五年春正月辛丑，孔有德陷登州，游击陈良谟战死，总兵官张可大死之。巡抚都御史孙元化、副使宋光兰等被执，寻纵还。辛亥，孔有德陷黄县。丙寅，总兵官杨御蕃、王洪率师讨孔有德，败绩于新城镇。二月己巳朔，孔有德围莱州，巡抚都御史徐从治固守。辛巳，孔有德陷平度。三月壬寅，兵部侍郎刘宇烈督理山东军务，讨孔有德。夏四月甲戌，刘宇烈败绩于沙河。癸未，徐从治中伤卒。是月，总兵官曹文诏、杨嘉谟连破贼于陇安、静宁，贼奔水落城，平凉、庄浪饥民附之，势复炽。五月丙午，参政朱大典为佥都御史，巡抚山东。辛亥，礼部尚书郑以伟、徐光启并兼东阁大学士，预机务。六月，京师大雨水。壬申，河决孟津。秋七月辛丑，太监曹化淳提督京营戎政。癸卯，孔有德伪降，诱执登莱巡抚都御史谢琏，莱州知府朱万年死之。己未，孙元化弃市。逮刘宇烈下狱，论戍。八月甲戌，洪承畴败贼于甘泉，贼首白广恩降。甲申，朱大典督军救莱州，前锋参将祖宽败贼于沙河。乙酉，莱州围解。癸巳，官军大败孔有德于黄县，进围登州。九月丁酉，海贼刘香寇福建。是秋，陕西贼入山西，连陷大宁、泽州、寿阳，分部走河北，犯怀庆，陷修武。冬十一月戊戌，刘香寇浙江。
六年春正月癸卯，曹文诏节制山、陕诸将讨贼。丁未，副将左良玉破贼于涉县，贼走林县山中，饥民争附之。庚申，遣使分督直省逋赋。是月，曹文诏击山西贼，屡败之。二月壬申，削左副都御史王志道籍。癸酉，流贼犯畿南。戊子，总兵官陈洪范等克登州水城。辛卯，孔有德遁入海，山东平。三月癸巳，敕曹文诏诸将限三月平贼。夏四月己巳，免延安、庆阳、平凉新旧辽饷。壬申，总兵官邓玘、左良玉剿河南贼。五月乙巳，太监陈大金等分监曹文诏、张应昌、左良玉、邓玘军。壬子，孔有德及其党耿仲明等航海降于我大清。癸丑，河套部犯宁夏，总兵官贺虎臣战没。六月辛酉朔，太监高起潜监视宁、锦兵饷。乙丑，郑以伟卒。庚辰，周延儒致仕。甲申，延绥副将李卑援剿河南。庚寅，太监张彝宪请催逋赋一千七百余万，给事中范淑泰谏，不听。秋七月甲辰，大清兵取旅顺，总兵官黄龙死之。癸丑，改曹文诏镇大同，山西巡抚都御史许鼎臣请留文诏剿贼，不许。八月己巳，曹文诏败贼于济源，又败之于怀庆。九月庚戌，南京礼部侍郎钱士升为礼部尚书兼东阁大学士，预机务。冬十月戊辰，徐光启卒。十一月癸巳，礼部侍郎王应熊、何吾驺俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。辛亥，诏保定、河南、山西会兵剿贼。壬子，贼渡河。乙卯，陷渑池。十二月，连陷伊阳、卢氏，分犯南阳、汝宁，遂逼湖广。是年，安南入贡。
七年春正月己丑，广鹿岛副将尚可喜降于我大清。设河南、山、陕、川、湖五省总督，以延绥巡抚陈奇瑜兼兵部侍郎为之。庚寅，总兵官张应昌渡河，败贼于灵宝。壬辰，贼自郧阳渡汉。癸巳，犯襄阳，连陷紫阳、平利、白河，南入四川。二月戊寅，陷夔州，大宁诸县皆失守。甲申，耕耤田。乙酉，张献忠突商、雒，凡十三营流入汉南。是月，振登、莱饥，蠲逋赋。三月丁亥朔，日有食之。甲辰，赐刘理顺等进士及第、出身有差。乙巳，张应昌击贼于五岭山，败绩。庚戌，贼自四川走湖广，副将杨世恩追败之于石河口。山西自去年不雨至于是月，民大饥。夏四月，贼自湖广走卢氏、灵宝。癸酉，发帑振陕西、山西饥。五月丙申，副将贺人龙等败贼于蓝田。六月辛未，总督侍郎陈奇瑜、郧阳抚治都御史卢象升会师于上津，剿湖广贼。甲戌，河决沛县。是夏，官军围高迎祥、李自成诸贼于兴安之车箱峡两月。贼食尽，伪降。陈奇瑜受之，纵出险。复叛，陷所过州县。张应昌自清水追贼，败绩。秋七月壬辰，大清兵入上方堡，至宣府。乙未，诏总兵官陈洪范守居庸，巡抚保定都御史丁魁楚等守紫荆、雁门。辛丑，京师戒严。庚戌，大清兵克保安，沿边诸城堡多不守。八月，分遣总兵官尤世威等援边。戊辰，宣大总督侍郎张宗衡节制各镇援兵。闰月甲申，贼陷隆德、固原，参议陆梦龙赴援，败没。丁亥，大清兵克万全左卫。庚寅，旋师出塞。壬寅，李自成围贺人龙于陇州。九月庚申，盔甲厂灾。庚辰，洪承畴解陇州围。甲戌，以贼聚陕西，诏河南兵入潼、华，湖广兵入商、雒，四川兵由兴、汉，山西兵出蒲州、韩城，合剿。冬十月庚戌，湖广兵援汉中，副将杨正芳战死。十一月庚辰，逮陈奇瑜下狱，论戍。乙酉，洪承畴兼摄五省军务。是冬，陕西贼分犯湖广、河南，李自成陷陈州。是年，暹罗入贡。
八年春正月乙卯，贼陷上蔡，连陷汜水、荥阳、固始。己未，洪承畴出关讨贼。辛酉，张献忠陷颍州。丙寅，陷凤阳，焚皇陵楼殿，留守朱国相等战死。壬申，徐州援兵至凤阳。张献忠犯庐州，寻陷庐江、无为。李自成走归德，与罗汝才复入陕西。二月，张献忠陷潜山、罗田、太湖、新蔡，应天巡抚都御史张国维御却之。甲午，以皇陵失守，逮总督漕运尚书杨一鹏下狱，寻弃市。丁酉，总兵官邓玘败贼于罗山。是月，曹文诏败贼于随州。夏四月，张献忠复走汉中，犯平凉、凤翔。丁亥，郑芝龙击败海贼刘香，香自杀，众悉降。辛卯，洪承畴会师于汝州，分部诸将防豫、楚要害。乙巳，川兵变于樊城，邓玘自杀。丙午，洪承畴西还，驻师灵宝。五月乙亥，吴宗达致仕。六月己丑，官军遇贼于乱马川，败绩。壬辰，副将艾万年、柳国镇击李自成于宁州之襄乐，战没。丙午，曹文诏追贼至真宁之湫头镇，遇伏，力战死之。秋七月甲戌，少詹事文震孟、刑部侍郎张至发俱礼部侍郎兼东阁大学士，预机务。是月，张献忠突朱阳关，总兵官尤世威败绩，贼复走河南。八月，李自成陷咸阳，贼将高杰降。壬辰，诏撤监视总理内臣，惟京营及关、宁如故。辛丑，卢象升总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务。九月辛亥，洪承畴督副将曹变蛟等败贼于关山镇。李自成东走，与张献忠合。壬戌，官军败绩于沈丘之瓦店，总兵官张全昌被执。壬申，王应熊致仕。冬十月庚辰，下诏罪己，辟居武英殿，减膳撤乐，示与将士同甘苦。丙戌，户部尚书侯恂请严征新旧逋赋，从之。辛卯，李自成陷陕州。十一月庚戌，何吾驺、文震孟罢。庚申，祀天于南郊。总兵官祖宽破贼于汝州。十二月戊寅，城凤阳。乙酉，卢象升、祖宽败李自成于确山。戊子，左良玉败贼于阌乡。癸巳，贼犯江北，围滁州。乙巳，老回回诸贼自河南犯陕西，洪承畴败之于临潼。是年，安南、暹罗、琉球入贡。
九年春正月甲寅，总理侍郎卢象升、祖宽援滁，大败贼于朱龙桥。丁卯，前礼部侍郎林钎以原官兼东阁大学士，预机务。二月，前副将汤九州及贼战嵩县，败没。山西大饥，人相食。乙酉，宁夏饥，兵变，杀巡抚都御史王楫，兵备副使丁启睿抚定之。辛卯，以武举陈起新为给事中。三月，卢象升、祖大乐剿河南贼。高迎祥、李自成分部入陕西，余贼自光化走湖广。振南阳饥，蠲山西被灾州县新旧二饷。夏四月戊子，钱士升致仕。五月壬子，诏赦协从诸贼。愿归者，护还乡，有司安置；原随军自效者，有功一体叙录。丙辰，延绥总兵官俞冲霄击李自成于安定，败绩，死之。李自成犯榆林，贺人龙击败之。癸酉，免畿内五年以前逋赋。六月乙亥，林钎卒。甲申，吏部侍郎孔贞运，礼部尚书贺逢圣、黄士俊，俱礼部尚书兼东阁大学士，预机务。己亥，总兵官解进忠抚贼于淅川，被杀。秋七月甲辰，内臣李国辅等分守紫荆、倒马诸关。庚戌，成国公朱纯臣巡视边关。癸丑，诏诸镇星驰入援。己未，大清兵入昌平，巡关御史王肇坤等死之。壬戌，巡抚陕西都御史孙传庭击擒贼首高迎祥于盩厔，送京师伏诛。癸亥，谕廷臣助饷。甲子，兵部尚书张凤翼督援军，高起潜为总监。是月，大清兵入宝坻，连下近畿州县。八月癸酉，括勋戚文武诸臣马。乙未，卢象升入援，次真定。丙申，唐王聿键起兵勤王，勒还国，寻废为庶人。是月，大清兵出塞。九月辛酉，改卢象升总督宣大、山西军务。冬十月乙亥，工部侍郎刘宗周以论内臣及大学士温体仁削籍。甲申，张献忠犯襄阳。丙申，命开银铁铜铅诸矿。十一月丁未，蠲山东五年以前逋赋。十二月，大清兵征朝鲜。是年，洪承畴败贼于陇州，贼走庆阳、凤翔。暹罗入贡。