二十九年十月，帝终欲祔后太庙，命再议。尚书徐阶言不可，给事中杨思忠是阶议，余无言者。帝觇知状。及议疏入，谓：“后正位中宫，礼宜祔享，但遽及庙次，则臣子之情，不唯不敢，实不忍也。宜设位奉先殿。”帝震怒。阶、思忠惶恐言：“周建九庙，三昭三穆。国朝庙制，同堂异室，与《周礼》不同。今太庙九室皆满，若以圣躬论，仁宗当祧，固不待言，但此乃异日圣子神孙之事。臣闻夏人之庙五，商以七，周以九。礼由义起，五可七，七可九，九之外亦可加也。请于太庙及奉先殿各增二室，以祔孝烈，则仁宗可不必祧，孝烈皇后可速正南面之位，陛下亦无预祧以俟之嫌。”帝曰：“臣子之谊，当祧当祔，力请可也。苟礼得其正，何避豫为！”于是阶等复会廷臣上言：“唐、虞、夏五庙，其祀皆止四世。周九庙，三昭三穆，然而兄弟相及，亦不能尽足六世。今仁宗为皇上五世祖，以圣躬论，仁宗于礼当祧，孝烈皇后于礼当祔。请祧仁宗，祔孝烈皇后于太庙第九室。”因上祧祔仪注。
已而请忌日祭，帝犹衔前议，报曰：“孝烈继后，所奉者又入继之君，忌不祭亦可。”阶等请益力，帝曰：“非天子不议礼。后当祔庙，居朕室次，礼官顾谓今日未宜，徒饰说以惑众听。”因谕严嵩等曰：“礼官从朕言，勉强耳。即不忍祧仁宗，且置后主别庙，将来由臣下议处。忌日令奠一卮酒，不至伤情。”于是礼臣不敢复言，第请如敕行。乃许之。后二年，杨思忠为贺表触忌，予杖削籍。隆庆初，与孝洁皇后同日上尊谥曰孝烈端顺敏惠恭诚祗天卫圣皇后，移主弘孝殿。
孝恪杜太后，穆宗生母也，大兴人。嘉靖十年封康嫔。十五年进封妃。三十三年正月薨。是时，穆宗以裕王居邸，礼部尚书欧阳德奏丧仪，请辍朝五日，裕王主丧事，遵高皇帝《孝慈录》，斩衰三年。帝谓当避君父之尊。大学士严嵩言：“高帝命周王橚为孙贵妃服慈母服，斩衰三年。是年，《孝慈录》成，遂为定制，自后久无是事。及兹当作则垂训于后。”帝命比贤妃郑氏故事：辍朝二日。赐谥荣淑，葬金山。穆宗立，上谥曰孝恪渊纯慈懿恭顺赞天开圣皇太后，迁葬永陵，祀主神霄殿。追封后父林为庆都伯，命其子继宗嗣。
穆宗孝懿皇后李氏，昌平人。穆宗为裕王，选为妃，生宪怀太子。嘉靖三十七年四月薨。帝以部疏称薨非制，命改称故，葬金山。穆宗即位，谥曰孝懿皇后，封后父铭德平伯。神宗即位，上尊谥曰孝懿贞惠顺哲恭仁俪天襄圣庄皇后，合葬昭陵，祔太庙。
孝安皇后陈氏，通州人。嘉靖三十七年九月选为裕王继妃。隆庆元年册为皇后。后无子多病，居别宫。神宗即位，上尊号曰仁圣皇太后，六年加上贞懿，十年加康静。初，神宗在东宫，每晨谒奉先殿、朝帝及生母毕，必之后所问安，后闻履声辄喜。既嗣位，孝事两宫无间。二十四年七月崩，谥曰孝安贞懿恭纯温惠佐天弘圣皇后，祀奉先殿别室。
孝定李太后，神宗生母也，漷县人。侍穆宗于裕邸。隆庆元年三月封贵妃。生神宗。即位，上尊号曰慈圣皇太后。旧制：天子立，尊皇后为皇太后，若有生母称太后者，则加徽号以别之。是时，太监冯保欲媚贵妃，因以并尊风大学士张居正下廷臣议，尊皇后曰仁圣皇太后，贵妃曰慈圣皇太后，始无别矣。仁圣居慈庆宫，慈圣居慈宁宫。居正请太后视帝起居，乃徙居乾清宫。
太后教帝颇严。帝或不读书，即召使长跪。每御讲筵入，尝令效讲臣进讲于前。遇朝期，五更至帝寝所，呼曰“帝起”，敕左右掖帝坐，取水为盥面，挈之登辇以出。帝事太后惟谨，而诸内臣奉太后旨者，往往挟持太过。帝尝在西城曲宴被酒，令内侍歌新声，辞不能，取剑击之。左右劝解，乃戏割其发。翼日，太后闻，传语居正具疏切谏，令为帝草罪己御札。又召帝长跪，数其过。帝涕泣请改乃已。六年，帝大婚，太后将返慈宁宫，敕居正曰：“吾不能视皇帝朝夕，先生亲受先帝付托，其朝夕纳诲，终先帝凭几之谊。”三月加尊号曰宣文。十年加明肃。十二年同仁圣太后谒山陵。二十九年加贞寿端献。三十四年加恭熹。四十二年二月崩，上尊谥曰孝定贞纯钦仁端肃弼天祚圣皇太后，合葬昭陵，别祀崇先殿。
后性严明。万历初政，委任张居正，综核名实，几于富强，后之力居多。光宗之未册立也，给事中姜应麟等疏请被谪，太后闻之弗善。一日，帝入侍，太后问故。帝曰：“彼都人子也。”太后大怒曰：“尔亦都人子！”帝惶恐，伏地不敢起。盖内廷呼宫人曰“都人”，太后亦由宫人进，故云。光宗由是得立。群臣请福王之藩，行有日矣，郑贵妃欲迟之明年，以祝太后诞为解。太后曰：“吾潞王亦可来上寿乎！”贵妃乃不敢留福王。御史曹学程以建言论死。太后怜其母老，言于帝，释之。后父伟封武清伯。家人尝有过，命中使出数之，而抵其家人于法。顾好佛，京师内外多置梵刹，动费钜万，帝亦助施无算。居正在日，尝以为言，未能用也。
神宗孝端皇后王氏，余姚人，生京师。万历六年册立为皇后。性端谨，事孝定太后得其欢心。光宗在东宫，危疑者数矣，调护备至。郑贵妃颛宠，后不较也。正位中宫者四十二年，以慈孝称。四十八年四月崩，谥孝端。光宗即位，上尊谥曰孝端贞恪庄惠仁明媲天毓圣显皇后。会帝崩，熹宗立，始上册宝，合葬定陵，主祔庙。
与后同日册封者有昭妃刘氏。天启、崇祯时，尝居慈宁宫，掌太后玺。性谨厚，抚爱诸王。庄烈帝礼事之如大母。尝以岁朝朝见，帝就便坐，俄假寐。太后戒勿惊，命尚衣谨护之。顷之，帝觉，摄衣冠起谢曰：“神祖时海内少事；今苦多难，两夜省文书，未尝交睫，在太妃前，困不自持如此。”太妃为之泣下。崇祯十五年薨，年八十有六。
孝靖王太后，光宗生母也。初为慈宁宫宫人。年长矣，帝过慈宁，私幸之，有身。故事：宫中承宠，必有赏赉，文书房内侍记年月及所赐以为验。时帝讳之，故左右无言者。一日，侍慈圣宴，语及之。帝不应。慈圣命取内起居注示帝，且好语曰：“吾老矣，犹未有孙。果男者，宗社福也。母以子贵，宁分差等耶？”十年四月封恭妃。八月，光宗生，是为皇长子。既而郑贵妃生皇三子，进封皇贵妃，而恭妃不进封。二十九年册立皇长子为皇太子，仍不封如故。三十四年，元孙生，加慈圣徽号，始进封皇贵妃。三十九年病革，光宗请旨得往省，宫门犹闭，抉钥而入。妃目眚，手光宗衣而泣曰：“儿长大如此，我死何恨！”遂薨。大学士叶向高言：“皇太子母妃薨，礼宜从厚。”不报。复请，乃得允。谥温肃端靖纯懿皇贵妃，葬天寿山。