四十三年春正月壬辰，土蛮黑石炭寇蓟镇，总兵官胡镇、参将白文智御却之。二月己酉，伊王典楧有罪，废为庶人。戊午，倭犯仙游，总兵官戚继光大败之，福建倭平。闰月丙申，盗据漳平，知县魏文瑞死之。三月己未，官军击潮州倭，破之。夏四月乙亥，免畿内被灾税粮。五月壬寅朔，日有食之。乙卯，获桃于御幄，群臣表贺。六月辛卯，倭犯海丰，俞大猷破之。冬十二月，南韶贼起，守备贺铎、指挥蔡胤元被执死之。俺答犯山西，游击梁平、守备祁谋战死。是年，西番、哈密、安南入贡，鲁迷国贡狮子。
四十四年春三月丁巳，赐范应期等进士及第、出身有差。己未，袁炜致仕。辛酉，严世蕃伏诛。是月，土蛮犯辽东，都指挥線补衮、杨维藩战死。夏四月庚辰，吏部尚书严讷、礼部尚书李春芳并兼武英殿大学士，预机务。壬午，俺答犯肃州，总兵官刘承业御却之。六月甲戌，芝生睿宗原庙柱，告庙受贺，遂建玉芝宫。秋八月壬午，获仙药于御座，告庙。冬十一月癸卯，严讷致仕。戊申，奉安献皇帝、后神主于玉芝宫。是年，琉球入贡。
四十五年春二月癸亥，户部主事海瑞上疏，下锦衣卫狱。是月，俞大猷讨广东山贼，大破之。浙江、江西矿贼陷婺源。三月己未，吏部尚书郭朴兼武英殿大学士，礼部尚书高拱兼文渊阁大学士，预机务。夏四月壬戌朔，日有食之。丙戌，俺答犯辽东。六月丙子，旱，亲祷雨于凝道雷轩，越三日雨，群臣表贺。秋七月乙未，俺答犯万全右卫。冬十月丁卯，犯固原，总兵官郭江败死。癸酉，犯偏头关。闰月甲辰，犯大同。参将崔世荣力战死。十一月己未，帝不豫。十二月庚子，大渐，自西苑还乾清宫。是日崩，年六十。遗诏裕王嗣位。隆庆元年正月，上尊谥，庙号世宗，葬永陵。
赞曰：世宗御极之初，力除一切弊政，天下翕然称治。顾迭议大礼，舆论沸腾，幸臣假托，寻兴大狱。夫天性至情，君亲大义，追尊立庙，礼亦宜之；然升祔太庙，而跻于武宗之上，不已过乎！若其时纷纭多故，将疲于边，贼讧于内，而崇尚道教，享祀弗经，营建繁兴，府藏告匮，百余年富庶治平之业，因以渐替。虽剪剔权奸，威柄在御，要亦中材之主也矣。