改督畿辅学政。大兴知县高世儒奉诏核逃役，都督朱希孝以勾军劾之，下部议。鲸劾希孝乱法，言：“世儒等按籍召行户，非勾禁军。此乃禁军子弟家人倚城社，冒禁卫名，致吏不敢问。富人得抗诏，而贫者为沟中瘠。世儒无罪，罪在锦衣。”帝怒，责鲸诋诬勋臣，贬安仁典史。隆庆元年历，湖广提学副使。以试恩贡生失张居正指，降山东参议。改行太仆少卿。都御史海瑞荐鲸异才，不报。
鲸按河南时，黜新郑知县，其人高拱所庇也。在湖广，王篆欲祀其父乡贤，执不许。至是，拱掌吏部，篆为考功，遂以不谨落鲸职。万历中，给事中邹元标、御史饶位交章荐之，报寝。御史顾云程言：“陛下大起遗佚，独鲸及管志道以考察格之。夫相与冢宰贤，则黜幽为公典，否则驱除异己而已。近又登用被察吴中行、艾穆、魏时亮、赵世卿，独靳鲸、志道何也？”给事中姜应麟、李弘道亦言之，仅以湖广副使致仕。中外论荐十余疏，不果用。
赞曰：传称：“未信而谏，则以为谤己”。然志节之士，忄卷忄卷忠爱，何忍以不信自外其君哉？张芹等怀抱悃忱，激昂论事。其言虽不尽用，要与缄默者异矣。