四川都司
成都左护卫成都右护卫(后为龙虎左卫，隶南京左府)成都中护卫(后为豹韬左卫，隶南京前府)成都左卫(革)成都右卫成都前卫成都后卫成都中卫宁川卫茂州卫建昌卫(后属行都司)重庆卫叙南卫苏州卫(后为宁番卫，属行都司，革)泸州卫松潘军民指挥使司岩州卫(革)青川千户所威州千户所大渡河千户所
陕西都司
西安左护卫(后为神武右卫)西安右护卫西安中护卫(后为神武前卫)西安左卫西安右卫(改西安中护卫)西安前卫西安后卫华山卫(改西安左护卫，又改神武右卫)泰山卫(改西安右护卫)延安卫绥德卫平凉卫庆阳卫宁夏卫临洮卫巩昌卫西宁卫(后属行都司)汉中卫凉州卫(后属行都司)庄浪卫(后属行都司)兰州卫秦州卫岷州军民指挥使司洮州卫河州军民指挥使司甘肃卫(后为甘州后卫)山丹卫(后属行都司)永昌卫(后属行都司)凤翔千户所金州千户所宁夏中护卫西河中护卫(后改云南中护卫，革)
广西都司
桂林左卫(后为广西护卫)桂林右卫桂林中卫南宁卫柳州卫驯象卫梧州千户所
中军都督府
○在京
留守中卫(调北京)神策卫(调北京)广洋卫应天卫(调北京)和阳卫(调北京)牧马千户所(调北京)
在外
△直隶
扬州卫和州卫(后改为宁夏中屯卫，革)高邮卫淮安卫镇海卫滁州卫太仓卫泗州卫寿州卫邳州卫大河卫沂州卫金山卫新安卫苏州卫仪真卫徐州卫安庆卫宿州千户所
中都留守司
凤阳右卫凤阳中卫皇陵卫凤阳卫留守左卫留守中卫长淮卫怀远卫洪塘千户所
河南都司
归德卫(后属中府)陈州卫弘农卫汝宁卫(后改千户所，属中府)潼关卫(后属中府)河南卫睢阳卫宣武卫信阳卫彰德卫武平卫(后属中府)南阳卫宁国卫(后为涿鹿卫，后属后府)怀庆卫宁山卫(后属后府)颍州卫安吉卫(后为通州卫亲军)颍上千户所河南左护卫河南中护卫河南右护卫(三护卫后并彭城卫)
◎前军都督府
○在京
天策卫(后分为保安卫及保安右卫)龙骧卫(调北京)豹韬卫(调北京)龙江卫(后改为龙江左卫)飞熊卫(调北京)
在外
△直隶
九江卫
湖广都司
武昌卫武昌左卫黄州卫永州卫岳州卫蕲州卫施州卫长沙护卫(革)辰州卫安陆卫(后属行都司，改承天卫)襄阳卫襄阳护卫(后俱属行都司)常德卫沅州卫宝庆卫沔阳卫(后属兴都留守司)长沙卫茶陵卫衡州卫瞿塘卫(后属行都司)镇远卫平溪卫清浪卫偏桥卫五开卫九溪卫荆州左护卫(后为荆州左卫，属行都司，改显陵卫)荆州中护卫(革)靖州卫永定卫郴州千户所夷陵千户所(后属行都司)桂阳千户所德安千户所(后改属兴都留守司)忠州千户所(后属行都司)安福千户所道州千户所(革)大庸千户所西平千户所(革)麻寮千户所枝江千户所(后属行都司)武冈千户所崇山千户所(革)长宁千户所(后属行都司)武昌左、右、中三护卫(左改东昌卫，右改徐州左卫，中改武昌护卫。)
福建都司
福州中卫福州左卫福州右卫兴化卫泉州卫漳州卫福宁卫镇东卫平海卫永宁卫镇海卫
福建行都司
建宁左卫建宁右卫建阳卫(革)延平卫邵武卫汀州卫将乐千户所
江西都司
南昌左卫南昌前卫袁州卫赣州卫吉安卫(后为千户所)饶州千户所安福千户所会昌千户所永新千户所南安千户所建昌千户所抚州千户所铅山千户所广信千户所
广东都司
广州前卫广州左卫广州右卫南海卫潮州卫雷州卫海南卫清远卫惠州卫肇庆卫广州后卫程乡千户所高州千户所廉州千户所(后为廉州卫)万州千户所儋州千户所崖州千户所南雄千户所韶州千户所德庆千户所新兴千户所阳江千户所新会千户所龙川千户所
◎后军都督府
○在京
横海卫鹰扬卫兴武卫(调北京)江阴卫蒙古左卫(革)蒙古右卫(革)
在外
△北平都司
燕山左卫燕山右卫燕山前卫大兴左卫永清左卫永清右卫济州卫济阳卫彭城卫通州卫(已上俱改为亲军)蓟州卫密云卫(后为密云后卫，属后府)真定卫永平卫山海卫遵化卫居庸关千户所(后为隆庆卫已上俱属后府)
北平行都司(后为大宁都司)大宁左卫大宁右卫(二卫后为营州左、右护卫，改延庆左、右卫)大宁中卫大宁前卫大宁后卫(后为营州中护卫，改宽河卫)会州卫(俱改调京卫已上俱属后府)营州中护卫兴州中护卫(革)
△山西都司
太原左卫太原右卫太原前卫振武卫平阳卫镇西卫潞州卫蒲州千户所广昌千户所沁州千户所宁化千户所雁门千户所
山西行都司
大同左卫大同右卫大同前卫蔚州卫朔州卫
北平三护卫
燕山左护卫燕山右护卫燕山中护卫(俱为亲军)
山西三护卫
太原左护卫太原右护卫太原中护卫(俱革)
后定天下都司卫所，共计都司二十一，留守司二，内外卫四百九十三，守御屯田群牧千户所三百五十九，仪卫司三十三，(自仪卫司以下，旧无，后以次渐添设。)宣慰使司二，招讨使司二，宣抚司六，安抚司十六，长官司七十，(原五十九。)番边都司卫所等四百七。(后作四百六十三。)
亲军上二十二卫，旧制止十二卫，后增设金吾左以下十卫，俱称亲军指挥使司，不属五府。又设腾骧等四卫，亦系亲军，并武功、永清、彭城及长陵等十五卫，俱不属府。
金吾前卫金吾后卫羽林左卫羽林右卫府军卫府军左卫府军右卫府军前卫府军后卫虎贲左卫锦衣卫旗手卫(以上旧为上十二卫)金吾右卫羽林前卫(以上北平三护卫，洪武三十五年升)燕山左卫燕山右卫燕山前卫大兴左卫济阳卫济州卫通州卫(旧为安吉卫已上北平都司七卫，永乐四年升，俱为亲军)腾骧左卫腾骧右卫(旧为神武前卫)武骧左卫武骧右卫(已上四卫，宣德八年以各卫养马军士及神武前卫官军开设)武功中卫(洪武年间设)武功左卫(宣德二年设)武功右卫(宣德六年设)永清左卫永清右卫彭城卫(已上北平三卫，改常山三护卫，宣德初复为本卫，又并河南三护卫多余官军于彭城卫)长陵卫(旧为南京羽林右卫，永乐二十二年改)献陵卫(旧武成左卫，宣德元年改)景陵卫(旧武成右卫，宣德十年改)裕陵卫(旧武成前卫，天顺八年改)茂陵卫(旧武成后卫，成化二十三年改)泰陵卫(旧忠义左卫，弘治十八年改)康陵卫(旧义勇中卫，正德十六年改)永陵卫(旧义勇左卫，嘉靖二十七年改)昭陵卫(旧神武后卫，隆庆六年改)定陵卫庆陵卫德陵卫奠靖千户所(嘉靖二十一年设)牺牲千户所(属太常寺辖已上俱不属五府)