康熙十三年，徵所部兵讨逆藩吴三桂。十四年，剿察哈尔叛人布尔尼。先是科尔沁内附，莽古斯以女归太宗文皇帝，是为孝端文皇后。孙乌克善等复以女弟来归，是为孝庄文皇后。曾孙绰尔济复以女归世祖章皇帝，是为孝惠章皇后。科尔沁以列朝外戚，荷国恩独厚，列内紥萨克二十四部首。有大征伐，必以兵从，如亲征噶尔丹，及剿策妄阿喇布坦、罗卜藏丹津、噶尔丹策凌、达瓦齐诸役，紥萨克等效力戎行，莫不懋著勤劳。土谢图亲王、达尔汉亲王、卓哩克图亲王、紥萨克图郡王四爵俸币视他部独增，非惟礼崇姻戚，抑以其功冠焉。所部六旗，分左右翼。土谢图亲王掌右翼，附紥赉特部一旗、杜尔伯特部一旗；达尔汉亲王掌左翼，附郭尔罗斯部二旗，统盟於哲里木。右翼中旗驻巴颜和翔，左翼中旗驻伊克唐噶哩克坡，右翼前旗驻席喇布尔哈苏，右翼后旗驻额木图坡，左翼前旗驻伊岳克里泊，左翼后旗驻双和尔山。爵十有七：紥萨克和硕土谢图亲王一；附多罗贝勒一；紥萨克和硕达尔汉亲王一；附卓哩克图亲王一；多罗郡王二，一由亲王降袭；多罗贝勒一；固山贝子一；辅国公四，一由贝子降袭；紥萨克多罗紥萨克图郡王一；紥萨克多罗冰图郡王一；紥萨克多罗郡王一，由贝勒晋袭；附辅国公一，由贝子降袭；紥萨克镇国公一。左翼中旗紥萨克达尔汉亲王满珠习礼之玄孙色布腾巴勒珠尔，乾隆十一年三月尚固伦和敬公主。二十年，准噶尔之平，以功加双俸，寻以阿睦尔撒纳叛事，夺爵。二十三年，复封和硕亲王。三十七年，与征金川，又以附富德劾阿桂，夺爵。四十年，复之。
四传至棍楚克林沁，袭镇国公，官至御前大臣，卒。其后左翼中旗辅国公二，左翼后旗辅国公一，均停袭。左翼后旗紥萨克多罗郡王僧格林沁，以军功晋博多勒噶台和硕亲王。同治二年，予世袭罔替。四年，以剿捻匪阵亡，自有传。其旗增多罗贝勒一，辅国公二，皆以僧格林沁功。
僧格林沁子伯彦讷谟祜，初封辅国公。同治三年，晋贝勒。四年七月，袭博多勒噶台亲王，为御前大臣。十一月，命与左翼中旗紥萨克达尔汉亲王索特那木朋苏克等选马队剿奉天马贼。五年二月，大破马贼于郑家屯。三月，命捕吉林馀匪。六月，条陈奉天善后事宜，诏如所请行。匪平，回京。光绪初，德宗典学，命在毓庆宫行走，授兼镶黄旗领侍卫内大臣。十七年，卒。
自道光季年海防事起，洎咸丰三年粤逆北犯，八年海防又急，皆调东三盟兵协同防剿，科尔沁部为之冠，予爵职、给荫袭者，皆甲诸部。僧格林沁之亡，始撤哲里木盟兵旋所部。
初，科尔沁诸旗以距奉天近，皆招佃内地民人开垦。乾隆四十九年，盛京将军永玮等奏：“宾图王旗界内所留民人近铁岭者，达尔汉王旗所留民人近开原者，即交铁岭县、开原县治之。”嘉庆十一年十月，盛京将军富俊等以左翼后旗昌图额勒克地方招垦閒荒，经历四载，人民四万有奇，请增置理事通判治之。达尔汉王旗界内所留人民，亦交通判就近并治，时诸旗紥萨克、王、公等多招民人垦荒，积欠抗租，则又请驱逐。廷议非之，严定招垦之禁，已佃者不得逐，未垦者不得招。道光元年，左翼中旗紥萨克达尔汉亲王布彦温都尔瑚竟以垦事延不就鞫，夺紥萨克。然私放私垦者仍日有所增，流民游匪于焉麕集。同治中，以昌图匪乱，通判秩轻，升为理事同知。光绪二年，署盛京将军崇厚奏设官抚治，以清盗源。遂升昌图同知为府，以原垦达尔汉王旗之梨树城、八面城地置奉化、怀德二县隶之。七年，又设康平县于康家屯，隶之。二十八年，盛京将军增祺奏设辽源州于苏家屯，隶之。皆治左翼三旗垦民。
是年，右翼前旗紥萨克图郡王乌泰以放荒事屡被劾，命礼部尚书裕德会增祺勘治。四月，覆奏言：“乌泰已放荒界南北长三百馀里，东西宽一百馀里，外来客民有一千二百六十馀户。乌泰不谙放荒章程，以致嗜利之徒，任意垦占，转相私售，实已暗增数千馀户，新开荒地又增长三百馀里，宽一百馀里。梅楞齐莫特、色楞等复袒护荒户，阻台吉壮丁在新放荒地游牧。协理台吉巴图济尔噶勒遂以敛财聚众，不恤旗艰，控之理藩院。经传集乌泰等亲自宣导，均各悔悟，原湔洗前愆，驱除谗慝，和同办理旗务。请将乌泰、巴图济尔噶勒暂革，仍准留任，勒限三年，限满经理得宜，由阖旗呈请开复，否则永远革任；齐莫特、色楞等均分别屏黜，不准干预旗务。并为定领荒招垦章程，荒价则一半报效国家，一半归之蒙旗。升科则每晌以中钱二百四十为筹饷设官等经费，以四百二十作蒙古生计，自王府至台吉、壮丁、喇嘛，各有得数。仍酌留馀荒，讲求牧养。”均报可。十月，增祺又奏勘明是旗洮尔河南北已垦未垦之地，约有一千馀万亩，派员设局丈放。三十年，以其地置洮南府，并置靖安、开通二县隶之。三十一年，盛京将军赵尔巽以右翼后镇国公旗垦地置安广县，而法库门旧为左翼中达尔汉王诸旗招垦地，亦置同知治之。三十四年，东三省总督徐世昌以右翼中旗和硕土谢图亲王垦地置醴泉等县。于是科尔沁六旗垦地几遍，郡县亦最多，诸紥萨克王公等得租丰溢，而化沙砾为膏沃，地方亦日臻富庶。