进部曲将吴匡、张璋在外，闻进被害，欲引兵入宫，宫门闭。虎贲中郎将袁术与匡共斫攻之，中黄门持兵守阁。会日暮，术因烧南宫青琐门，欲以胁出让等。让等入白太后，言大将军兵反，烧宫，攻尚书闼，因将太后、少帝及陈留王，劫省内官属，从复道走北宫。尚书卢植执戈于阁道窗下，仰数段珪；珪惧，乃释太后，太后投阁，得免。袁绍与叔父隗矫诏召樊陵、许相，斩之。绍及何苗引兵屯硃雀阙下，捕得赵忠等，斩之。吴匡等素怨苗不与进同心，而又疑其与宦官通谋，乃令军中曰：“杀大将军者，即车骑也，吏士能为报仇乎？”皆流涕曰：“愿致死！”匡遂引兵与董卓弟奉车都尉旻攻杀苗，弃其尸于苑中。绍遂闭北宫门，勒兵捕诸宦者，无少长皆杀之，凡二千馀人，或有无须而误死者。绍因进兵排宫，或上端门屋，以攻省内。
庚午，张让、段珪等困迫，遂将帝与陈留王数十人步出谷门，夜，至小平津，六玺不自随，公卿无得从者，唯尚书卢植、河南中部掾闵贡夜至河上。贡厉声质责让等，且曰：“今不速死，吾将杀汝！”因手剑斩数人。让等惶怖，叉手再拜，叩头向帝辞曰：“臣等死，陛下自爱！”遂投河而死。贡扶帝与陈留王夜步逐萤光南行，欲还宫，行数里，得民家露车，共乘之，至雒舍止，辛未，帝独乘一马，陈留王与贡共乘一马，从雒舍南行，公卿稍有至者。董卓至显阳苑，远见火起，知有变，引兵急进；未明，到城西，闻帝在北，因与公卿往奉迎于北芒阪下。帝见卓将兵卒至，恐怖涕泣。群公谓卓曰：“有诏却兵。”卓曰：“公诸人为国大臣，不能匡正王室，至使国家播荡，何却兵之有！”卓与帝语，语不可了；乃更与陈留王语，问祸乱由起，王答，自初至终，无所遗失。卓大喜，以王为贤，且为董太后所养，卓自以与太后同族，遂有废立之意。是日，帝还宫，赦天下，改光熹为昭宁。失传国玺，馀玺皆得之。以丁原为执金吾。骑都尉鲍信自泰山募兵适至，说袁绍曰：“董卓拥强兵，将有异志，今不早图，必为所制；乃其新至疲劳，袭之，可禽也！”绍畏卓，不敢发。信乃引兵还泰山。
董卓之入也，步骑不过三千，自嫌兵少，恐不为远近所服，率四五日辄夜潜出军近营，明旦，乃大陈旌鼓而还，以为西兵复至，雒中无知者。俄而进及递苗部曲皆归于卓，卓又阴使丁原部曲司马五原吕布杀原而并其众，卓兵于是大盛。乃讽朝廷，以久雨，策免司空刘弘而代之。
初，蔡邕徙朔方，会赦得还。五原太守王智，甫之弟也，奏蔡邕谤讪朝廷；邕遂亡命江海，积十二年，董卓闻其名而辟之，称疾不就。卓怒，詈曰：“我能族人！”邕惧而应命，到，署祭酒，甚见敬重，举高第，三日之间，周历三台，迁为侍中。
董卓谓袁绍曰：“天下之主，宜得贤明，每念灵帝，令人愤毒！董侯似可，今欲立之，为能胜史侯否？人有小智大痴，亦知复何如？为当且尔。刘氏种不足复遗！”绍曰：“汉家君天下四百许年，恩泽深渥，兆民戴之。今上富于春秋，未有不善宣于天下。公欲废嫡立庶，恐众不从公议也。”卓按剑叱绍曰：“竖子敢然！天下之事，岂不在我！我欲为之，谁敢不从！尔谓董卓刀为不利乎！”绍勃然曰：“天下健者，岂惟董公！”引佩刀，横揖，径出。卓以新至，见绍大家，故不敢害。绍县节于上东门，逃奔冀州。
九月，癸酉，卓大会百寮，奋首而言曰：“皇帝暗弱，不可以奉宗庙，为天下主。今欲依伊尹、霍光故事，更立陈留王，何如？”公卿以下皆惶恐，莫敢对。卓又抗言曰：“昔霍光定策，延年按剑。有敢沮大议，皆以军法从事！”坐者震动，尚书卢植独曰：“昔太甲既立不明，昌邑罪过千馀，故有废立之事。今上富于春秋，行无失德，非前事之比也。”卓大怒，罢坐。将杀植，蔡邕为之请，议郎彭伯亦谏卓曰：“卢尚书海内大儒，人之望也。今先害之，天下震怖。”卓乃止，但免植官，植遂逃隐于上谷。卓以废立议示太傅袁隗，隗报如议。
甲戌，卓复会群僚于崇德前殿，遂胁太后策废少帝，曰：“皇帝在丧，无人子之心，威仪不类人君，今废为弘农王，立陈留王协为帝。”袁隗解帝玺绶，以奉陈留王，扶弘农王下殿，北面称臣。太后鲠涕，群臣含悲，莫敢言者。卓又议：“太后踧迫永乐宫，至令忧死，逆妇姑之礼。”乃迁太后于永安宫。赦天下，改昭宁为永汉。丙子，卓鸩杀何太后，公卿以下不布服，会葬，素衣而已。卓又发何苗棺，出其尸，支解节断，弃于道边，杀苗母舞阳君，弃尸于苑枳落中。
诏除公卿以下子弟为郎，以补宦官之职，侍于殿上。
乙酉，以太尉刘虞为大司马，封襄贲侯。董卓自为太尉，领前将军事，加节传、斧钺、虎贲，更封郿侯。
丙戌，以太中大夫杨彪为司空。
甲午，以豫州牧黄琬为司徒。
董卓率诸公上书，追理陈蕃、窦武及诸党人，悉复其爵位，遣使吊祠，擢用其子孙。
自六月雨至于是月。
冬，十月，乙巳，葬灵思皇后。
白波贼寇河东，董卓遣其将牛辅击之。
初，南单于于扶罗既立，国人杀其父者遂叛，共立须卜骨都侯为单于。于扶罗指阙自讼。会灵帝崩，天下大乱，于扶罗将数千骑与白波贼合兵寇郡县。时民皆保聚，钞掠无利，而兵遂挫伤。复欲归国，国人不受，乃止河东平阳。须卜骨都侯为单于一年而死，南庭遂虚其位，以老王行国事。
十一月，以董卓为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿。
十二月，戊戌，以司徒黄琬为太尉，司空杨彪为司徒，光禄勋荀爽为司空。
初，尚书武威周毖、城门校尉汝南伍琼，说董卓矫桓、灵之政，擢用天下名士以收众望，卓从之，命毖、琼与尚书郑泰、长史何颙等沙汰秽恶，显拔幽滞。于是征处士荀爽、陈纪、韩融、申屠蟠。复就拜爽平原相，行至宛陵，迁光禄勋，视事三日，进拜司空。自被征命及登台司，凡九十三日。又以纪为五官中郎将，融为大鸿胪。纪，寔之子；融，韶之子也。爽等皆畏卓之暴，无敢不至。独申屠蟠得征书，人劝之行，蟠笑而不答，卓终不能屈，年七十馀，以寿终。卓又以尚书韩馥为冀州牧，侍中刘岱为兗州刺史，陈留孔伷为豫州刺史，东平张邈为陈留太守，颍川张咨为南阳太守。卓所亲爱，并不处显职，但将校而已。
诏除光熹、昭宁、永汉三号。
董卓性残忍，一旦专政，据有国家甲兵、珍宝，威震天下，所愿无极，语宾客曰：“我相，贵无上也！”侍御史扰龙宗诣卓白事，不解剑，立挝杀之。是时，洛中贵戚，室第相望，金帛财产，家家充积，卓纵放兵士，突其庐舍，剽虏资物，妻略妇女，不避贵贱。人情崩恐，不保朝夕。卓购求袁绍急，周毖、伍琼说卓曰：“夫废立大事，非常人所及。袁绍不达大体，恐惧出奔，非有它志。今急购之，势必为变。袁氏树恩四世，门生故吏遍于天下，若收豪杰以聚徒众，英雄因之而起，则山东非公之有也。不如赦之，拜一郡守，绍喜于免罪，必无患矣。”卓以为然，乃即拜绍勃海太守，封邟乡侯。又以袁术为后将军，曹操为骁骑校尉。术畏卓，出奔南阳。操变易姓名，间行东归，过中牟，为亭长所疑，执诣县。时县已被卓书，唯功曹心知是操，以世方乱，不宜拘天下雄俊，因白令释之。操至陈留，散家财，合兵得五千人。