同治三年，回匪变乱，库车失陷，徵是路兵剿之，不利，退守游牧。是年，喀喇沙尔等城均失陷，是路部落屡与回匪接战，被蹂躏离散。六年十二月，盟长布雅库勒哲依图请赴京，允之，命乌里雅苏台将军麟兴等设法安插其部落游牧。七年三月，布雅库勒哲依图请率属剿回逆，上嘉之，命赴布伦托海候李云麟酌办，并饬户部筹拨历年俸银俸缎，李云麟接济所属游牧人众。六月，以旧土尔扈特蒙兵接仗失利，移至大小珠勒都斯，催布雅库勒哲依图赴布伦托海，命明瑶等接济照料。十一月，麟兴奏布雅库勒哲依图困苦情形，下所司议。八年三月，赉旧土尔扈特汗布雅库勒哲依图、贝勒固噜紥布、辅国公曼吉多尔济等旗银二万两。六月，命乌里雅苏台将军福济安插旧土尔扈特汗布雅库勒哲依图及随带官兵。
光绪元年，布雅库勒哲依图卒，以福晋恩克巴图署盟长。二年八月，拨部库银予恩克巴图抚绥人众，择地安插。三年，刘锦棠等军复喀喇沙尔。四年十二月，伊犁将军金顺奏土尔扈特南部落人众，自逆回构乱以来，逃散伊犁空吉斯及西湖等处，署盟长派员前往收集，约计一万馀人，现已移回珠勒都斯游牧。谕以其部人众困苦，赏银四万恤之，由左宗棠发给。八年，是部难民由伊犁续归三百三十馀丁口，旧有府第，兵燹之后，尚未修复，大小水渠，年久垫淤。钦差大臣刘锦棠奏：“恩克巴图请赈恤，并筹借银两。权为筹拨银一万两，作为渠工宅第经费。喀喇沙尔善后局员照章给赈，通融接济牛种，待赈丁口粮，俾资耕作。请分别核销及作正开销。”允之。九年，设新疆喀喇沙尔直隶厅抚民同知兼理事衔，兼管土尔扈特游牧事宜。十三年，新疆巡抚刘锦棠奏：“土尔扈特等蒙众向隶办事领队管辖者，应改归地方官管辖。恐各蒙民未能户晓，请饬理藩院申明新设定制，转行各蒙部。”下所司知之。
二十二年三月，甘肃回匪西窜出关，伊犁将军长庚电奏贼窥珠勒都斯，檄南部落署盟长福晋色里特博勒噶丹等拣选有枪马之蒙兵五百名，由贝勒恭噶那木紥勒统之，分派参领奔津等各带官兵驻哈布齐沿山口及哈哈尔达巴罕、达兰达巴罕等处，扼珠勒都斯之东，逼喀喇沙尔、库尔勒要隘。八月，事定，撤归。
新疆置省后，旧土尔扈特诸部仍隶伊犁将军，俸银俸缎均由伊犁发给。蒙古惟旧土尔扈特等部之在新疆者，汗、王、公、紥萨克等卒，袭子不及岁，以前皆由已殁汗、王、公等之妻或母署印。有盐，有矿，地兼耕牧。佐领共五十四。
北路凡三旗，盟曰乌讷恩素珠克图，在塔尔巴哈台城东，当金山之西南霍博克萨里，东噶紥尔巴什诺尔，南戈壁，西察汉鄂博，北额尔齐斯河。渥巴锡族子策伯克多尔济等，乾隆三十六年，从渥巴锡来归，献金削刀及色尔克斯马。三十七年，入觐，封策伯克多尔济紥萨克和硕布延图亲王，授其弟奇哩布紥萨克一等台吉，辖右翼，赐牧霍博克萨里，为旧土尔扈特北路，以策伯克多尔济领之，授盟长。四十年，授奇哩布弟阿克萨哈勒紥萨克一等台吉，辖左翼。四十三年，策伯克多尔济卒，奇哩布袭，销右翼印。五十年，授策伯克多尔济之子公品级一等台吉恭格车棱紥萨克，诏辖其父属众，别铸右翼紥萨克印赐之。五十七年，封辅国公。道光二年，卒。子多尔济那木紥勒降袭公品级紥萨克一等台吉。
同治四年，塔城回变，亲王策林拉布坦以调兵迟延，为参赞大臣锡霖劾革其爵，以捐输复之。九年，奎昌等立塔尔巴哈台新界鄂博，奏饬亲王策林拉布坦、图普伸克什克、紥萨克喇紥尔巴达尔随时留意侦察，旧界亦有割弃。十二年十月，回匪窜扰是部萨巴尔山地方，劫掠牲畜衣物，乌素图等三台逃散。十二月，参赞大臣英廉奏匪已远窜，饬策林拉布坦等妥为安插被难蒙民，一面将原设七台照旧安设。寻论设台站之劳，予黄缰。
宣统元年，以阿尔泰乌梁海复在是部萨里山阴度冬，提每年租马十成之一给是部三旗作水草之租。是部金矿颇著名，地杂耕牧。有佐领十四。
东路凡二旗，跨济尔哈朗河。东奎屯河，接甘肃绥来，南南山，西库尔喀喇乌苏，北戈壁。渥巴锡族弟巴木巴尔等从渥巴锡来归。乾隆三十七年，入觐热河，封紥萨克多罗毕锡埒勒图郡王，弟奇布腾固山依特格勒贝子，盟名亦曰乌讷恩素珠克图。初隶库尔喀喇乌苏大臣，统仑，统受伊犁将军节制。同治末，俄人以北路旧土尔扈特取所属哈萨克马驼，执是部贝子普尔普噶丹为质，寻释之。光绪初，给抚恤银一万两。十一年，设库尔喀喇乌苏同知兼理事衔，釐是部民、蒙交涉事件。清末，袭郡王者帕勒塔尝请出洋，又入贵胄学堂，以本旗事为伊犁将军广福劾，议处。是部共有佐领七。