十八年春正月己丑，小王子诸部围灵州，入花马池，遂掠韦州、环县。户部侍郎顾佐理陕西军饷。乙未，大祀天地于南郊。甲辰，小王子陷宁夏清水营。二月戊辰，御奉天门，谕户、兵、工三部曰：“方今生齿渐繁，而户口、军伍日就耗损，此皆官司抚恤无方、因仍苟且所致。其悉议弊政以闻。”三月癸卯，赐顾鼎臣等进士及第、出身有差。夏四月戊寅，刑部侍郎何鉴抚辑荆、襄流民。甲申，帝不豫。五月庚寅，大渐，召大学士刘健、李东阳、谢迁受顾命。辛卯，崩于乾清宫，年三十有六。六月庚申，上尊谥，庙号孝宗，葬泰陵。
赞曰：明有天下，传世十六，太祖、成祖而外，可称者仁宗、宣宗、孝宗而已。仁、宣之际，国势初张，纲纪修立，淳朴未漓。至成化以来，号为太平无事，而晏安则易耽怠玩，富盛则渐启骄奢。孝宗独能恭俭有制，勤政爱民，兢兢于保泰持盈之道，用使朝序清宁，民物康阜。《易》曰：“无平不陂，无往不复，艰贞无咎。”知此道者，其惟孝宗乎！