于是悉罢团营、两官厅，复三大营旧制。更三千曰神枢。罢提督、监枪等内臣。设武臣一，曰总督京营戎政，以咸宁侯仇鸾为之；文臣一，曰协理京营戎政，即以邦瑞充之。其下设副参等官二十六员。已，又从部议，以四武营归五军营中军，四勇营归左右哨，四威营归左右掖。各设坐营官一员，为正兵，备城守；参将二员，备征讨。帝以营制新定，告于太庙行之。又遣四御史募兵畿辅、山东、山西、河南，得四万人，分隶神枢、神机。各设副将一，而增能战将六员，分领操练。大将所统三营之兵，居常名曰练勇，有事更定职名。五军营：大将一员，统军一万，总主三营副、参、游击、佐击及坐营等官；副将二员，各统军七千；左右前后参将四员，各六千；游击四员，各三千。外备兵六万六千六百六十人。神枢营：副将二员，各统军六千；佐击六员，各三千。外备兵四万人。神机营亦如之。已，又定三大营官数：五军营一百九十六员，神枢营二百八员，神机营一百八十二员，共五百八十六员。在京各卫军，俱分隶三营。分之为三十营，合之为三大营。终帝世，其制屡更，最后中军哨掖之名亦罢，但称战守兵兼立车营。
故事，五军府皆开府给印，主兵籍而不与营操，营操官不给印，戎政之有府与印，自仇鸾始。鸾方贵幸，言于帝，选各边兵六万八千人，分番入卫，与京军杂练，复令京营将领分练边兵，于是边军尽隶京师。塞上有警，边将不得征集，边事益坏。鸾死，乃罢其所置戎政厅首领官之属，而入卫军则惟罢甘肃者。
隆庆四年，大学士赵贞吉请收将权，更营制。极言戎政之设府铸印，以数十万众统于一人，非太祖、成祖分府分营本意。请以官军九万分五营，营择一将，分统训练。诏下廷臣议。尚书霍冀言：“营制，世宗熟虑而后定，不宜更。惟大将不当专设，戎政不宜有印，请如贞吉言。”制曰“可”。于是三大营各设总兵一，副将二。其参佐等官，互有增损，各均为十人。而五军营兵，均配二营，营十枝，属二副将分统。以侯伯充总兵，寻改曰提督。又用三文臣，亦称提督。自设六提督后，各持意见，遇事旬月不决。给事中温纯言其弊，乃罢，仍设总督、协理二臣。
万历二年，从给事中欧阳柏请，复给戎政印，汰坐营官二员。五年，巡视京营科臣林景旸请广召募，立选锋。是时，张居正当国，综核名实，群臣多条上兵事，大旨在足兵、选将，营务颇饬。久之，帝厌政，廷臣渐争门户，习于偷惰，遂日废弛。三十六年，尚书李化龙理戎政，条上京营积弊。敕下部议，卒无所振作。及兵事起，总督京营赵世新请改设教场城内，便演习。太常少卿胡来朝请调京军戍边，可变弱为强。皆无济于用。
天启三年，协理侍郎朱光祚奏革老家军，补以少壮。老家怨，以瓦砾投光祚，遂不果革。是时，魏忠贤用事，立内操，又增内臣为监视及把牌诸小内监，益募健丁，诸营军多附之。
庄烈帝即位，撤内臣，已而复用。戎政侍郎李邦华愤京营弊坏，请汰老弱虚冒，而择材力者为天子亲军。营卒素骄，有疑其为变者。勋戚中官亦恶邦华害己，蜚语日闻。帝为罢邦华，代以陆完学，尽更其法。京营自监督外，总理捕务者二员，提督禁门、巡视点军者三员，帝皆以御马监、司礼、文书房内臣为之，于是营务尽领于中官矣。十年八月，车驾阅城，铠甲旌旗甚盛，群臣悉鸾带策马从。六军望见乘舆，皆呼万岁。帝大悦，召完学入御幄奖劳，酌以金卮，然徒为容观而已。
时兵事益亟。帝命京军出防剿，皆监以中官。廪给优渥，挟势而骄，多夺人俘获以为功，轻折辱诸将士，将士益解体。周延儒再入阁，劝罢内操，撤诸监军。京兵班师还。时营将率内臣私人，不知兵。兵惟注名支粮，买替纷纭，朝甲暮乙，虽有尺籍，莫得而识也。帝屡旨训练，然日不过二三百人，未昏遂散。营兵十万幸抽验不及，玩愒佚罚者无算。帝尝问戎政侍郎王家彦，家彦曰：“今日惟严买替之禁，改操练之法，庶可救万一，然势已晚。”帝不怿而罢。十六年，襄城伯李国祯总戎政，内臣王承恩监督京营。明年，流贼入居庸关，至沙河。京军出御，闻炮声溃而归。贼长驱犯阙，守陴者仅内操之三千人，京师遂陷。
大率京军积弱，由于占役买闲。其弊实起于纨袴之营帅，监视之中官，竟以亡国云。
京营之在南者，永乐北迁，始命中府掌府事官守备南京，节制在南诸卫所。洪熙初，以内臣司守备。宣德末，设参赞机务官。景泰间，增协同守备官。成化末，命南京兵部尚书参赞机务，视五部特重。先是，京师立神机营，南京亦增设，与大小二教场同练。军士常操不息，风雨方免。有逃籍者，宪宗命南给事御史时至二场点阅。成国公朱仪及太监安宁不便，诡言军机密务，御史诘问名数非宜。帝为罪御史，仍令守备参赞官阅视，著为令。
嘉靖中，言者数奏南营耗亡之弊。二十四年冬，诏立振武营，简诸营锐卒充之，益以淮扬趫〗捷者。江北旧有池河营，专城守，护陵寝。二营兵各三千，领以勋臣，别设场训练。然振武营卒多无赖子。督储侍郎黄懋官抑削之，遂哗，殴懋官至死。诏诛首恶，以户部尚书江东为参赞。东多所宽假，众益骄，无复法纪。给事中魏元吉以为言，因举浙直副总兵刘显往提督。未至，池河兵再变，殴千户吴钦。诏显亟往，许以川兵五百自随，事始定。隆庆改元，罢振武营，以其卒千余仍隶二场及神机营。
万历十一年，参赞尚书潘季驯言：“操军原额十有二万，今仅二万余。祖军与选充参半，选充例不补，营伍由是虚。请如祖军收补。”已而王遴代季驯，言：“大小二场，新旧官军二万三千有余。请如北京各边，三千一百二十人为一枝，每枝分中、左、右哨，得兵七枝。馀置旗鼓下，备各营缺。”从之。巡视科臣阮子孝极论南营耗弊，言颇切中，然卒无振饬之者。已，从尚书吴文华请，增参赞旗牌，得以军法从事，兼听便宜调遣。三十一年，添设南中军标营，选大教场卒千余，设中军参将统练。规制虽具，而时狃苟安，阘茸一如北京。及崇祯中，流寇陷庐、凤，踞上流，有窥留都意。南中将士日夜惴惴，以护陵寝、守京城为名，幸贼不东下而已。最后，史可法为参赞尚书，思振积弊，未久而失，盖无可言焉。
侍卫上直军之制。太祖即吴王位，其年十二月设拱卫司，领校尉，隶都督府。洪武二年，改亲军都尉府，统中、左、右、前、后五卫军，而仪銮司隶焉。六年，造守卫金牌，铜涂金为之。长一尺，阔三寸。以仁、义、礼、智、信为号。二面俱篆文：一曰“守卫”，一曰“随驾”。掌于尚宝司，卫士佩以上直，下直纳之。十五年，罢府及司，置锦衣卫。所属有南北镇抚司十四所，所隶有将军、力士、校尉，掌直驾侍卫、巡察缉捕。已又择公、侯、伯、都督、指挥之嫡次子，置勋卫散骑舍人，而府军前卫及旗手等十二卫，各有带刀官。锦衣所隶将军，初名天武，后改称大汉将军，凡千五百人。设千、百户，总旗七员。其众自为一军，下直操练如制，缺至五十人方补。月糈二石，积劳试补千、百户，亡者许以亲子弟魁梧材勇者代，无则选民户充之。