陈州起事失败后不久，至后唐石晋时明教又潜兴布教，赞宁《僧史略》下：
梁贞明六年，陈州末尼党类立母乙为天子，累讨未平，及贞明中诛斩方尽。后唐石晋时复潜兴，推一人为主，百事禀从。或画一魔王踞坐，佛为其洗足，盖影佛教所谓相似道也。
复南播而至闽，徐铉《稽神录》曾记明教徒在闽活动之情形：
清源都将杨某为本郡防遏营副将。有人见一鹅负纸钱入其第，俄化为双髻白发老翁，变怪遂作。二女惊病，召巫立坛治之；鬼亦立坛作法，愈甚于巫；巫惧而去。后有善作魔法者，名曰明教，请为持经一宿，鬼乃唾骂而去。
清源即泉州。据明人何乔远所记，以明教入闽者为呼禄法师：
会昌中汰僧，明教在汰中。有呼禄法师者，来入福唐，授侣三山，游方泉郡，卒葬郡北山下。（《闽书》卷七《方域志》）
至宋真宗大中祥符间（1008-1016）敕编《道藏》，明教徒闽富人林世长遂赂主者，以《二宗三际经》编入（《佛祖统纪》引洪迈《夷坚志》）。张君房《云笈七签》序：
臣于时尽得所降《道书》。……及朝廷续降到福建等州道书明使《摩尼经》等，与道士商校异同，铨次成藏，都四千五百六十五卷，题曰《大宋天宫宝藏》。天禧三年（1019）春写进之。
自此闽南遂成明教最重要之教区。洪迈《夷坚志》：
吃菜事魔，三山尤炽。为首者紫帽宽袗。妇人黑冠、白服，称为明教会。所事佛衣白，引经中所谓白佛，言世尊，取《金刚经》一佛二佛三四五佛，以为第五佛。又名末摩尼，采《化胡经》乘自然光明道气，飞入西那玉界苏邻国中，降涎王宫为太子，出家称末摩尼，以自表证。其经名《二宗三际》，二宗者明与暗也，三际者过去未来现在也。大中祥符兴《道藏》，富人林世长赂主者，使编入藏，安于亳州明道宫。……其修持者，正午一食，裸尸以葬，以七时作礼，盖黄巾之遗习也。（《佛祖统纪》引）
陆游记其习尚，谓烧必乳香，食必红蕈，士人宗子，亦从之游云：
闽中有习左道者，谓之明教。亦有《明教经》甚多，刻板摹印，妄取《道藏》中校定官衔赘其后。烧必乳香，食必红蕈，故二物皆翔贵。至有士人宗子辈众中自言，今日赴明教会。予尝诘之：“此魔也，奈何与之游？”则对曰：“不然。男女无别者为魔，男女不亲授者为明教。明教遇妇人所作食则不食。”然尝得所谓明教经观之，诞谩无可取，直俚俗习妖妄者所为耳，又或指名族士大夫家曰，此亦明教也。不知信否？（《老学庵笔记》）
复由闽入浙，据《宋会要》所记，北宋末年，温州地，即有明教斋堂四十余处：
政和四年（1114）十一月四日，臣僚言：“温州等处狂悖之人，自称明教，号为行者。今来明教行者各于所居乡村，建立屋宇，号为斋堂。如温州共有四十余处，并是私建无名额堂。每年正月内取历中密日，聚集侍者、听者、姑婆、斋姊等人建设道场，鼓扇愚民男女，夜聚晓散。”奉御笔，仰所在官司根究指实，将斋堂等一切拆毁。所犯为首之人依条施行外，严立赏格，许人陈告。今后更有似此去处，州县官并行停废，以违御笔论。廉访使者失觉察，监司失按劾与同罪。（《宋会要稿刑法》二上，79页）
其长老名行者，徒众则有侍者、听者、姑婆、斋姊等。恪遵明教规律，于密日[日曜日，康居语（Sogdian）Mir之译音]持斋（沙畹《摩尼教流行中国考，16页）。至南宋初期，已遍播于淮南两浙江东江西福建东南一带，因地异名。孝宗乾道二年（1166）陆游《条对状》云：
自古盗贼之兴，若止因水旱饥馑，迫于寒饿，啸聚攻劫，则措置有方，便可抚定，必不能大为朝廷之忧。唯是妖幻邪人，平时诳惑良民，结连素定，待时而发，则其为害，未易可测。伏缘此色人处处皆有，淮南谓之二子，两浙谓之牟尼教，江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类。名号不一，明教尤甚。至有秀才吏人军兵亦相传习，其神号曰明使，又有肉佛，骨佛，血佛等号，白衣乌帽，所在成社。伪经妖像，至于刻板流布。假借政和中道官程若清等为校勘，福州知州黄裳为监雕，以祭祖考为引鬼，永绝血食。以溺为法水，用以沐浴，其他妖滥，未易概举。烧乳香则乳香为之贵，食菌蕈则菌蕈为之贵。更相结习，有同胶漆。万一窃发，可为寒心。汉之张角，晋之孙恩，近岁之方腊，皆是类也。伏乞朝廷戒敕监司守臣，常切觉察，有犯于有司者，必正典刑，毋得以习不根经教之文，例行阔略。仍多张晓示，见今传习者，限一月听赍经像衣帽，赴官自首，与原其罪。限满重立赏，许人告捕。其经文印版令州县根寻，日下焚毁。仍立法，凡为人图画妖像，及传写刊印明教等妖妄经文者，并从徒一年论罪。庶可阴消异时窃发之患。（《渭南文集》卷五）