九月甲戌，司空、镇东将军、扬州刺史南平王恪薨。冬十月乙未，前梁州刺史萧循自魏至于江陵，以循为平北将军、开府仪同三司。戊申，执湘州刺史王琳于殿内，琳副将殷晏下狱死。辛酉，以子方略为湘州刺史。庚戌，琳长史陆纳及其将潘乌累等举兵反，袭陷湘州。是月，四方征镇，王公卿士复劝世祖即尊号，犹谦让未许。表三上，乃从之。
承圣元年冬十一月丙子，世祖即皇帝位于江陵。诏曰：“夫树之以君，司牧黔首。帝尧之心，岂贵黄屋，诚弗获已而临莅之。朕皇祖太祖文皇帝积德岐、梁，化行江、汉，道映在田，具瞻斯属。皇考高祖武皇帝明并日月，功格区宇，应天从民，惟睿作圣。太宗简文皇帝地侔启、诵，方符文、景。羯寇凭陵，时难孔棘。朕大拯横流，克复宗社。群公卿士、百辟庶僚，咸以皇灵眷命，归运斯及，天命不可以久淹，宸极不可以久旷。粤若前载，宪章令范，畏天之威，算隆宝历，用集神器于予一人。昔虞、夏、商、周，年无嘉号，汉、魏、晋、宋，因循以久。朕虽云拨乱，且非创业，思得上系宗祧，下惠亿兆。可改太清六年为承圣元年。逋租宿责，并许弘贷；孝子义孙，可悉赐爵；长徒鏁士，特加原宥；禁锢夺劳，一皆旷荡。”是日世祖不升正殿，公卿陪列而已。丁丑，以平北将军、开府仪同三司萧循为骠骑将军、湘州刺史，余如故。己卯，立王太子方矩为皇太子，改名元良。立皇子方智为晋安郡王，方略为始安郡王。追尊所生妣阮修容为文宣太后。是月，陆纳遣将潘乌累等攻破衡州刺史丁道贵于渌口，道贵走零陵。十二月壬子，陆纳分兵袭巴陵，湘州刺史萧循击破之。是月，营州刺史李洪雅自零陵率众出空云滩，将下讨纳，纳遣将吴藏等袭破洪雅，洪雅退守空云城。
二年春正月乙丑，诏王僧辩率众军士讨陆纳。戊寅，以吏部尚书王褒为尚书右仆射，刘 ?为吏部尚书。西魏遣大将尉迟迥袭益州。三月庚午，诏曰：“食乃民天，农为治本，垂之千载，贻诸百王，莫不敬授民时，躬耕帝籍。是以稼穑为宝，《周颂》嘉其乐章；禾麦不成，鲁史书其方册。秦人有农力之科，汉氏开屯田之利。顷岁屯否，多难荐臻，干戈不戢，我则未暇。广田之令，无闻于郡国；载师之职，有陋于官方。今元恶殄歼，海内方一，其大庇黔首，庶拯横流。一廛旷务，劳心日仄；一夫废业，舄卤无遗。国富刑清，家给民足。其力田之身，在所蠲免。外即宣勒，称朕意焉。”辛未，李洪雅以空云城降贼，贼执之而归。初，丁道贵走零陵投洪雅，洪雅使收余众。与之俱降。洪雅既降贼，贼乃害道贵。丙子，贼将吴藏等帅兵据车轮。庚寅，有两龙见湘州西江。夏四月丙申，僧辩军次车轮。五月甲子，众军攻贼，大破之。乙丑，僧辩军至长沙。甲戌，尉迟迥进逼巴西，潼州刺史杨虔运以城降，纳迥。己丑，萧纪军至西陵。六月乙卯，湘州平。是月，尉迟迥围益州。秋七月辛未，巴人苻升、徐子初斩贼城主公孙晁，举城来降。纪众大溃，遇兵死。乙未，王僧辩班师江陵，诏诸军各还所镇。八月戊戌，尉迟迥陷益州。庚子，诏曰：“夫爰始居毫，不废先王之都；受命于周，无改旧邦之颂。顷戎旃既息，关柝无警。去鲁兴叹，有感宵分，过沛殒涕，实劳夕寐。仍以潇、湘作乱，庸、蜀阻兵，命将授律，指期克定。今八表乂清，四郊无垒，宜从青盖之典，言归白水之乡。江、湘委输，方船连舳，巴峡舟舰，精甲百万，先次建鄴，行实京师，然后六军遄征，九旂扬旆，拜谒茔陵，修复宗社。主者详依旧典，以时宣勒。”九月庚午，司徒王僧辩旋镇。丙子，以护军将军陆法和为郢州刺史。乙酉，以晋安王方智为江州刺史。是月，魏遣郭元建治舟师于合肥，又遣大将邢杲远、步六汗萨、东方老率众会之。冬十一月辛酉，僧辨次于姑孰，即留镇焉。遣豫州刺史侯瑱据东关垒，征吴兴太守裴之横帅众继之。戊戌，以尚书右仆射王褒为尚书左仆射，湘东太守张绾为尚书右仆射。十二月，宿预土民东方光据城归化，魏江西州郡皆起兵应之。
三年春正月甲午，加南豫州刺史侯瑱征北将军、开府仪同三司。陈霸先帅众攻广陵城。秦州刺史严超达自秦郡围泾州，侯瑱、张彪出石梁，为其声援。辛丑，陈霸先遣晋陵太守杜僧明率众助东方光。三月甲辰，以司徒王僧辩为太尉、车骑大将军。丁未，魏遣将王球率众七百攻宿预，杜僧明逆击，大破之。戊申，以护军将军、郢州刺史陆法和为司徒。夏四月癸酉，以征北大将军、开府仪同三司陈霸先为司空。六月壬午，魏复遣将步六汗萨率众救泾州。癸未，有黑气如龙，见于殿内。秋七月甲辰，以都官尚书宗懔为吏部尚书。九月辛卯，世祖于龙光殿述《老子》义，尚书左仆射王褒为执经。乙巳，魏遣其柱国万纽于谨率大众来寇。冬十月丙寅，魏军至于襄阳，萧察率众会之。丁卯，停讲，内外戒严，舆驾出行都栅。是日，大风拔木，丙子，征王僧辩等军。十一月，以领军胡僧祐都督城东城北诸军事，右仆射张绾为副；左仆射王褒都督城西城南诸军事，直殿省元景亮为副。王公卿士各有守备。丙戌，世祖遍行都栅，皇太子巡行城楼，使居民助运水石，诸要害所，并增兵备。丁亥，魏军至栅下。丙申，征广州刺史王琳入援。丁酉，大风，城内火。以胡僧祐为开府仪同三司，巂州刺史裴畿为领军将军。庚子，信州刺史徐世谱、晋安王司马任约军次马头岸。戊申，胡僧祐、硃买臣等率兵出战，买臣败绩。己酉，降左仆射王褒为护军将军。辛亥，魏军大攻，世祖出枇杷门，亲临阵督战。胡僧祐中流矢薨。六军败绩。反者斩西门关以纳魏师，城陷于西魏。世祖见执，如萧察营，又迁还城内。十二月丙辰，徐世谱、任约退戍巴陵。辛未，西魏害世祖，遂崩焉，时年四十七。太子元良、始安王方略皆见害。乃选百姓男女数万口，分为奴婢，驱入长安；小弱者皆杀之。明年四月，追尊为孝元皇帝，庙曰世祖。
世祖聪悟俊朗，天才英发。年五岁，高祖问：“汝读何书？”对曰：“能诵《曲礼》。”高祖曰：“汝试言之。”即诵上篇，左右莫不惊叹。初生患眼，高祖自下意治之，遂盲一目，弥加愍爱。既长好学，博综群书，下笔成章，出言为论，才辩敏速，冠绝一时。高祖尝问曰：“孙策昔在江东，于时年几？”答曰：“十七。”高祖曰：“正是汝年。”贺革为府谘议，敕革讲《三礼》。世祖性不好声色，颇有高名，与裴子野、刘显、萧子云、张缵及当时才秀为布衣之交，著述辞章，多行于世。在寻阳，梦人曰：“天下将乱，王必维之。”又背生黑子，巫媪见曰：“此大贵兆，当不可言。”初，贺革西上，意甚不悦，过别御史中丞江革，以情告之。革曰：“吾尝梦主上遍见诸子，至湘东王，手脱帽授之。此人后必当璧，卿其行乎！”革从之。及太清之难，乃能克复，故遐迩乐推，遂膺宝命矣。所著《孝德传》三十卷，《忠臣传》三十卷，《丹阳尹传》十卷。《注汉书》一百一十五卷，《周易讲疏》十卷，《内典博要》一百卷，《连山》三十卷，《洞林》三卷，《玉韬》十卷，《补阙子》十卷，《老子讲疏》四卷，《全德志》、《怀旧志》、《荆南志》、《江州记》、《贡职图》、《古今同姓名录》一卷，《筮经》十二卷，《式赞》三卷，文集五十卷。