王莽之世，天下咸思汉德，安定三水卢芳居左谷中，诈称武帝曾孙刘文伯，云“曾祖母，匈奴浑邪王之姊也”。常以是言诳惑安定间。王莽末，乃与三水属国羌、胡起兵。更始至长安，征芳为骑都尉，使镇抚安定以西。更始败，三水豪桀共立芳为上将军、西平王，使使与西羌、匈奴结和亲。单于以为：“汉氏中绝，刘氏来归，我亦当如呼韩邪立之，令尊事我。”乃使句林王将数千骑迎芳兄弟入匈奴，立芳为汉帝，以芳弟程为中郎将，将胡骑还入安定。
帝以关中未定，而邓禹久不进兵，赐书责之曰：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏民遑遑无所依归，宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”禹犹执前意，别攻上郡诸县，更征兵引谷，归至大要。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆守栒邑，二人争权相攻，愔遂杀歆，因反击禹，禹遣使以闻。帝问使人：“愔所亲爱为谁？”对曰：“护军黄防。”帝度愔、防不能久和，势必相忤，因报禹曰：“缚冯愔者，必黄防也。”乃遣尚书宗广持节往降之。后月馀，防果执愔，将其众归罪。更始诸将王匡、胡殷、成丹等皆诣广降，广与东归；至安邑，道欲亡，广悉斩之。愔之叛也，引兵西向天水；隗嚣逆击，破之于高平，尽获其辎重。于是禹承制遣使持节命嚣为西州大将军，得专制凉州、朔方事。
腊日，赤眉设乐大会，酒未行，群臣更相辩斗；而兵众遂各逾宫，斩关入，掠酒肉，互相杀伤。卫尉诸葛穉闻之，勒兵入，格杀百馀人，乃定。刘盆子惶恐，日夜啼泣，从官皆怜之。
帝遣宗正刘延攻天井关，与田邑连战十馀合，延不得进。及更始败，邑遣使请降；即拜为上党太守。帝又遣谏议大夫储大伯持节征鲍永；永未知更始存亡，疑不肯从，收系大伯，遣使驰至长安，诇问虚实。
初，帝从更始在宛，纳新野阴氏之女丽华。是岁，遣使迎丽华与帝姊湖阳公主、妹宁平公主俱到洛阳；以丽华为贵人。更始西平王李通先娶宁平公主，上征通为卫尉。
初，更始以王闳为琅邪太守，张步据郡拒之。闳谕降，得赣榆等六县；收兵与步战，不胜。步既受刘永官号，治兵于剧，遣将徇泰山、东莱、城阳、胶东、北海、济南、齐郡，皆下之。闳力不敌，乃诣步相见。步大陈兵而见之。怒曰：“步有何罪，君前见攻之甚！”闳按剑曰：“太守奉朝命，而文公拥兵相拒。闳攻贼耳，何谓甚邪！”步起跪谢，与之宴饮，待为上宾，令闳关掌郡事。
世祖光武皇帝上之上建武二年（丙戌，公元二六年）
春，正月，甲子朔，日有食之。
刘恭知赤眉必败，密教弟盆子归玺绶，习为辞让之言。及正旦大会，恭先曰：“诸君共立恭弟为帝，德诚深厚！立且一年，殽乱日甚，诚不足以相成，恐死而无益，愿得退为庶人，更求贤知，唯诸君省察！”樊崇等谢曰：“此者崇等罪也。”恭复固请，或曰：“此宁式侯事邪？”恭惶恐起去。盆子乃下床解玺绶，叩头曰：“今设置县官而为贼如故，四方怨恨，不复信向，此皆立非其人所致。愿乞骸骨，避贤圣路！必欲杀盆子以塞责者，无所离死！”因涕泣嘘唏。崇等及会者数百人，莫不哀怜之，乃皆避席顿首曰：“臣无状，负陛下，请自今已后，不敢复放纵！”因共抱持盆子，带以玺绶；盆子号呼，不得已。既罢出，各闭营自守。三辅翕然，称天子聪明，百姓争还长安，市里且满。后二十馀日，复出，大掠如故。
刁子都为其部曲所杀，馀党与诸贼会檀乡，号檀乡贼，寇魏郡、清河。魏郡大吏李熊弟陆谋反城迎檀乡，或以告魏郡太守颍川铫期，期召问熊，熊叩头首服，愿与老母俱就死。期曰：“为吏傥不若为贼乐者，可归与老母往就陆也！”使吏送出城。熊行，求得陆，将诣鄴城西门；陆不胜愧感，自杀以谢期。期嗟叹，以礼葬之，而还熊故职。于是郡中服其威信。帝遣吴汉率王梁等九将军击檀乡于鄴东漳水上，大破之，十馀万众皆降。又使梁与大将军杜茂将兵安辑魏郡、清河、东郡，悉平诸营保，三郡清静，边路流通。
庚辰，悉封诸功臣为列侯；梁侯邓禹、广平侯吴汉皆食四县。博士丁恭议曰：“古者封诸侯不过百里，强干弱枝，所以为治也。今封四县，不合法制。”帝曰：“古之亡国皆以无道，未尝闻功臣地多而灭亡者也。”阴乡侯阴识，贵人之兄也，以军功当增封，识叩头让曰：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不可以示天下。此为亲戚受赏，国人计功也。”帝从之。帝令诸将各言所乐，皆占美县；河南太守颍川丁綝独求封本乡。或问其故，綝曰：“綝能薄功微，得乡亭厚矣！”帝从其志，封新安乡侯。帝使郎中魏郡冯勤典诸侯封事，勤差量功次轻重，国土远近，地势丰薄，不相逾越，莫不厌服焉。帝以为能，尚书众事皆令总录之。故事：尚书郎以令史久次补之，帝始用孝廉为尚书郎。
起高庙于洛阳，四时合祀高祖、太宗、世宗；建社稷于宗庙之右；立郊兆于城南。
长安城中粮尽，赤眉收载珍宝，大纵火烧宫室、市里，恣行杀掠，长安城中无复人行；乃引兵而西，众号百万，自南山转掠城邑，遂入安定、北地。邓禹引兵南至长安，军昆明池，谒祠高庙，收十一帝神主，送诣洛阳；因巡行园陵，为置吏士奉守焉。
真定王杨造谶记曰：“赤九之后，瘿杨为主。”杨病瘿，欲以惑众；与绵曼贼交通。帝遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征之，杨闭城门不内。帝复遣前将军耿纯持节行幽、冀，所过劳慰王、侯，密敕收杨。纯至真定，止传舍，邀杨相见。纯，真定宗室之出也，故杨不以为疑，且自恃众强，而纯意安静，即从官属诣之；杨兄弟并将轻兵在门外。杨入，见纯，纯接以礼敬，因延请其兄弟皆入，乃闭阁，悉诛之，因勒兵而出。真定震怖，无敢动者。帝怜杨谋未发而诛，复封其子为真定王。
二月，己酉，车驾幸修武。
鲍永、冯衍审知更始已亡，乃发丧，出储大伯等，封上印绶，悉罢兵，幅巾诣河内，帝见永，问曰：“卿众安在？”永离席叩头曰：“臣事更始，不能令全，诚惭以其众幸富贵，故悉罢之。”帝曰：“卿言大。”而意不悦。既而永以立功见用，衍遂废弃。永谓衍曰：“昔高祖赏季布之罪，诛丁固之功；今遭明主，亦何忧哉！”衍曰：“人有挑其邻人之妻者，其长者骂而少者报之。后其夫死，取其长者。或谓之曰：‘夫非骂尔者邪？’曰：‘在人欲其报我，在我欲其骂人也！’夫天命难知，人道易守，守道之臣，何患死亡！”
大司空王梁屡违诏命，帝怒，遣尚书宗广持节即军中斩梁；广槛车送京师。既至，赦之，以为中郎将，北守箕关。