丙戌，刘裕称受帝密诏，以武陵王遵承制总百官行事，加侍中、大将军，因大赦，惟桓玄一族不宥。
刘敬宣、高雅之结青州大姓及鲜卑豪帅，谋杀南燕主备德，推司马休之为主。备德以刘轨为司空，甚宠信之。雅之欲邀轨同谋，敬宣曰：“刘公衰老，有安齐之志，不可告也。”雅之卒告之，轨不从。谋颇泄，敬宣等南走，南燕人收轨，杀之，追及雅之，又杀之。敬宣、休之至淮、泗间，闻桓玄败，遂来归，刘裕以敬宣为晋陵太守。
南燕主备德闻桓玄败，命北地王钟等将兵欲取江南，会备德有疾而止。
夏，四月，己丑，武陵王遵入居东宫，内外毕敬；迁除百官称制书，教称令书。以司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅，桓玄挟帝至江陵，桓石康纳之。玄更署置百官，以卞范之为尚书仆射。自以奔败之后，恐威令不行，乃更增峻刑罚，众益离怨。殷仲文谏，玄怒曰：“今以诸将失律，天文不利，故还都旧楚；而群小纷纷，妄兴异议！方当纠之以猛，未可施之以宽也。”荆、江诸郡闻玄播越，有上表奔问起居者，玄皆不受，更令所在贺迁新都。
初，王谧为玄佐命元臣，玄之受禅，谧手解帝玺绶；乃玄败，众谓谧宜诛，刘裕特保全之。刘毅尝因朝会，问谧玺绶所在。谧内不自安，逃奔曲阿。裕笺白武陵王，迎还复位。
桓玄兄子歆引氐帅杨秋寇历阳，魏咏之帅诸葛长民、刘敬宣、刘钟共击破之，斩杨秋于练固。
玄使武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭帅数千人就何澹之等共守湓口。何无忌、刘道规至桑落洲，庚戌，澹之等引舟师逆战。澹之常所乘舫羽仪旗帜甚盛，无忌曰：“贼帅必不居此，欲诈我耳，宜亟攻之。”众曰：“澹之不在其中，得之无益。”无忌曰：“今众寡不敌，战无全胜，澹之既不居此舫，战士必弱，我以劲兵攻之，必得之；得之，则彼势沮而我气倍，因而薄之，破贼必矣。”道规曰：“善！”遂往攻而得之，因传呼曰：“已得何澹之矣”。澹之军中惊扰。无忌之众亦以为然，乘胜进攻澹之等，大破之。无忌等克湓口，进据寻阳，遣使奉送宗庙主祏还京师。。加刘裕都督江州诸军事。
桑落之战，胡籓所乘舰为官军所烧，籓全铠入水，潜行三十许步，乃得登岸。时江陵路已绝，乃还豫章。刘裕素闻籓为人忠直，引参领军军事。
桓玄收集荆州兵，曾未三旬，有众二万，楼船、器械甚盛。甲寅，玄复帅诸军挟帝东下，以苻宏领梁州刺史，为前锋；又使散骑常侍徐放先行，说刘裕等曰：“若能旋军散甲，当与之更始，各授位任，令不失分。”
刘裕以诸葛长民都督淮北诸军事，镇山阳；以刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑从弟悦代大那谋杀社仑，不克，奔魏。
燕王熙于友腾苑起逍遥宫，连房数百，凿曲光海，盛夏，士卒不得休息，?曷死者大半。
西凉世子谭卒。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌孟怀玉帅众自寻阳西上，五月，癸酉，与桓玄遇于峥嵘洲。毅等兵不满万人，而玄战士数万，众惮之，欲退还寻阳。道规曰：“不可！彼众我寡，强弱异势，今若畏懦不进，必为所乘，虽至寻阳，岂能自固！玄虽窃名雄豪，内实恇怯；加之已经奔败，众无固心。决机两阵，将雄者克，不在众也。”因麾众先进。毅等从之。玄常漾舸于舫侧以备败走，由是众莫有斗心。毅等乘风纵火，尽锐争先，玄众大溃，烧辎重夜遁。郭铨诣毅降。玄故将刘统、冯稚等聚党四百人袭破寻阳城。毅遣建威将军刘怀隶讨平之。怀肃，怀敬之弟也。
玄挟帝单舸西走，留永安何皇后及王皇后于巴陵。殷仲文时在玄舰，求出别船收集散卒，因叛玄，奉二后奔夏口，遂还建康。
己卯，玄与帝入江陵。冯该劝使更下战，玄不从，欲奔汉中就桓希，而人情乖沮，号令不行。庚辰，夜中，处分欲发，城内已乱，乃与亲近腹心百馀人乘马出城西走。至城门，左右于暗中斫玄，不中，其徒更相杀害，前后交横。玄仅得至船，左右分散，惟卞范之在侧。
辛巳，荆州别驾王康产奉帝入南郡府舍，太守王腾之帅文武为侍卫。
玄将之汉中，屯骑校尉毛修之，璩之弟子也，诱玄入蜀，玄从之。宁州刺史毛璠，璩之弟也，卒于官。璩使其兄孙祐之及参军费恬帅数百人，送璠丧归江陵，壬午，遇玄于枚回洲。祐之、恬迎击玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、万盖等以身蔽玄，皆死。益州督护汉嘉冯迁抽刀，前欲击玄，玄拔头上玉导与之，曰：“汝何人，敢杀天子！”迁曰：“我杀天子之贼耳！”遂斩之，又斩桓石康、桓浚、庾?责之，执桓昇送江陵，斩于市。乘舆返正于江陵，以毛修之为骁骑将军。甲申，大赦，诸以畏逼从逆者一无所问。戊寅，奉神主于太庙。刘毅等传送玄首，枭于大桁。
毅等既战胜，以为大事已定，不急追蹑，又遇风，船未能进，玄死几一旬，诸军犹未至。时桓谦匿于沮中，扬武将军醒振匿于华容浦，玄故将王稚徽戍巴陵，遣人报振云“桓歆已克京邑，冯稚复克寻阳，刘毅诸军并中路败退。”振大喜，聚党得二百人，袭江陵，桓谦亦聚众应之。闰月，己丑，复陷江陵，杀王康产、王腾之。振见帝于行宫，跃马奋戈，直至阶下，问桓昇所在。闻其已死，瞋目谓帝曰：“臣门户何负国家，而屠灭若是！””琅邪王德文下床谓曰：“此岂我兄弟意邪！”振欲杀帝，谦苦禁之，乃下马，敛容致拜而出。壬辰，振为玄举哀，立丧庭，谥曰武悼皇帝。
癸巳，谦等帅群臣奉玺绶于帝曰：“主上法尧禅舜，今楚祚不终，百姓之心复归于晋矣。”以琅邪王德文领徐州刺史，振为都督八州诸军事、荆州刺史，谦复为侍中、卫将军，加江、豫二州刺史，帝侍御左右，皆振心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齿之。至是，叹曰：“公昔不早用我，遂致此败。若使公在，我为前锋，天下不足定也。今独作此，安归乎？”遂纵意酒色，肆行诛杀。谦劝振引兵下战，己守江陵，振素轻谦，不从其言。
刘毅至巴陵，诛王稚徽。何无忌、刘道规进攻桓谦于马头，桓蔚于龙泉，皆破之。蔚，秘之子也。
无忌欲乘胜直趣江陵，道规曰：“兵法屈申有时，不可苟进。诸桓世居西楚，群下皆为竭力；振勇冠三军，难与争锋。且可息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。”无忌不从。振逆战于灵溪，冯该以兵会之，无忌等大败，死者千馀人。退还寻阳，与刘毅等上笺请罪。刘容以毅节度诸军，免其青州刺史。桓振以桓蔚为雍州刺史，镇襄阳。