二十一年春正月甲戌，李如松攻倭于平壤，克之。辛未，王锡爵还朝。辛巳，诏并封三皇子为王，廷臣力争，寻报罢。壬午，李如松进攻王京，遇倭于碧蹄馆，败绩。二月甲寅，敕劳东征将士。夏四月癸卯，倭弃王京遁。六月丁酉，诏天下每岁夏月录囚，减释轻系，如两京例。癸卯，倭使小西飞请款。秋七月癸丑，召援朝鲜诸边镇兵还。乙卯，慧星见，敕修省。八月丙戌，以灾异敕戒内外诸臣修举实政。冬十月丙申，停刑。十二月丙辰，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事，召宋应昌、李如松还。是年，振江北、湖广、河南、浙江、山东饥。河南矿贼大起。乌斯藏入贡。
二十二年春正月己亥，诏以各省灾伤，山东、河南、徐、淮尤甚，盗贼四起，有司玩愒，朝廷诏令不行。自今以安民弭盗为抚按有司黜陟。二月癸丑，皇长子常洛出阁讲学。甲子，遣使振河南，免田租。三月癸卯，诏修国史。夏四月己酉朔，日有食之。五月辛卯，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯并兼东阁大学士，预机务。庚子，王锡爵致仕。六月己酉，雷雨，西华门灾。敕修省。秋七月丙申，河套部长失兔犯延绥。是月，延绥总兵官麻贵败河套部敌于下马关。冬十月己未，南京兵部右侍郎邢玠总督川、贵军务，讨播州宣慰使杨应龙。丁卯，诏倭使入朝。是月，炒花犯辽东，总兵官董一元败之。是年，琉球、乌斯藏入贡。
二十三年春正月癸卯，遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月乙未，赐朱之蕃等进士及第、出身有差。夏五月丁酉，京师地震，敕修省。秋九月戊寅，青海部长永邵卜犯甘肃，参将达云败之。乙酉，诏复建文年号。冬十一月辛未，湖广灾，蠲振有差。十二月辛丑，大学士赵志皋等请发留中章奏，不报。是年，江北大水，淮溢，浸泗州祖陵。
二十四年春二月戊申，麻贵袭河套部，败之。三月乙亥，乾清、坤宁两宫灾，敕修省。壬辰，下诏自责。是月，火落赤犯洮河，总兵官刘綎破走之。夏四月己亥，李宗城自倭营奔还王京。五月戊辰，河套部敌犯甘肃，总兵官杨浚击破之。庚午，复议封倭，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬往。六月，振福建饥。秋七月丁卯，吏部尚书孙丕扬请发推补官员章疏，不报。戊寅，仁圣皇太后崩。乙酉，始遣中官开矿于畿内。未几，河南、山东、山西、浙江、陕西悉令开采，以中官领之。群臣屡谏不听。闰八月乙丑朔，日有食之。丁卯，大学士赵志皋请视朝，发章奏，罢采矿，不报。九月乙未，杨方亨至日本，平秀吉不受封，复侵朝鲜。乙卯，葬孝安庄皇后。是月，河套部犯宁夏。总兵官李如柏击败之。是秋，河决黄堌口。冬十月丙子，停刑。乙酉，始命中官榷税通州。是后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。十二月乙亥，陈于陛卒。