自光绪三十年达赖与英境启衅战败出奔后，卓锡於库伦，意在投俄，而与哲布尊丹巴呼图克图不睦。经库伦办事大臣德麟电奏乞援，诏西宁办事大臣延祉俟过冬后迎护至西宁。而达赖又欲在代臣王旗小住，廷旨以王旗部落甚小，达赖随带人众，恐难供亿。翌年，侨居塔尔寺，又与阿嘉呼图克图同居一处，积不相能。陕甘总督升允奏：“达赖性情贪啬，久驻思归，应否准其回藏？”得旨：“俟藏务大定，再行回藏。”而调阿嘉来京以和解之。旋由西宁往五台山，折而至京，觐见於仁寿殿，如顺治朝，优礼有加。三十四年十月，以万寿节率徒祝嘏，特加封号，以昭优异。懿旨曰：“达赖喇嘛业经循照旧制，封为西天大善自在佛，兹特加封为诚顺赞化西天大善自在佛，并按年赏给廪饩银一万两，由四川藩库分季支发。达赖喇嘛受封后，即令仍回西藏，经过地方，派员妥为照料。到藏以后，当确遵主国之典章，扬中朝之信义，并化导番众，谨守法度，习为善良。所有事务，依例报明驻藏大臣，随时转奏，恭候定夺，期使疆宇永保治安，僧俗悉除畛域，以无负朝廷护持黄教、绥靖边陲至意。”旋以国有大丧，受封未便举行。达赖以不服水土请，诏令先行起程，至塔尔寺受封。又值停止筵宴之时，未便设饯，仍派大臣护送，如来时礼节。至西宁，即请将阿嘉斥革，并以此事为回藏之要挟。达赖聘练兵教习十馀人，影射蒙古，实系俄人，多购军火回藏。
初，张荫棠以西藏地当冲要，英、俄环伺，自非早筹整顿，难以图存。建议以汉员指挥，另派北洋新军入藏，分驻要塞，以厚声援。驻藏大臣联豫疏陈藏中情形，亦有派遣军队之请。会川边藏番扰乱，进攻三崖。三崖者，本巴塘属地，与德格、多纳两土司接壤，向归川省管辖。乃藏番察台三大寺无端派番官带兵占据上崖，调渣鸦、江卡各土司助兵，逼勒崖夷投降，并遍肆煽惑，打箭炉一带均为震动。同时瞻对番官句结德格土司之弟为乱，逐其兄。炉城文武据报，派麻书土千总江文荃查办，均被围困。经川督入奏，廷议以三崖、德格均系川境，番官竟敢纠众侵逼，再事优容，恐番焰日张，土司解体。命川督会同赵尔丰相机筹办。尔丰电奏力主用兵，并称此次藏番与达赖有关系，请饬达赖传谕退兵。乃饬达筹、张荫棠诘问，达赖答词闪烁，意涉支吾。政府以达赖纵肯戒饬番众，而万里遗书，需时甚久，三崖等处被攻正急，何能久待，遂电尔丰进剿。
三十四年冬，番兵调集益众，近逼盐井，并声言索战。虽经川军击败，番众仍未退卻，扬言阻止赵尔丰入藏。政府以藏番举动，显系有恃不恐，藏地介在强邻之间，意存首鼠，自非设法经营，无以保我边圉。因思光绪三十三、四年间联豫等条陈有善后办法二十四条，创财政、督练、路矿、盐茶、学务、巡警、农务、工商、交涉九局，拟即采择试办。但无兵不敷弹压，多名又恐难相安，拟先设兵三千。其一千由川督就川兵挑选精锐，厚给饷械，派得力统领率之入藏，归驻藏大臣节制调遣。馀二千由驻藏大臣就近选募，另调川中哨弁官长，俾任训练统率之事，以期持久。联豫、赵尔巽覆奏赞其议，遂派知府锺颖统领川兵，於宣统元年六月启程入藏，取道德格，绕过江卡至察木多。藏番在恩达、类乌齐一带，拟聚兵堵截。十一月，川军抵类乌齐，藏番不战自退，川军遂由三十九族间道前进。十二月，抵拉里、江达。番兵闻川军且至，焚其积聚，劫杀汉兵扼守。川军进击，大破之。
达赖自光绪三十四年由西宁入觐，出京回藏，沿途逗留，又绕道德格等处，迁延不进，其冬，始回拉萨。二年正月，达赖闻川军将至，乘夜西奔，潜赴印度，川军遂转战入藏。朝廷得联豫奏报，降旨数达赖罪恶，革去名号，一面责成联豫、赵尔丰会筹防务，安辑军民；一面降旨另访呼毕勒罕，以噶勒丹池巴罗布藏丹巴代理商上事宜，其噶卜伦以下各藏官供职如故，藏中僧俗亦安堵无事。是年三月，联豫请于曲水、哈拉乌苏、江达、硕般多及三十九族各设委员一。三年二月，联豫奏裁驻藏帮办大臣，改设左右参赞，以罗长崟、钱锡宝为之。会波密事起，联豫遣锺颖攻之不克，旋遣罗长崟会赵尔丰军平之。其秋，川军变，逐联豫，推锺颖代之，达赖始乘机重回拉萨。以此次出奔深赖英人保护，态度一变，於是逐锺颖而独立，中、英之交涉益纷纭矣。
班禅第一辈凯珠巴格勒克，为宗喀巴二弟子。出世至第五辈罗布藏伊什，仍号班禅呼图克图。康熙三十四年，命御史锺申保等赉敕召来京，前藏第巴桑结以未出痘辞。五十二年，诏以班禅为人安静，精通经典，勤修贡职，封为班禅额尔德尼，颁发金印、金册。六辈罗布藏巴勒垫伊西，乾隆四十三年，请祝七旬万寿，许之。迎护筵宴诸礼，概从优异，如顺治九年达赖来觐例。四十五年八月，在热河祝嘏，至京居西黄寺。是年颁赐玉印玉册，以痘圆寂。命理藩院尚书博清额为驻藏办事大臣，护送舍利金龛回藏。