二年，诏以岳锺琪为奋威将军，参赞军务。锺琪奉命进剿，侦从贼之巴尔珠尔阿喇布坦自乌兰博尔克遁，尾击之，至伊克喀尔吉，擒其党阿喇布坦鄂木布。遣西宁总兵黄喜林由西尔哈罗色赴柴达木，断噶斯路。侦罗卜藏丹津走乌兰木和尔，锺琪复分兵驰击，擒其母阿尔泰，俘户畜无算。罗卜藏丹津偕贼党分道窜。侍卫达鼐等擒丹津珲台吉於华海子，阿布济车臣台吉於布哈色布苏，吹喇克诺木齐、紥什敦多卜等於乌拉克，罗卜藏丹津走准噶尔。逆党悉槛送京师，诏行献俘礼。
是役也，以兵拒罗卜藏丹津者，亲王察汗丹津、郡王额尔德尼额尔克托克托鼐也。不从罗卜藏丹津逆者，郡王色布腾紥勒，台吉阿喇布坦、噶勒丹岱青诺尔布、巴勒珠尔、察罕喇布坦、旺舒克喇布坦也。为罗卜藏丹津胁从者，贝勒朋素克旺紥勒、辅国公车凌、台吉诺尔布也。始附罗卜藏丹津、寻以悔罪宥者，贝勒罗卜藏察罕、车凌敦多布，贝子济克济紥布、拉紥布，台吉衮布、色布腾、纳罕伊什也。其附罗卜藏丹津者，首恶曰吹喇克诺木齐、阿喇布坦鄂木布、藏巴紥木，从党曰巴勒珠尔阿喇布坦、紥什敦多布、格勒克阿喇布坦、巴苏泰及察罕丹津从子塔尔寺喇嘛堪布诺扪汗也。有中甸者，隶云南丽江府，罗卜藏丹津给伪劄令附己。大军至，率户三千馀请降。洮、岷界外诸番旧为青海属，悉就抚，其不顺者剿诛之。阿冈、多卜藏玛嘉、铁布纳珠公寺、朝天堂、卓子山、棋子山、先密寺、兴马寺、阿罗、西脱巴、上笃尔素华藏、上紥尔的诸番众以次底定，青海患始靖。御制平定青海文，立石太学。
王大臣等遵旨议善后事宜，奏青海王、台吉等应论功罪定赏罚，游牧地令各分界，如内紥萨克例。百户置佐领一，不及百户者为半佐领，以紥萨克领之。设协理台吉及协领、副协领、参领各一，每参领设佐领、骁骑校各一。岁会盟，令奏选盟长，勿私推。贡期自明年始分三班，九年一周，自备驼马，由边入京。市易以四仲月集西宁西川边外纳喇萨喇地，官兵督视，有擅入边墙者治罪。又罗卜藏丹津之吹宰桑及察罕丹津从子丹衷之宰桑色布腾达什等率众降，请各授千、百户等官。又喀尔喀居青海者，勿复隶和硕特旗，令别设紥萨克，土尔扈特及准噶尔、辉特如之。至西番部众，凡陕西所属甘州、凉州、庄浪、西宁、河州，四川所属松潘、打箭炉、里塘，云南所属中甸等处，或为喇嘛耕地，或纳租青海，但知有蒙古，不知有厅卫营伍诸官。今番众悉归化，应择给土司千百户、巡检等职，令附近道厅及卫所辖。又青海及巴尔喀木、藏、卫旧称唐古特四大部，顾实汗侵据之。以青海地广可牧畜，巴尔喀木粮富，令子孙游牧青海，而巴尔喀木纳其赋。藏、卫二地，旧给达赖喇嘛、班禅喇嘛，今以青海叛，取其地，应令四川、云南诸官管理。又达赖喇嘛遣人赴市打箭炉，驮装经察木多、乍雅、里塘、巴塘，向喇嘛等索银有差，名曰鞍租，至打箭炉纳税。请饬达赖喇嘛勿收鞍租，打箭炉免取税，岁给达赖喇嘛茶五千斤，班禅喇嘛半之。又西宁各寺喇嘛多者数千，少者以五六百，易藏奸，前罗卜藏丹津叛，喇嘛率番众抗大兵。请於塔尔寺喇嘛选老成者三百给印照，嗣后岁察二次，庙舍不得过二百，喇嘛多者百馀，少者十馀。番民粮赋，令地方官管理，度各寺岁用给之。又陕西边外河州、西宁、兰州、中卫、宁夏、榆林、庄浪、甘州等处，水草丰美，林麓茂密，蒙古诸部恋牧大草滩及昌宁湖。请於西宁北川边外上下白塔等处，自巴尔托海至扁都口筑城堡，令蒙古等勿妄据。又肃州西洮赉河、常玛尔、鄂敦塔拉等处，应募民垦膏腴地，庶渐致富饶。至宁夏险要，无过阿拉善。顾实汗裔旧游牧山后，今或徙至山前。请令阿拉善紥萨克郡王额驸阿宝饬所属归阿拉善山后，其山前营盘水、长流水等处，悉为内地。又甘州、西宁界各设营汛，令蒙古等不敢觊觎。又巴尔喀木等部众，自鲁隆宗东察木多、乍雅外，诸番目悉给印照，视内地土司例。又青海属左格诸番，请徙内地。阿巴土司头目墨丹桂等从剿有功，请给安抚司衔，不隶青海辖。又西宁边内可耕地，请发直隶、山西、山东、河南、陕西五省遣犯，能种地者，官给牛具籽种，三年后起科如例。又甘州喀黄番，应招抚为青海藩篱。青海诸部，令各守牧地，不得强据，妄掠商贾。察汗诺扪汗喇嘛庙毋得私聚议事。遣官赍敕往，不论秩崇卑，王公以下跪迎，有背贰者必惩。上从其议。