仁宗以杨士奇、杨荣东宫旧臣，升士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，荣为太常卿兼谨身殿大学士，(谨身殿大学士，仁宗始置，)阁职渐崇。其后士奇、荣等皆迁尚书职，虽居内阁，官必以尚书为尊。景泰中，王文始以左都御史进吏部尚书，入内阁。自后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，靡所不领，而阁权益重。世宗时，三殿成，改华盖为中极，谨身为建极，阁衔因之。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。
吏部。尚书一人，(正二品)左、右侍郎各一人。(正三品)其属，司务厅，司务二人，(从九品)文选、验封、稽勋、考功四清吏司，各郎中一人，(正五品)员外郎一人，(从五品)主事一人，(正六品。洪武三十一年增设文选司主事一人。正统十一年增设考功司主事一人。)
尚书，掌天下官吏选授、封勋、考课之政令，以甄别人才，赞天子治。盖古冢宰之职，视五部为特重。侍郎为之贰。
司务，掌催督、稽缓、勾销、簿书。(明初，设主事、司务各四人，为首领官，有主事印。洪武二十九年改主事为司官，裁司务二人。各部并同。)
文选，掌官吏班秩迁升、改调之事，以赞尚书。凡文官之品九，品有正从，为级一十八。不及九品曰未入流。凡选，每岁有大选，有急选，有远方选，有岁贡就教选，间有拣选，有举人乞恩选。选人或登资簿，厘其流品，平其铨注，而序迁之。凡升必考满，若员缺当补，不待考满，曰推升。类推上一人，单推上二人。三品以上，九卿及佥都御史、祭酒，廷推上二人或三人。内阁，吏、兵二部尚书，廷推上二人。凡王官不外调，王姻不内除，大臣之族不得任科道，僚属同族则以下避上。外官才地不相宜，则酌其繁简互换之。有传升、乞升者，并得执奏。以署职、试职、实授奠年资，以开设、裁并、兼摄适繁简，以荐举、起废、征召振幽滞，以带俸、添注寄恩冗，以降调、除名驭罪过，以官程督吏治，以宁假悉人情。
验封，掌封爵、袭荫、褒赠、吏算之事，以赞尚书。凡爵非社稷军功不得封，封号非特旨不得与。或世或不世，皆给诰券。衍圣公及戚里恩泽封，不给券。凡券，左右各一，左藏内府，右给功臣之家。袭封则征其诰券，稽其功过，核其宗支，以第其世流降除之等。土官则勘其应袭与否，移文选司注拟。(宣慰、宣抚、安抚、长官诸司领士兵者，则隶兵部。)凡荫叙，明初，自一品至七品，皆得荫一子以世其禄。(洪武十六年，定职官子孙荫叙。正一品子，正五品用。从一品子，从五品用。正二品子，正六品用。从二品子，从六品用。正三品子，正七品用。从三品子，从七品用。正四品子，正八品用。从四品子，从八品用。正五品子，正九品用。从五品子，从九品用。正六品子，于未入流上等职内叙用。从六品子，于未入流中等职内叙用。正从七品子，于未入流下等职内叙用。)后乃渐为限制，京官三品以上，考满著绩，始荫一子曰官生，其出自特恩者曰恩生。凡封赠，公、侯、伯之追封，皆递进一等。三品以上政绩显异及死谏、死节、阵亡者，皆得赠官。其见任则初授散阶，京官满一考，及外官满一考而以最闻者，皆给本身诰敕。七品以上皆得推恩其先。五品以上授诰命，六品以下授敕命。(一品，三代四轴。二品、三品，二代三轴。四品、五品、六品、七品，一代二轴。八品以下流内官，本身一轴。一品轴以玉，二品轴以犀，三品、四品轴以鋈金，五品以下轴以角。)曾祖、祖、父皆如其子孙官。公、侯、伯视一品。外内命妇视夫若子之品。生曰封，死曰赠。若先有罪谴则停给。文之散阶四十有二，以历考为差。(正一品，初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫。从一品，初授荣禄大夫，升授光禄大夫。正二品，初授资善大夫，升授资政大夫，加授资德大夫。从二品，初授中奉大夫，升授通奉大夫，加授正奉大夫。正三品，初授嘉议大夫，升授通议大夫，加授正议大夫。从三品，初授亚中大夫，升授中大夫，加授大中大夫。正四品，初授中顺大夫，升授中宪大夫，加授中议大夫。从四品，初授朝列大夫，升授朝议大夫，加授朝请大夫。正五品，初授奉议大夫，升授奉政大夫。从五品，初授奉训大夫，升授奉直大夫。正六品，初授承直郎，升授承德郎。从六品，初授承务郎，升授儒林郎，吏材干出身授宣德郎。正七品，初授承事郎，升授文林郎，吏材干授宣议郎。从七品，初授从仕郎，升授征仕郎。正八品，初授迪功郎，升授修职郎。从八品，初授迪功佐郎，升授修职佐郎。正九品，初授将仕郎，升授登仕郎。从九品，初授将仕佐郎，升授登仕佐郎。)外命妇之号九。(公曰某国夫人。侯曰某侯夫人。伯曰某伯夫人。一品曰夫人，后称一品夫人。二品曰夫人。三品曰淑人。四品曰恭人。五品曰宜人。六品曰安人。七品曰孺人。)因其子孙封者，加太字，夫在则否。凡封赠之次，七品至六品一次，五品一次，(初制有四品一次，后省。)三品、二品、一品各一次。三母不并封，两封从优品。父职高于子，则进一阶。父应停给及子为人后者，皆得移封。嫡在不封生母，生母未封不先封其妻。妻之封，止于一嫡一继。其封赠后而以墨败者，则追夺。
稽勋，掌勋级、名籍、丧养之事，以赞尚书。凡文勋十。(正一品，左、右柱国。从一品，柱国。正二品，正治上卿。从二品，正治卿。正三品，资治尹。从三品，资治少尹。正四品，赞治尹。从四品，赞治少尹。正五品，修正庶尹。从五品，协正庶尹。)自五品以上，历再考，乃授勋。凡百官迁除、降调皆开写年甲、乡贯、出身。每岁十二月贴黄，春秋清黄，皆赴内府。有故，揭而去之。凡父母年七十，无兄弟，得归养。凡三年丧，解职守制，纠擿其夺丧、匿丧、短丧者。惟钦天监官奔丧三月复任。
考功，掌官吏考课、黜陟之事，以赞尚书。凡内外官给由，三年初考，六年再考，并引请，九年通考，奏请综其称职、平常、不称职而陟黜之。陟无过二等，降无过三等，其甚者黜之、罪之。京官六年一察，察以巳、亥年。五品下考察其不职者，降罚有差；四品上自陈，去留取旨。外官三年一朝，朝以辰、戌、丑、未年。前期移抚、按官，各综其属三年内功过状注考，汇送覆核以定黜陟。仓场库官一年考，巡检三年考，教官九年考。府州县官之考，以地之繁简为差。吏之考，三、六年满，移验封司拨用。九年满，又试授官。惟王官及钦天、御用等监官不考。凡内外官弹章，稽其功过，拟去留以请上裁。荐举、保留，则核其政绩旌异焉。
明初，设四部于中书省，分掌钱谷礼仪、刑名、营造之务。洪武元年始置吏、户、礼、兵、刑、工六部，设尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事，(尚书正三品，侍郎正四品，郎中正五品，员外郎正六品，主事正七品。)仍隶中书省。六年，部设尚书二人，侍郎二人。吏部设总部、司勋、考功三属部，部设郎中、员外郎各一人，主事各二人。十三年，罢中书省，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各设尚书、侍郎一人。(惟户部侍郎二人。)每部分四属部，吏部属部加司封。每属部设郎中、员外郎、主事各一人，寻增侍郎一人。二十二年，改总部为选部。二十九年，定为文选、验封、稽勋、考功四司并五部属，皆称清吏司。建文中，改六部尚书为正一品，设左、右侍中，(正二品)位侍郎上，除去诸司清吏字。成祖初，悉复旧制。