正德五年会审重囚，减死者二人。时冤滥满狱，李东阳等因风霾以为言，特许宽恤。而刑官惧触刘瑾怒，所上止此。后磔流贼赵鐩等于市，剥为魁者六人皮。法司奏祖训有禁，不听。寻以皮制鞍镫，帝每骑乘之。而廷杖直言之臣，亦武宗为甚。
世宗即位七月，因日精门灾，疏理冤抑，命再问缓死者三十八人，而廖鹏、王瓛、齐佐等与焉。给事中李复礼等言：“鹏等皆江彬、钱宁之党。王法所必诛。”乃令禁之如故。后皆次第伏法。自杖诸争大礼者，遂痛折廷臣。六年，命张璁、桂萼、方献夫摄三法司，变李福达之狱，欲坐马录以奸党律。杨一清力争，乃戍录，而坐罪者四十余人。璁等以为己功，遂请帝编《钦明大狱录》颁示天下。是狱所坐，大抵璁三人夙嫌者。以祖宗之法，供权臣排陷，而帝不悟也。八年，京师民张福杀母，诉为张柱所杀，刑部郎中魏应召覆治得实。而帝以柱乃武宗后家仆，有意曲杀之，命侍郎许讃尽反谳词，而下都御史熊浃及应召于狱。其后，猜忌日甚，冤滥者多，虽间命宽恤，而意主苛刻。尝谕辅臣：“近连岁因灾异免刑，今复当刑科三覆请旨。朕思死刑重事，欲将盗陵殿等物及殴骂父母大伤伦理者取决，余令法司再理，与卿共论，慎之慎之。”时以为得大体。越数年，大理寺奉诏谳奏狱囚应减死者。帝谓诸囚罪皆不赦，乃假借恩例纵奸坏法，黜降寺丞以下有差。自九年举秋谢醮免决囚，自后或因祥瑞，或因郊祀大报，停刑之典每岁举行。然屡谴怒执法官，以为不时请旨，至上迫冬至，废义而市恩也。遂削刑部尚书吴山职，降调刑科给事中刘三畏等。中年益肆诛戮，自宰辅夏言不免。至三十七年，乃出手谕，言：“司牧者未尽得人，任情作威。湖广幼民吴一魁二命枉刑，母又就捕，情迫无控，万里叩阍。以此推之，冤抑者不知其几。尔等宜亟体朕心，加意矜恤。仍通行天下，咸使喻之。”是诏也，恤恤乎有哀痛之思焉。末年，主事海瑞上书触忤，刑部当以死。帝持其章不下，瑞得长系。穆宗立，徐阶缘帝意为遗诏，尽还诸逐臣，优恤死亡，纵释幽系。读诏书者无不叹息。
万历初，冬月，诏停刑者三矣。五年九月，司礼太监孙得胜复传旨：“奉圣母谕，大婚期近，命阁臣于三覆奏本，拟旨免刑。”张居正言：“祖宗旧制，凡犯死罪鞫问既明，依律弃市。嘉靖末年，世宗皇帝因斋醮，始有暂免不决之令，或间从御笔所勾，量行取决。此特近年姑息之弊，非旧制也。臣等详阅诸囚罪状，皆灭绝天理，败伤彝伦，圣母独见犯罪者身被诛戮之可悯，而不知彼所戕害者皆含冤蓄愤于幽冥之中，使不一雪其痛，怨恨之气，上干天和，所伤必多。今不行刑，年复一年，充满囹圄，既费关防，又乖国典，其于政体又大谬也。”给事中严用和等亦以为言。诏许之。十二年，御史屠叔明请释革除忠臣外亲。命自齐、黄外，方孝孺等连及者俱勘豁。帝性仁柔，而独恶言者。自十二年至三十四年，内外官杖戍为民者至百四十人。后不复视朝，刑辟罕用，死囚屡停免去。天启中，酷刑多，别见，不具论。
庄烈帝即位，诛魏忠贤。崇祯二年，钦定逆案凡六等，天下称快。然是时承神宗废弛、熹宗昏乱之后，锐意综理，用刑颇急，大臣多下狱者矣。六年冬论囚，素服御建极殿，召阁臣商榷，而温体仁无所平反。陕西华亭知县徐兆麒抵任七日，城陷，坐死。帝心悯之，体仁不为救。十一年，南通政徐石麒疏救郑三俊，因言：“皇上御极以来，诸臣丽丹书者几千，圜扉为满。使情法尽协，犹属可怜，况怵惕于威严之下者。有将顺而无挽回，有揣摩而无补救，株连蔓引，九死一生，岂圣人惟刑之恤之意哉！”帝不能纳也。是年冬，以彗见，停刑。其事关封疆及钱粮剿寇者，诏刑部五日具狱。十二年，御史魏景琦论囚西市，御史高钦舜、工部郎中胡琏等十五人将斩，忽中官本清衔命驰免，因释十一人。明日，景琦回奏，被责下锦衣狱。盖帝以囚有声冤者，停刑请旨，而景琦仓卒不辨，故获罪。十四年，大学士范复粹疏请清狱，言：“狱中文武累臣至百四十有奇，大可痛。”不报。是时国事日棘，惟用重法以绳群臣，救过不暇，而卒无救于乱亡也。