锦家居十五年，穆宗即位，起故官。擢太常少卿，未上，进光禄卿。江阴岁进子鲚万斤，奏减其半。隆庆元年以右副都御史巡抚贵州，破擒叛苗龙得鲊等。宣慰安氏素桀骜，畏锦，为效命。入为大理卿，历工部左、右侍郎。尝署部事，有所争执。
万历二年，迁南京右都御史，改刑部尚书。张居正遭丧，南京大臣议疏留。锦及工部尚书费三旸不可而止。移礼部，又移吏部，俱在南京。锦以居正操切，颇訾议之。语闻，居正令给事中费尚伊劾锦讲学谈禅，妄议朝政，锦遂乞休去。居正死，给事、御史交荐，起故官。十一年召拜左都御史。是时，方籍居正赀产。锦言：“世宗籍严嵩家，祸延江西诸府。居正私藏未必逮严氏，若加搜索，恐贻害三楚，十倍江西民。且居正诚擅权，非有异志。其翊戴冲圣，夙夜勤劳，中外宁谧，功亦有不容泯者。今其官荫赠谥及诸子官职并从褫革，已足示惩，乞特哀矜，稍宽其罚。”不纳。
二品六年满，加太子少保，寻加兵部尚书，掌院事如故。锦摘陈御史封事可采者数条，请旨行之。四川巡按雒遵憾锦，假条奏指锦为奸臣。御史周希旦、给事中陈与郊不直遵，交章论列，遂调遵外任。帝幸山陵，再奉敕居守。其冬，以继母丧归。十九年召拜刑部尚书。年七十六矣，再辞，不许。次苏州卒。赠太子太保，谥端肃。
锦始终厉清操，笃信王守仁学，而教人则以躬行为本。守仁从祀孔庙，锦有力焉。始忤严嵩，得重祸。及之官贵州，道嵩里，见嵩葬路旁，恻然悯之，属有司护视。后忤居正罢官，居正被籍，复为营救。人以是称锦长者。
吴时来，字惟修，仙居人。嘉靖三十二年进士。授松江推官，摄府事。倭犯境，乡民携妻子趋城，时来悉纳之。客兵犷悍好剽掠，时来以恩结其长，犯即行法，无哗者。贼攻城，骤雨，城坏数丈。时来以劲骑扼其冲，急兴版筑，三日城复完，贼乃弃去。
擢刑科给事中。劾罢兵部尚书许论、宣大总督杨顺及巡按御史路楷。皆严嵩私人，嵩疾之甚。会将遣使琉球，遂以命时来。三十七年三月，时来抗章劾嵩曰：“顷陛下赫然震怒，逮治偾事边臣，人心莫不欣快。边臣朘军实、饶执政，罪也。执政受其馈，朋奸罔上，独得无罪哉？嵩辅政二十年，文武迁除，悉出其手。潜令子世蕃出入禁所，批答章奏。世蕃因招权示威，颐指公卿，奴视将帅，筐篚苞苴，辐辏山积，犹无餍足。用所亲万寀为文选郎，方祥为职方郎，每行一事，推一官，必先禀命世蕃而后奏请。陛下但知议出部臣，岂知皆嵩父子私意哉！他不具论。如赵文华、王汝孝、张经、蔡克廉以及杨顺、吴嘉会辈，或祈免死，或祈迁官，皆剥民膏以营私利，虚官帑以实权门，陛下已洞见其一二。言官如给事中袁洪愈、张墱，御史万民英亦尝屡及之。顾多旁指微讽，无直攻嵩父子者。臣窃谓除恶务本。今边事不振由于军困，军困由官邪，官邪由执政之好货。若不去嵩父子，陛下虽宵旰忧劳，边事终不可为也。”
时张翀、董传策与时来同日劾嵩。而翀及时来皆徐阶门生，传策则阶邑子，时来先又官松江，于是嵩疑阶主使。密奏三人同日构陷，必有人主之，且时来乃惮琉球之行，借端自脱。帝入其言，遂下三人诏狱，严鞫主谋者。三人濒死不承，第言“此高庙神灵教臣为此言耳。”主狱者乃以三人相为主使谳上。诏皆戍烟瘴，时来得横州。
隆庆初，召复故官。进工科给事中。条上治河事宜，又荐谭纶、俞大猷、戚继光宜用之苏镇，专练边兵，省诸镇征调。帝皆从之。抚治郧阳。佥都御史刘秉仁被劾且调用，时来言秉仁荐太监李芳，无大臣节，秉仁遂坐罢。帝免丧既久，临朝未尝发言，时来上保泰九劄，报闻。寻擢顺天府丞。
隆庆二年，拜南京右佥都御史提督操江。移巡抚广东。将行，荐所属有司至五十九人。给事中光懋等劾其滥举。会高拱掌吏部，雅不喜时来，贬云南副使。复为拱门生给事中韩楫所劾，落职闲住。
万历十二年，始起湖广副使。俄擢左通政，历吏部左侍郎。十五年拜左都御史。诚意伯刘世延怙恶，数抗朝令，时来劾之，下所司讯治。时来初以直窜，声振朝端。再遭折挫，沈沦十余年。晚节不能自坚，委蛇执政间。连为饶伸、薛敷教、王麟趾、史孟麟、赵南星、王继光所劾，时来亦连乞休归。未出都，卒。赠太子太保，谥忠恪。寻为礼部郎中于孔兼所论，夺谥。