临、德二仓之贮米也，凡十九万，计十年得百九十万。自世宗初，灾伤拨补日多，而山东、河南以岁歉，数请轻减，且二仓囤积多朽腐。於是改折之议屡兴，而仓储渐耗矣。嘉靖元年，漕运总兵杨宏，请以轻赍银听运官道支，为顾僦舟车之费，不必装鞘印封，计算羡馀，以苦漕卒。给事、御史交驳之。户部言：“科道官之论，主于防奸，是也。但轻赍本资转般费，今虑官军侵耗，尽取其赢馀以归太仓，则以脚价为正粮，非立法初意也。”乃议运船至通州，巡仓御史核验，酌量支用实数，著为定规。有羡馀，不输太仓，即用以修船，官旗渔蠹者重罪。轻赍银者，宪宗以诸仓改兑，给路费，始各有耗米；兑运米，俱一平一锐，故有锐米；自随船给运四斗外，馀折银，谓之轻赍。凡四十四万五千馀两。后颇入太仓矣。隆庆中，运道艰阻，议者欲开胶莱河，复海运。由淮安清江浦口，历新坝、马家壕至海仓口，径抵直沽，止循海套，不泛大洋。疏上，遣官勘报，以水多沙碛而止。
神宗时，漕运总督舒应龙言：“国家两都并建，淮、徐、临、德，实南北咽喉。自兑运久行，临、德尚有岁积，而淮、徐二仓无粒米。请自今山东、河南全熟时，尽徵本色上仓。计临、德已足五十馀万，则令纳於二仓，亦积五十万石而止。”从之。当是时，折银渐多。万历三十年，漕运抵京，仅百三十八万馀石。而抚臣议载留漕米以济河工，仓场侍郎赵世卿争之，言：“太仓入不当出，计二年后，六军万姓将待新漕举炊，倘输纳愆期，不复有京师矣。”盖灾伤折银，本折漕粮以抵京军月俸。其时混支以给边饷，遂致银米两空，故世卿争之。自后仓储渐匮，漕政亦益驰。迨於启、祯，天下萧然烦费，岁供愈不足支矣。
运船之数，永乐至景泰，大小无定，为数至多。天顺以后，定船万一千七百七十，官军十二万人。许令附载土宜，免徵税钞。孝宗时限十石，神宗时至六十石。
宪宗立运船至京期限，北直隶、河南、山东五月初一日，南直隶七月初一日，其过江支兑者，展一月，浙江、江西、湖广九月初一日。通计三年考成，违限者，运官降罚。武宗列水程图格，按日次填行止站地，违限之米，顿德州诸仓，曰寄囤。世宗定过淮程限，江北十二月者，江南正月，湖广、浙江、江西三月，神宗时改为二月。又改至京限五月者，缩一月，七八九月者，递缩两月。后又通缩一月。神宗初，定十月开仓，十一月兑竣，大县限船到十日，小县五日。十二月开帮，二月过淮，三月过洪入闸。皆先期以样米呈户部，运粮到日，比验相同乃收。
凡灾伤奏请改折者，毋过七月。题议后期及临时改题者，立案免覆。漂流者，抵换食米。大江漂流为大患，河道为小患；二百石外为大患，二百石内为小患。小患把总勘报，大患具奏，其后不计多寡，概行奏勘矣。
初，船用楠杉，下者乃用松。三年小修，六年大修，十年更造。每船受正耗米四百七十二石。其后船数缺少，一船受米七八百石。附载夹带日多，所在稽留违限。一遇河决，即有漂流，官军因之为奸。水次折乾，沿途侵盗，妄称水火，至有凿船自沉者。
明初，命武臣督海运，尝建漕运使，寻罢。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、员外分理，主事督兑，其制不一。景泰二年始设漕运总督于淮安，与总兵、参将同理漕事。漕司领十二总，十二万军，与京操十二营军相准。初，宣宗令运粮总兵官、巡抚、侍郎岁八月赴京，会议明年漕运事宜，及设漕运总督，则并令总督赴京。至万历十八年后始免。凡岁正月，总漕巡扬州，经理瓜、淮过闸。总兵驻徐、邳，督过洪入闸，同理漕参政管押赴京。攒运则有御史、郎中，押运则有参政，监兑、理刑、管洪、管厂、管闸、管泉、监仓则有主事，清江、卫河有提举。兑毕过淮过洪，巡抚、漕司、河道各以职掌奏报。有司米不备，军卫船不备，过淮误期者，责在巡抚。米具船备，不即验放，非河梗而压帮停泊，过洪误期因而漂冻者，责在漕司。船粮依限，河渠淤浅，疏浚无法，闸坐启闭失时，不得过洪抵湾者，责在河道。
明初，於漕政每加优恤，仁、宣禁役漕舟，宥迟运者。英宗时始扣口粮均摊，而运军不守法度为民害。自后漕政日驰，军以耗米易私物，道售稽程。比至，反买仓米补纳，多不足数。而粮长率搀沙水於米中，河南、山东尤甚，往往蒸湿浥烂不可食。权要贷运军银以罔取利，至请拨关税给船料以取偿。漕运把总率由贿得。仓场额外科取，岁至十四万。世宗初政，诸弊多厘革，然漂流、违限二弊，日以滋甚。中叶以后，益不可究诘矣。
漕粮之外，苏、松、常、嘉、湖五府，输运内府白熟粳糯米十七万四十馀石，内折色八千馀石，各府部糙粳米四万四千馀石，内折色八千八百馀石，令民运。谓之白粮船。自长运法行，粮皆军运，而白粮民运如故。穆宗时，陆树德言：“军运以充军储，民运以充官禄。人知军运之苦，不知民运尤苦也。船户之求索，运军之欺陵，洪闸之守候，入京入仓，厥弊百出。嘉靖初，民运尚有保全之家，十年后无不破矣。以白粮令军带运甚便。”疏入，下部议。不从。
凡诸仓应输者有定数，其或改拨他镇者，水次应兑漕粮，即令坐派镇军领兑者给价，州县官督车户运至远仓，或给军价就令关支者，通谓之挖运。九边之地，输粮大率以车，宣德时，饷开平亦然，而兰、甘、松潘，往往使民背负。永乐中，又尝令广东海运二十万石给交址云。
明初，京卫有军储仓。洪武三年增置至二十所，且建临濠、临清二仓以供转运。各行省有仓，官吏俸取给焉。边境有仓，收屯田所入以给军。州县则设预备仓，东南西北四所，以振凶荒。自钞法行，颇有省革。二十四年储粮十六万石於临清，以给训练骑兵。二十八年置皇城四门仓，储粮给守御军。增京师诸卫仓凡四十一。又设北平、密云诸县仓，储粮以资北征。永乐中，置天津及通州左卫仓，且设北京三十七卫仓。益令天下府县多设仓储，预备仓之在四乡者移置城内。迨会通河成，始设仓於徐州、淮安、德州，而临清因洪武之旧，并天津仓凡五，谓之水次仓，以资转运。既，又移德州仓於临清之永清坝，设武清卫仓於河西务，设通州卫仓於张家湾。宣德中，增造临清仓，容三百万石。增置北京及通州仓。京仓以御史、户部官、锦衣千百户季更巡察。外仓则布政、按察、都司关防之。各仓门，以致仕武官二，率老幼军丁十人守之，半年一更。英宗初，命廷臣集议，天下司府州县，有仓者以卫所仓属之，无仓者以卫所改隶。惟辽东、甘肃、宁夏、万全及沿海卫所，无府州县者仍其旧。正统中，增置京卫仓凡七。自兑运法行，诸仓支运者少，而京、通仓不能容，乃毁临清、德州、河西务仓三分之一，改为京、通仓。景泰初，移武清卫诸仓於通州。成化初，废临、德预备仓在城外者，而以城内空廒储预备米。名临清者曰常盈，德州者曰常丰。凡京仓五十有六，通仓十有六。直省府州县、藩府、边隘、堡站、卫所屯戍皆有仓，少者一二，多者二三十云。