二十二年起用传奉官，恕谏尤切，帝愈不悦。恕先加太子少保，会南京兵部侍郎马显乞罢，忽附批落恕宫保致仕，朝野大骇。恕数为巡抚，历侍郎至尚书，皆在留都。以好直言，终不得立朝。既归，名益高，台省推荐无虚月。工部主事仙居王纯比恕汲黯，至予杖，谪思南推官。
孝宗即位，始用廷臣荐，召入为吏部尚书，寻加太子太保。先是，中外劾大学士刘吉者，必荐恕，吉以是大恚。凡恕所推举，必阴挠之。弘治元年闰正月，言官劾两广总督宋旻、漕运总督邱鼐等三十七人宜降黜，中多素有时望者。吉竟取中旨允之，章不下吏部。恕以不得其职，拜疏乞去，不许。陕西缺巡抚，恕推河南布政使萧祯。诏别推，恕执奏曰：“陛下不以臣不肖，任臣铨部。倘所举不效，臣罪也。今陛下安知祯不才而拒之？是必左右近臣意有所属。臣不能承望风指，以固禄位。且陛下既以祯为不可用，是臣不可用也，愿乞骸骨。”帝乃卒用祯。
时言官多称恕贤且老，不当任剧职，宜置内阁参大政。最后，南京御史吴泰等复言之。帝曰：“朕用蹇义、王直故事，官恕吏部，有谋议未尝不听，何必内阁也。”恕尝侍经筵，见帝困热暑，请依故事大寒暑暂停，仍进讲义于宫中。进士董杰、御史汤鼐、给事中韩重等遂交章论驳，恕待罪请解职，优诏不许。恕上言：“臣蒙国厚恩，日夕思报。人见陛下任臣过重，遂望臣太深，欲臣尽取朝政更张之，如宋司马光故事。无论臣才远不及光，即今亦岂元祐时。且六卿分职，各有攸司，臣岂敢越而谋之。但杰等责臣良是，臣无所逃罪，惟乞放还。”。帝复优诏勉留之。恕感激眷遇，益以身任国事。方以疾在告，闻帝颇擢用宦官，至有赐蟒衣给庄田者，具疏切谏。中官黄顺请起复匠官潘俊供役，恕言不可以小臣坏重典。再执奏，竟报许。
刘吉既憾恕，吉所陷寿州知州刘概及言官周纮、张昺、汤鼐、姜绾等，恕又抗章力救，吉以是益恨，乃合私人魏璋等共排之。恕先后推用罗明、熊怀、强珍、陈寿、邱鼐、白思明等，咸讽璋等纠驳。恕知志不得行，连章求去。帝辄慰留，且以其老特免午朝，遇大风雨雪，早朝亦免。
徽王见沛乞归德州田，已得旨。恕言王国懿亲，不当争尺寸地，使小民失业，帝婉辞报焉。卢沟桥成，中官李兴乞进文思院副使潘俊等官。恕言：“营造常职，安得录功。成化季始有此事，陛下初政幸已革汰，奈何复行？且山陵大工未闻升职，援例奏乞，将何词拒之？”帝纳其言。已，修京城河桥，帝复从兴请授四人官，许五人冠带。恕执奏，不从，再疏争曰：“臣职掌铨选，义当尽言，而再疏莫回天听，以为业已许之不可易。夫事求其当，设未当，虽十易何害。不然，流弊有不可救者。”报闻。先后以灾异条七事，以星变陈二十事，咸切时弊。寿宁伯张峦请勋号、诰券。恕言：“钱、王两太后正位中宫数十年，钱承宗、王源始邀封爵。今皇后立甫三年，峦已封伯。遽有此请，累圣德，不可许。”通政经历高禄，峦妹婿也，超迁本司参议。恕言：“天下之官以待天下之士，勿私贵戚，妨公议。”中旨以次等御医徐生超补院判，恕请选上考者，不纳。文华殿中书舍人杜昌等夤缘迁秩，御医王玉自陈乞进官，恕皆力争寝之。
是时刘吉已罢，而邱濬入阁，亦与恕不相能。初，濬以礼部尚书掌詹事，与恕同为太子太保。恕长六卿，位濬上。及濬入阁，恕以吏部弗让也，濬由是不悦。恕考察天下庶官，已黜而濬调旨留之者九十余人。恕屡争不能得，因力求罢，不许。太医院判刘文泰者，故往来濬家以救迁官，为恕所沮，衔恕甚。恕里居日，尝属人作传，镂板以行。濬谓其沽直谤君，上闻罪且不小。文泰心动，乃自为奏草，示除名都御史吴祯润色之。讦恕变乱选法。且传中自比伊、周，于奏疏留中者，概云不报。以彰先帝拒谏，无人臣礼。欲中以奇祸。恕以奏出濬指，抗言：“臣传作于成化二十年，致仕在二十二年，非有望于先帝也。且传中所载，皆足昭先帝纳谏之美，何名彰过。文泰无赖小人，此必有老于文学多阴谋者主之。”帝下文泰锦衣狱，鞫之得实，因请逮濬、恕及祯对簿。帝心不悦恕，乃贬文泰御医。责恕沽名，焚所镂版。置濬不问。恕再疏请辨理，不从，遂力求去。听驰驿归，不赐敕，月廪、岁隶亦颇减。廷论以是不直濬。及濬卒，文泰往吊，濬妻叱之出曰：“以若故，使相公齮王公，负不义名，何吊为！”恕扬历中外四十余年，刚正清严，始终一致。所引荐耿裕、彭韶、何乔新、周经、李敏、张悦、倪岳、刘大夏、戴珊、章懋等，皆一时名臣。他贤才久废草泽者，拔擢之恐后。弘治二十年间，众正盈朝，职业修理，号为极盛者，恕力也。武宗嗣位，遣行人赍敕存问，赉羊酒，益廪隶，且谕以谠论无隐。恕陈国家大政数事，帝优诏报之。正德三年四月卒，年九十三。平居食啖兼人，卒之日小减。闭户独坐，忽有声若雷，白气瀰漫，瞰之瞑矣。讣闻，辍朝，赠特进左柱国太师，谥端毅。五子、十三孙，多贤且显。