永乐六年，命丰城侯李彬等缘海捕倭，复招岛人、醿户、贾竖、渔丁为兵，防备益严。十七年，倭寇辽东，总兵官刘江歼之于望海埚。自是倭大惧，百余年间，海上无大侵犯。朝廷阅数岁一令大臣巡警而已。
至嘉靖中，倭患渐起，始设巡抚浙江兼管福建海道提督军务都御史。已，改巡抚为巡视。未几，倭寇益肆。乃增设金山参将，分守苏、松海防，寻改为副总兵，调募江南、北徐、邳官民兵充战守，而杭、嘉、湖亦增参将及兵备道。三十三年，调拨山东民兵及青州水陆枪手千人赴淮、扬，听总督南直军务都御史张经调用。时倭纵掠杭、嘉、苏、松，踞柘林城为窟穴，大江南北皆被扰。监司任环败之，经亦有王家泾之捷，乃遁出海，复犯苏州。于是南京御史屠仲律言五事。其守海口云：“守平阳港、黄花澳，据海门之险，使不得犯温、台。守宁海关、湖头湾，遏三江之口，使不得窥宁、绍。守鳖子门、乍浦峡，使不得近杭、嘉。守吴淞、刘家河、七丫港，使不得掩苏、松。且宜修饬海舟，大小相比，或百或五十联为一〈舟宗〉，募惯习水工领之，而充以原额水军，于诸海口量缓急置防。”部是其议。未几，兵部亦言：“浙、直、通、泰间最利水战，往时多用沙船破贼，请厚赏招徕之。防御之法，守海岛为上，宜以太仓、崇明、嘉定、上海沙船及福仓、东莞等船守普陀、大衢。陈钱山乃浙、直分路之始，狼、福二山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。”报可。已，复令直隶吴淞江、刘家河、福山港、镇江、圌山五总添设游兵，听金山副总兵调度。
时胡宗宪为总督，诛海贼徐海、汪直。直部三千人，复勾倭入寇，闽、广益骚。三十七年，都御史王询请“分福建之福、兴为一路，领以参将，驻福宁，水防自流江、烽火门、俞山、小埕至南日山，漳、泉为一路，领以参将，驻诏安，水防自南日山至浯屿、铜山、玄钟、走马溪、安边馆。水陆兵皆听节制。福建省城介在南北，去海仅五十里，宜更设参将，选募精税部领哨船，与主客兵相应援”。部覆从之。广东惠、潮亦增设参将，驻揭阳。福建巡抚都御史游震得言：“浙江温、处与福宁接壤，倭所出没，宜进戚继光为副总兵，守之。而增设福宁守备，隶继光。漳州之月港亦增设守备，隶总兵官俞大猷。延、建、邵为八闽上游，宜募兵以备缓急。”皆允行。既而宗宪被逮，罢总督官，以浙江巡抚赵炳然兼任军事。炳然因请令定海总兵属浙江，金山总兵属南直，俱兼理水陆军务，互相策应。其后，莆田倭寇平，乃复五水寨旧制。
五寨者，福宁之烽火门，福州之小埕澳，兴化之南日山，泉州之浯屿，漳州之西门澳，亦曰铜山。景泰三年，镇守尚书薛希琏奏建者也，后废。至是巡抚谭纶疏言：“五寨守扼外洋，法甚周悉，宜复旧。以烽火门、南日、浯屿三〈舟宗〉为正兵，铜山、小埕二〈舟宗〉为游兵。寨设把总，分汛地，明斥堠，严会哨。改三路参将为守备。分新募浙兵为二班，各九千人，春秋番上。各县民壮皆补用精悍，每府领以武职一人，兵备使者以时阅视。”帝皆是之。狼山故设副总兵，至是改为镇守总兵官，兼辖大江南北。迨隆庆初，倭渐不为患，而诸小寇往往有之。
万历三年，设广东南澳总兵官，以其据漳、泉要害也。久之，倭寇朝鲜，朝廷大发兵往援，先后六年。于是设巡抚官于天津，防畿甸。后十余年，从南直巡按御史颜思忠言，分淮安大营兵六百守廖角嘴。从福建巡抚丁继嗣言，设兵自浙入闽之三江及刘澳，而易海澄团练营土著军以浙兵。
天启中，筑城于澎湖，设游击一，把总二，统兵三千，筑炮台以守。先是，万历中，许孚远抚闽，奏筑福州海坛山，因及澎湖诸屿，且言浙东沿海陈钱、金塘、玉环、南麂诸山俱宜经理，遂设南麂副总兵，而澎湖不暇及。其地遥峙海中，逶迤如修蛇，多岐港零屿，其中空间可藏巨艘。初为红毛所据，至是因巡抚南居益言，乃夺而守之。
自世宗世倭患以来，沿海大都会，各设总督、巡抚、兵备副使及总兵官、参将、游击等员，而诸所防御，于广东则分东、中、西三路，设三参将；于福建则有五水寨；于浙则有六总，一金乡、盘石二卫，一松门、海门二卫，一昌国卫及钱仓、爵溪等所，一定海卫及霩戺、大嵩等所，一观海、临山二卫，一海宁卫，分统以四参将；于南直隶则乍浦以东，金山卫设参将，黄浦以北，吴淞江口设总兵；于淮、扬则总兵驻通州，游击驻庙湾，又于扬州设陆兵游击，待调遣；于山东则登、莱、青三府设巡察海道之副使，管理民兵之参将，总督沿海兵马备倭之都指挥，于蓟、辽则大沽海口宿重兵，领以副总兵，而以密云、永平两游击为应援。山海关外，则广宁中、前等五所兵守各汛，以宁前参将为应援，而金、复、海、盖诸军皆任防海。三岔以东，九联城外创镇江城，设游击，统兵千七百，哨海上，北与宽奠参将陆营相接，共计凡七镇，而守备、把总、分守、巡徼会哨者不下数百员。以三、四、五月为大汛，九、十月为小汛。盖遭倭甚毒，故设防亦最密云。
日本地与闽相值，而浙之招宝关其贡道在焉，故浙、闽为最冲。南寇则广东，北寇则由江犯留都、淮、扬，故防海外，防江为重。洪武初，于都城南新江口置水兵八千。已，稍置万二千，造舟四百艘。又设陆兵于北岸浦子口，相掎角。所辖沿江诸郡。上自九江、广济、黄梅，下抵苏、松、通、泰，中包安庆、池、和、太平，凡盗贼及贩私盐者，悉令巡捕，兼以防倭。永乐时，特命勋臣为帅视江操，其后兼用都御史。成化四年，从锦衣卫佥事冯瑶言，令江兵依地设防，于瓜、仪、太平置将领镇守。后六年，守备定西侯蒋琬奏调建阳、镇江诸卫军补江兵缺伍。十三年，命择武大臣一人职江操，毋摄营务。又五年，从南京都御史白昂言，敕沿江守备官互相应援，并给关防。著为令。弘治中，命新江口两班军如京营例，首班歇，即以次班操。嘉靖八年，江阴贼侯仲金等作乱，给事中夏言请设镇守江、淮总兵官。已而寇平，总兵罢不设。十九年，沙贼黄艮等复起。帝诘兵部以罢总兵之故，乃复设，给旗牌符敕，提督沿江上下。后复裁罢。三十二年，倭患炽，复设副总兵于金山卫，辖沿海至镇江，与狼山副总兵水陆相应。时江北俱被倭，于是量调九江、安庆官军守京口、圌山等地。久之，给事中范宗吴言：“故事，操江都御史防江，应、凤二巡抚防海。后因倭警，遂以镇江而下，通常、狼、福诸处隶之操江，以故二抚臣得诿其责。操江又以向非本属兵，难遥制，亦漠然视之，非委任责成意。宜以圌山、三江会口为操、抚分界。”报可。其后增上下两江巡视御史，得举劾有司将领，而以南京佥都御史兼理操江，不另设。