虽然只有少数几个日本战犯在南京审判，但给了当地中国百姓一个倾诉苦痛、宣泄仇恨的机会。审判持续到1947年2月，在审判期间，1，000多人证明了约460起谋杀、强*、纵火、抢劫案件。中国政府在南京街头贴出布告，敦促目击者带着证据站出来作证；同时，12个区公所向全市收集人民的陈述。他们一个接一个出现在法庭，聆听中国法官对他们的警告：如果作伪证要判5年监禁，然后发誓句句真言，在书面陈述上签名、盖章、按指印或画押。证人不仅有幸存的中国人，还有一些安全区的领导人，如迈纳·瑟尔·贝茨和刘易斯·斯迈思。
审判期间，痛苦地隐藏多年的证据展示出来。最著名的展品之一是一小本相册，有16张日本人自己拍摄的关于种种暴行的照片。大屠杀期间，这些底片由日本人送去冲印店，那儿的雇员偷偷多印了一套相片，放进相册，藏在浴室墙内，后来又秘密藏在一座佛像下面。这本相册从一人手里传到另一人手里，甚至在日本人发出威胁并搜查其拍成照片的罪证时，人们仍冒着生命的危险收藏它。为了这16张照片，有一名男子甚至逃出南京流亡。(这些照片从照相馆到战争罪行审判庭再到它们的最后栖身之地档案馆，其间漫长而又复杂的历程在中国激发了无数的文章以及一部大型纪录片)。
不过，不是所有的证据都是经由如此轰动曲折的道路到达法庭的。有的是直接来自旧的剪报。本书第二章描述过两个日军中尉野田毅和向并敏明参与臭名昭著的杀人竞赛，《日本广知新闻》有关此事的一篇文章被引用在审判中。在审判过程中，当然，这两名日军军官都否认每人杀人超过150个。其中一人指责这篇文章是外国记者凭想象捏造的，另一人坚持说竞赛的事是他瞎编的，是为了回日本后比较容易娶到老凄。1947年12月18日，当判决在法庭上宣读时，中国听众高声欢呼，高兴地落下眼泪。两名中尉由行刑队处以死刑。
南京战争罪行审判的焦点是谷寿夫。1937年，他在南京任日军第六师团师团长。这支部队在南京犯下了累累罪行，尤其在中华门一带。1946年谷寿夫被押回中国审判，一辆囚车把他运进南京的一座拘留营。为起诉他作准备，穿着白色工作服的法医专家挖开中华门附近5个葬地，挖出成千上万的骸骨和颅骨，许多是因枪伤而断裂，而且仍然染着黑色的血迹。
当面对整座城市集中爆发的愤怒时，谷寿夫一定感到胆战心惊。他穿着拆去星章和绶带的黄色军服，站在被告席上，80多名证人出庭详述无休无止的一系列恐怖行为。起诉书很长，列举了谷寿夫师团犯下的成百上千桩罪行：刺杀、烧杀、淹杀、勒杀、强*、偷盗和破坏。罪证越来越多，件件令人发指，专家们在法庭的桌上展示成堆成堆的颅骨，加强了效果，中国公诉人甚至和专家站到一起。1947年2月6日，宣布对谷寿夫的判决时，法庭太小不足以容纳所有要出席的人，但法庭内还是挤满了2，000多名观众，同时用大喇叭向聚集在外面的好几万居民广播宣判的过程。
法庭裁决有罪，对此没有人感到意外。1947年3月10日，法庭作出结论：谷寿夫的部队违反了海牙会议“关于在陆地的战争及战时对待战俘的习惯法”并纵容了一场大屠杀，使南京据估计30万人丧生，之后，宣判谷寿夫死刑。4月26日，南京城里的大多数人走出家门，观看行刑，人们沿街或沿人行道而站，看卫兵把反绑双手的谷寿夫押往位于南京正南方的雨花台刑场。在那里，谷寿夫被枪毙，许多幸存者认为，与其多数受害者的遭遇相比，他的死已是太人道了。
远东国际军事法庭
远东国际军事法庭，亦称东京战争罪行审判，1946年5月3日在日本的首都开始。审讯的范围大得惊人。远东国际军事法庭吸引了20万观众和419名证人。审讯的文字记录多达49，000页，1，000万字，包括779份书面陈述和作证书，以及4，336件物证。这次审判被称作"世纪的审判"，持续了两年半--是纽伦堡审判所花时间的3倍。事实上，远东国际军事法庭会成为历史上最长的战争罪行审判。
远东国际军事法庭引起无数传媒和法律界人士的注意，尽管只有28名日本军事和政府官员被起诉。每次开庭，法庭里都挤满了1，000多人，包括法官、律师、外国记者：新闻摄影师、法律工作者、军事警察、速记员和翻译。记者席的左边，升高的台子上，坐着来自11个同盟国的法官，记者席的右边是被告，观众坐在楼厅上，律师、助手和职员站在下面。每个人都戴着耳机，因为诉讼程序以英语和日语两种语言进行。
“在远东国际军事法庭上，有1，000个美莱(越南南方的一个村庄，1968年美军在那里杀害了100多平民。--译者)出现”，阿诺德·布雷克曼在他的著作《另一个纽伦堡：东京战争罪行审判未曾讲过的故事》中写道。在审讯期间，日本人席卷亚洲所作所为的成千上万骇人听闻的细节，通过大量的新闻报道、调查报告、统计资料和证人证词呈现出来。远东国际军事法庭不仅建立了南京大屠杀的永久性口述历史记录，而且证明了南京大屠杀仅仅是日本人在战争期间全部暴行的一小部分。检察当局发现，其中有日本人在其俘虏身上做医学试验，使重病和饥饿的囚犯因精疲力竭倒地死去的行军(如臭名昭著的巴丹死亡行军)，修筑暹缅死亡铁路的残酷条件，把水或煤油灌进受害者的口鼻直到其肠子破裂的“水疗法”，悬吊俘虏的腕、臂或腿直至其关节完全脱臼，强迫受害人跪在利器上，令人痛苦之极的拔指甲，电击折磨，强迫妇女裸身坐在炭炉上，每一种可以想象到的殴打鞭笞形式(宪兵好用的一种折磨方法是把俘虏捆在树上，围着他们，用一种委婉地称作“三重攻击”或“三方会合”的方法把他们踢死)，甚至活体解剖和吃人肉。后来认定，日本人对待战俘之残暴甚至超过纳粹。纳粹囚禁的美国战俘25人中仅死一人，相比之下，日本人囚禁的三人中就有一人死亡。