中散骑常侍张融言于利鹿孤曰：“焦朗兄弟据魏安，潜通姚氏，数为反覆，今不取，后必为朝廷忧。”利鹿孤遣傉檀讨之，朗面缚出降，傉檀送于西平，徙其民于乐都。
桓玄发江陵，虑事不捷，常为西还之计。及过寻阳，不见官军，意甚喜，将士之气亦振。庾楷谋泄，玄囚之。丁巳，诏遣齐王柔之以驺虞幡宣告荆、江二州，使罢兵；玄前锋杀之。柔之，宗之子也。
丁卯，玄至姑孰，使共将冯该等攻历阳，襄城太守司马休之婴城固守。玄军断洞浦，焚豫州舟舰。豫州刺史谯王尚之帅步卒九千阵于浦上，遣武都太守杨秋屯横江，秋降于玄军。尚之众溃，逃于涂中，玄捕获之。司马休之出战而败，弃城走。
刘牢之素恶骠骑大将军元显，恐桓玄既灭，元显益骄恣，又恐己功名愈盛，不为元显所容，且自恃材武，拥强兵，欲假玄以除执政，复伺玄之隙而自取之，故不肯讨玄。元显日夜昏酣，以牢之为前锋。牢之骤诣门，不得见，及帝出饯元显，遇之公坐而已。
牢之军溧洲，参军刘裕请击玄，牢之不许。玄使牢之族舅何穆说牢之曰：“自古戴震主之威，挟不赏之功而能自全者，谁邪？越之文种，秦之白起，汉之韩信，皆事明主，为之尽力，功成之日，犹不免诛夷，况为凶愚者之用乎！君如今日战胜则倾宗，战败则覆族，欲以此安归乎！不若翻然改图，则可以长保富贵矣。古人射钩、斩祛，犹不害为辅佐，况玄与君无宿昔之怨乎！”时谯王尚之已败，人情愈恐，牢之颇纳穆言，与玄交通。东海中尉东海何无忌，牢之之甥也，与刘裕极谏，不听。其子骠骑从事中郎敬宣谏曰：“今国家衰危，天下之重在大人与玄。玄藉父、叔之资，据有全楚，割晋国三分之二，一朝纵之使陵朝廷，玄威望既成，恐难图也，董卓之变，将在今矣。”牢之怒曰：“吾岂不知！今日取玄如反覆手耳；但平玄之后，令我奈骠骑何！”三月，乙巳朔，牢之遣敬宣诣玄请降。玄阴欲诛牢之，乃与敬宣宴饮，陈名书画共观之，以安悦其意；敬宣不之觉，玄佐吏莫不相视而笔。玄板敬宣为咨议参军。
元显将发，闻玄已至新亭，弃船，退屯国子学。辛未，陈于宣阳门外。军中相惊，言玄已至南桁，元显引兵欲还宫。玄遣人拔刀随后大呼曰：“放仗！”军人皆崩溃，元显乘马走入东府，唯张法顺一骑随之。元显问计于道子，道子但对之涕泣。玄遣太傅从事中郎毛泰收元显送新亭，缚于舫前而数之。元显曰：“为王诞、张法顺所误耳。”
壬申，复隆安年号，帝遣侍中劳玄于安乐渚。玄入京师，称诏解严，以玄总百揆、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐、荆、江三州刺史，假黄钺。玄以桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兗二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。
初，玄之举兵，侍中王谧奉诏诣玄，玄亲礼之。及玄辅政，以谧为中书令。谧，导之孙也。新安太守殷仲文，觊之弟也，玄姊为仲文妻。仲文闻玄克京师，弃郡投玄，玄以为咨议参军。刘迈往见玄，玄曰：“汝不畏死，而敢来邪？”迈曰：“射钩斩祛，并迈为三。”玄悦，以为参军。
癸酉，有司奏会稽王道子酣纵不孝，当弃市，诏徙安成郡；斩元显及东海王彦璋、谯王尚之、庾楷、张法顺、毛泰等于建康市。桓修为王诞固请，得流岭南。
玄以刘牢之为会稽内史。牢之曰：“始尔，便夺我兵，祸其至矣！”刘敬宣请归谕牢之，使受命，玄遣之。敬宣劝牢之袭玄，牢之犹豫不决，移屯班渎，私告刘裕曰：“今当北就高雅之于广陵，举兵以匡社稷，卿能从我去乎？”裕曰：“将军以劲卒数万，望风降服，彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。”何无忌谓裕曰：“我将何之？”裕曰：“吾观镇北必不免，卿可随我还京口。桓玄若守臣节，当与卿事之；不然，当与卿图之。”
于是牢之大集僚佐，议据江北以讨玄。参军刘袭曰：“事之不可者莫大于反。将军往年反王兗州，近日反司马郎君，今复反桓公；一人三反，何以自立！”语毕，趋出，佐吏多散走。牢之惧，使敬宣之京口迎家；失期不至，牢之以为事已泄，为玄所杀，乃帅部曲北走，至新洲，缢而死。敬宣至，不暇哭，即渡江奔广陵。将吏共殡敛牢之，以其丧归丹徒。玄令斫棺斩首，暴尸于市。
大赦，改元大亨。
桓玄让丞相荆、江、徐三州，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，总百揆；以琅邪王德文为太宰。
司马休之、刘敬宣、高雅之俱奔洛阳，各以子弟为质于秦以求救。秦王兴与之符信，使于关东募兵，得数千人，复还屯彭城间。
孙恩寇临海，临海太守辛景击破之，恩所虏三吴男女，死亡殆尽。恩恐为官军所获，乃赴海死，其党及妓妾从死者以百数，谓之“水仙”。馀众数千人复推恩妹夫卢循为主。循，谌之曾孙也，神采清秀，雅有材艺。少时，沙门惠远尝谓之曰：“君虽体涉风素，而志存不轨，如何？”太尉玄欲抚安东土，乃以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。甲戌，燕大赦。
河西王秃发利鹿孤寝疾，遣令以国事授弟傉檀。初，秃发思复鞬爱重傉檀，谓诸子曰：“傉檀器识，非汝曹所及也。”故诸兄不以传子而传于弟。利鹿孤在位，垂拱而已，军国大事皆委于傉檀。利鹿孤卒，傉檀袭位，更称凉王，改元弘昌，迁于乐都，谥利鹿孤曰康王。
夏，四月，太尉玄出屯姑孰，辞录尚书事，诏许之，而大政皆就咨焉，小事则决于尚书令桓谦及卞范之。
自隆安以来，中外之人厌于祸乱。及玄初至，黜奸佞，擢俊贤，京师欣然，冀得少安。既而玄奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，陵侮朝廷，裁损乘舆供奉之具，帝几不免饥寒，由是众心失望。三吴大饥，户口减半，会稽减什三、四，临海、永嘉殆尽，富室皆衣罗纨，怀金玉，闭门相守饿死。
乞伏炽磐自西平逃归苑川，南凉王傉檀归其妻子。乞伏乾归使炽磐入朝于秦，秦主兴以炽磐为兴晋太守。
五月，卢循自临海入东阳，太尉玄遣抚军中兵参军刘裕将兵击之，循败，走永嘉。
高句丽攻宿军，燕平州刺史慕容归弃城走。
秦主兴大发诸军，遣义阳公平、尚书右仆射狄伯支等将步骑四万伐魏，兴自将大军继之，以尚书令姚晃辅太子泓守长安，没弈干权镇上邽，广陵公钦权镇洛阳。平攻魏乾壁六十馀日，拔之。秋，七月，魏主珪遣毘陵王顺及豫州刺史长孙肥将六万骑为前锋，自将大军继发以击之。
八月，太尉玄讽朝廷以玄平元显功封豫章公，平殷、杨功封桂阳公，并本封南郡如故。玄以豫章封其子昇，桂阳封其兄子俊。