时史官克日蚀，豫敕罢朝。普惠以逆废非礼，上疏陈之。又表论时政得失。一曰，审法度，平斗尺，调租务轻，赋役务省。二曰，听舆言，察怨讼，先皇旧事有不便于政者，请悉追改。三曰，进忠謇，退不肖，任贤勿贰，去邪勿疑。四曰，兴灭国，继绝世，勋亲之胤，所宜收叙。书奏，肃宗、灵太后引普惠于宣光殿，随事难诘，延对移时。令曰：“宁有先皇之诏，一一翻改！”普惠僶俛不言。令曰：“卿似欲致谏，故以左右有人，不肯苦言。朕为卿屏左右，卿其尽陈之。”对曰：“圣人之养庶物，爱之如伤。况今二圣纂承洪绪，妻承夫，子承父，夫、父之不可，安然仍行，岂先帝传委之本意？仰惟先帝行事，或有司之谬，或权时所行，在后以为不可者，皆追而正之。圣上忘先帝之自新，不问理之伸屈，一皆抑之，岂苍生黎庶所仰望于圣德？”太后曰：“小小细务，一一翻动，更成烦扰。”普惠曰：“圣上之养庶物，若慈母之养赤子。今赤子几临危壑，将赴水火，以烦劳而不救，岂赤子所望于慈母！”太后曰：“天下苍生，宁有如此苦事？”普惠曰：“天下之亲懿，莫重于太师彭城王，然遂不免枉死。微细之苦，何可得无？”太后曰：“彭城之苦，吾已封其三子，何足复言！”普惠曰：“圣后封彭城之三子，天下莫不忻至德，知慈母之在上。臣所以重陈者，凡如此枉，乞垂圣察。”太后曰：“卿云‘兴灭国，继绝世’，灭国绝世，竟复谁是？”普惠曰：“昔淮南逆终，汉文封其四子，盖骨肉之不可弃，亲亲故也。窃见故太尉咸阳王、冀州刺史京兆王，乃皇子皇孙，一德之亏，自贻悔戾，沉沦幽壤，缅焉弗收，岂是兴灭继绝之意？乞收葬二王，封其子孙，愚臣之愿。”太后曰：“卿言有理，朕深戢之，当命公卿博议此事。”
及任城王澄薨，普惠以吏民之义，又荷其恩待，朔望奔赴，至于禫除，虽寒暑风雨，无不必至。初，澄嘉赏普惠，临薨，启为尚书右丞。灵太后既深悼澄，览启从之。诏行之后，尚书诸郎以普惠地寒，不应便居管辖，相与为约，并欲不放上省，纷纭多日乃息。
正光二年，诏遣杨钧送蠕蠕主阿那瑰还国。普惠谓遣之将贻后患，上疏曰：“臣闻乾元以利贞为大，非义则不动；皇王以博施为功，非类则不从。故能始万物而化天下者也。伏惟陛下叡哲钦明，道光虞舜，八表宅心，九服清晏。蠕蠕相害于朔垂，妖师扇乱于江外，此乃封豕长蛇，不识王度，天将悔其罪，所以奉皇魏，故荼毒之、辛苦之，令知至道之可乐也。宜安民以悦其志，恭己以怀其心。而先自劳扰，艰难下民，兴师郊甸之内，远投荒塞之外，救累世之勍敌，可谓无名之师。谚曰‘唯乱门之无过’，愚情未见其可。当是边将窥窃一时之功，不思兵为凶器，不得已而用之者也。夫白登之役，汉祖亲困之。樊哙欲以十万众横行匈奴中，季布以为不可，请斩之。千载以为美。况今旱酷异常，圣慈降膳，乃以万五千人使杨钧为将而欲定蠕蠕，忤时而动，其可济乎？阿那瑰投命皇朝，抚之可也，岂容困疲我兆民以资天丧之虏？昔庄公纳子纠，以致乾时之败；鲁僖以邾国，而有悬胄之耻。今蠕蠕时乱，后主继立，虽云散亡，奸虞难抑。脱有井陉之虑，杨钧之肉其可食乎！高车、蠕蠕，连兵积年，饥馑相仍，须其自毙，小亡大伤，然后一举而并之。此卞氏之高略，所以获两虎，不可不图之。今土山告难，简书相续，盖亦无能为也，正与今举相会，天其或者欲以告戒人，不欲使南北两强，并兴大众。脱狂狡构间于其间，而复事连中国，何以宁之？今宰辅专欲好小名，不图安危大计，此微臣所以寒心者也。那瑰之不还，负何信义？此机之际，北师宜停。臣言不及义，文书所经过，不敢不陈。兵犹火也，不戢将自焚。二虏自灭之形，可以为殷鉴。伏愿辑和万国，以静四疆，混一之期，坐而自至矣。臣愚昧多违，必无可采，匹夫之智，愿以呈献。”表奏，诏答曰：“夫穷鸟归人，尚或兴恻，况那瑰婴祸流离，远来依庇，在情在国，何容弗矜？且纳亡兴丧，有国大义，皇魏堂堂，宁废斯德？后主乱亡，似当非谬，此送彼迎，想无拒战。国义宜表，朝算已决，卿深诚厚虑，脱用嘉戢。但此段机略，不获相从，脱后不逮，勿惮匡言。”
时萧衍义州刺史文僧明举城归顺，扬州刺史长孙稚遣别驾封寿入城固守，衍将裴邃、湛僧率众攻逼，诏普惠为持节、东道行台，摄军司赴援之。军始渡淮，而封寿已弃城单马而退。军罢还朝。萧衍弟子西丰侯正德诈称降款，朝廷颇事当迎，普惠上疏，请赴扬州，移还萧氏，不从。俄而，正德果逃还。凉州刺史石士基、行台元洪超并赃货被绳，以普惠为右将军、凉州刺史，即为西行台。以病辞免。除光禄大夫，右丞如故。
先是，仇池武兴群氐数反，西垂郡戍，租运久绝。诏普惠以本官为持节、西道行台。给秦、岐、泾、华、雍、豳、东秦七州兵武三万人，任其召发，送南秦、东益二州兵租，分付诸戍，其所部将统，听于关西牧守之中随机召遣，军资板印之属，悉以自随。普惠至南秦，停岐、泾、华、雍、豳、东秦六州兵武，召秦州兵武四千人，分配四统；令送租兵连营接栅，相继而进，运租车驴，随机输转。别遣中散大夫封答慰喻南秦，员外常侍杨公熙宣劳东益氐民。于时，南秦氐豪吴富聚合凶类，所在邀劫。公熙既至，东益州刺史魏子建密与普惠书，言公熙旧是蕃国之胤，而诸氐与相见者，必有阴私，言宜加图防。普惠乃符摄公熙，令赴南秦。公熙果已密遣其从兄山虎与吴富同逆，又妄自说乡里，纷动群氐，托云与崔南秦有隙，拒而不赴。租达平落，吴富等果胁车营，实公熙所潜遣也。后吴富虽为左右所杀，而徒党犹盛。秦□所绾武都、武阶，租颇得达。东益群氐先款顺，故广业、仇鸠、河池三城粟便得入。其应入东益十万石租，皆稽留费尽，升斗不至，镇戍兵武，遂致饥虚，咸恨普惠经略不广。事讫，普惠拜表按劾公熙。还朝，赐绢布一百段。
时诏访冤屈，普惠上疏曰：
《诗》称“文王孙子，本枝百世”，《易》曰“大君有命，开国承家”，皆所以明德睦亲，维城作翰。汉祖封爵之誓曰：“使黄河如带，太山如砺，国以永存，爰及苗裔。”又申之以丹书之信，重之以白马之盟。其以强大分王，罪犯蹙邑者，盖有之矣；未闻父基子构，世载忠贤，一死一削，用为恆典者也。故尚书令臣肇，未能远稽古义，近究成旨，以初封之诏，有亲王二千户、始蕃一千户、二蕃五百户、三蕃三百户，谓是亲疏世减之法；又以开国五等，有所减之言，以为世减之趣。遂立格奏夺，称是高祖本意，仍被旨可。差谬之来，亦已甚矣。遂使勋亲怀屈，幽显同冤，纷讼弥年，莫之能息。