庄烈帝即位，忠贤伏诛，而王体乾、王永祚、郑之惠、李承芳、曹化淳、王德化、王之心、王化民、齐本正等相继领厂事，告密之风未尝息也。之心、化淳叙缉奸功，荫弟侄锦衣卫百户，而德化及东厂理刑吴道正等侦阁臣薛国观阴事，国观由此死。时卫使慴厂威已久，大抵俯首为所用。崇祯十五年，御史杨仁愿言：“高皇帝设官，无所谓缉事衙门者。臣下不法，言官直纠之，无阴讦也。后以肃清辇毂，乃建东厂。臣待罪南城，所阅词讼，多以假番故诉冤。夫假称东厂，害犹如此，况其真乎？此由积重之势然也。所谓积重之势者，功令比较事件，番役每悬价以买事件，受买者至诱人为奸盗而卖之，番役不问其从来，诱者分利去矣。挟忿首告，诬以重法，挟者志无不逞矣。伏愿宽东厂事件，而后东厂之比较可缓，东厂之比较缓，而后番役之买事件与卖事件者俱可息，积重之势庶几可稍轻。”后复切言缇骑不当遣。帝为谕东厂，言所缉止谋逆乱伦，其作奸犯科，自有司存，不宜缉，并戒锦衣校尉之横索者。然帝倚厂卫益甚，至国亡乃已。
锦衣卫狱者，世所称诏狱也。古者狱讼掌于司寇而已。汉武帝始置诏狱二十六所，历代因革不常。五代唐明宗设侍卫亲军马步军都指挥使，乃天子自将之名。至汉有侍卫司狱，凡大事皆决焉。明锦衣卫狱近之，幽系惨酷，害无甚于此者。
太祖时，天下重罪逮至京者，收系狱中，数更大狱，多使断治，所诛杀为多。后悉焚卫刑具，以囚送刑部审理。二十六年，申明其禁，诏内外狱毋得上锦衣卫，大小咸经法司。成祖幸纪纲，令治锦衣亲兵，复典诏狱。纲遂用其党庄敬、袁江、王谦、李春等，缘借作奸数百千端。久之，族纲，而锦衣典诏狱如故，废洪武诏不用矣。英宗初，理卫事者刘勉、徐恭皆谨饬。而王振用指挥马顺流毒天下，枷李时勉，杀刘球，皆顺为之。景帝初，有言官校缉事之弊者，帝切责其长，令所缉送法司，有诬罔者重罪。英宗复辟，召李贤，屏左右，问时政得失。贤因极论官校提人之害。帝然其言，阴察皆实，乃召其长，戒之。已缉弋阳王败伦事虚，复申戒之。而是时指挥门达、镇抚逯杲怙宠，贤亦为罗织者数矣。达遣旗校四出，杲又立程督并，以获多为主。千户黄麟之广西，执御史吴祯至，索狱具二百余副，天下朝觐官陷罪者甚众。杲死，达兼治镇抚司。构指挥使袁彬，系讯之，五毒更下，仅免。朝官杨琎、李蕃、韩祺、李观、包瑛、张祚、程万钟辈皆锒铛就逮，冤号道路者不可胜记。盖自纪纲诛，其徒稍戢。至正统时复张，天顺之末祸益炽，朝野相顾不自保。李贤虽极言之，不能救也。
镇抚司职理狱讼，初止立一司，与外卫等。洪武十五年添设北司，而以军匠诸职掌属之南镇抚司，于是北司专理诏狱。然大狱经讯，即送法司拟罪，未尝具狱词。成化元年，始令覆奏用参语，法司益掣肘。十四年，增铸北司印信，一切刑狱毋关白本卫，即卫所行下者，亦径自上请可否，卫使毋得与闻。故镇抚职卑而其权日重。初，卫狱附卫治，至门达掌问刑，又于城西设狱舍，拘系狼籍。达败，用御史吕洪言，毁之。成化十年，都御史李宾言：“锦衣镇抚司累获妖书图本，皆诞妄不经之言。小民无知，辄被幻惑。乞备录其旧名目，榜示天下，使知畏避，免陷刑辟。”报可。缉事者诬告犹不止。十三年，捕宁晋人王凤等，诬与瞽者受妖书，署伪职，并诬其乡官知县薛方、通判曹鼎与通谋，发卒围其家，扌旁掠诬伏。方、鼎家人数声冤，下法司验得实，坐妄报妖言，当斩。帝戒以不得戕害无辜而已，不能罪也。是年，令锦衣卫副千户吴绶于镇抚司同问刑。绶性狡险，附汪直以进。后知公议不容，凡文臣非罪下狱者，不复加箠楚，忤直意，黜去。是时惟卫使朱骥持法平，治妖人狱无冤者。诏狱下所司，独用小杖，尝命中使诘责，不为改。世以是称之。弘治十三年，诏法司：“凡厂卫所送囚犯，从公审究，有枉即与辨理，勿拘成案。”正德时，卫使石文义与张采表里作威福，时称为刘瑾左右翼。然文义常侍瑾，不治事，治事者高得林。瑾诛，文义伏诛，得林亦罢。其后钱宁管事，复大恣，以叛诛。
世宗立，革锦衣传奉官十六，汰旗校十五，复谕缉事官校，惟察不轨、妖言、人命、强盗重事，他词讼及在外州县事，毋得与。未几，事多下镇抚，镇抚结内侍，多巧中。会太监崔文奸利事发，下刑部，寻以中旨送镇抚司。尚书林俊言：“祖宗朝以刑狱付法司，事无大小，皆听平鞫。自刘瑾、钱宁用事，专任镇抚司，文致冤狱，法纪大坏。更化善治在今日，不宜复以小事挠法。”不听。俊复言：“此途一开，恐后有重情，即夤缘内降以图免，实长乱阶。”御史曹怀亦谏曰：“朝廷专任一镇抚，法司可以空曹，刑官为冗员矣。”帝俱不听。六年，侍郎张璁等言：“祖宗设三法司以纠官邪，平狱讼，设东厂、锦衣卫以缉盗贼，诘奸宄。自今贪官冤狱仍责法司，其有徇情曲法，乃听厂卫觉察。盗贼奸宄，仍责厂卫，亦必送法司拟罪。”诏如议行。然官校提人恣如故。给事中蔡经等论其害，愿罢勿遣。尚书胡世宁请从其议。詹事霍韬亦言：“刑狱付三法司足矣，锦衣卫复横挠之。昔汉光武尚名节，宋太祖刑法不加衣冠，其后忠义之徒争死效节。夫士大夫有罪下刑曹，辱矣。有重罪，废之、诛之可也，乃使官校众执之，脱冠裳，就桎梏。朝列清班，暮幽犴狱，刚心壮气，销折殆尽。及覆案非罪，即冠带立朝班，武夫捍卒指目之曰：‘某，吾辱之，某，吾系执之。’小人无所忌惮，君子遂致易行。此豪杰所以兴山林之思，而变故罕仗节之士也。愿自今东厂勿与朝仪，锦衣卫勿典刑狱。士大夫罪谪废诛，勿加笞杖锁梏，以养廉耻，振人心，励士节。”帝以韬出位妄言，不纳。祖制，凡朝会，厂卫率属及校尉五百名，列侍奉天门下纠仪。凡失仪者，即褫衣冠，执下镇抚司狱，杖之乃免，故韬言及之。迨万历时，失仪者始不付狱，罚俸而已。世宗衔张鹤龄、延龄，奸人刘东山等乃诬二人毒魇咒诅。帝大怒，下诏狱，东山因株引素所不快者。卫使王佐探得其情，论以诬罔法反坐。佐乃枷东山等阙门外，不及旬悉死，人以佐比牟斌。牟斌者，弘治中指挥也。李梦阳论延龄兄弟不法事，下狱，斌傅轻比，得不死云。世宗中年，卫使陆炳为忮，与严嵩比，而倾夏言。然帝数兴大狱，而炳多保全之，故士大夫不疾炳。
万历中，建言及忤矿税榼者，辄下诏狱。刑科给事中杨应文言：“监司守令及齐民被逮者百五十余人，虽已打问，未送法司，狱禁森严，水火不入，疫疠之气，充斥囹圄。”卫使骆思恭亦言：“热审岁举，俱在小满前，今二年不行。镇抚司监犯且二百，多抛瓦声冤。”镇抚司陆逵亦言：“狱囚怨恨，有持刀断指者。”俱不报。然是时，告讦风衰，大臣被录者寡。其末年，稍宽逮系诸臣，而锦衣狱渐清矣。