷入内湖，内外隔绝，以忠义激励将士，军心弥固。
五年，国藩入江西，益大治水师，疏荐捷三忠勇，晋游击。四月，败贼鸡公湖，复都昌。五月，贼由大孤塘上犯，捷三逆击，屡败之青山，夺回旧所失帅船及贼魁艨艟巨舰。秋七月，国藩檄平江营陆军渡湖，约水师夹攻湖口，克之。贼退保石钟山坚垒，捷三率十七舟锐进，遥见陆军围石钟，气益奋，方冲越贼艘，上下夹击而下，石钟山、梅家洲贼垒炮齐发，捷三中炮死。诏赠副将，谥节愍，赏世职。九年，建石钟山水师昭忠祠，祀死事将士三千馀人，捷三为之冠。
周清元，字玉泉，湘阴人。世业农。时与群儿角戏於牧场，立表数十步外，飞石命中。掘沟数丈，跳越之，能往复十次，群儿皆出其下。同里左明志以拳勇鸣於乡，招致门下，传以技，言：“天下幸无事，有事，则清元暨子光培皆骁将也。”咸丰二年冬，贼自益阳窜临资口，清元混迹市中，默识其军卒舟舰粮械之数，闻提督向荣尾追至八字哨，相距三十里，遮道见荣曰：“广西能战贼，不过三千馀人，馀皆裹胁也。临资口四面阻水，湘包其东南，资绕其西北，数十里平原，渺无障蔽。贼所掳民船笨重不易行，一炬可尽也。请以兵扼要路，使不得偷渡，贼粮尽，旬日当饿死，何怯而不为？”荣不省，固请，荣叱之退。贼遂从容驶去。及东南糜烂，清元叹曰：“贼自走绝地，向公纵之去，能辞咎耶？”