台黎砦苗关保倡乱，四川容山、广西洪江诸苗应之。远近骚然，抚剿莫能定。邦宪与湖广兵分道讨破之，传檄十八砦，许执首恶赎罪。诸苗听抚，设盟受约而还。
播州宣慰杨烈杀长官王黼，黼党李保等治兵相攻且十年，总督冯岳与邦宪讨平之。真州苗卢阿项为乱，邦宪以兵七千编筏渡江，直抵磨子崖。策贼必夜袭，先设备。贼至，击败之。贼求援于播州吴鲲。诸将惧，邦宪曰：“水西宣慰安万铨，播州所畏也。吾调水西兵攻乌江，声杨烈纵鲲助逆罪，烈奚暇救人乎？”已，水西兵至。邦宪进逼其巢，乘风纵火，斩关而登，贼大奔溃，擒贼首父子，斩获四百七十余人。进署都督同知。
破地隆阡叛苗四砦，又破答千诸砦，擒其渠魁。地隆阡遗贼龙老三、龙得奎结龙停苗老夭、扳凳苗石章保等纵兵掠，执石耶洞土官妻冉氏以归，攻梅平砦。官军要擒老三。得奎走免，复与老夭等攻破平南营囤。邦宪侦冉氏在老夭所，阳议赎，而潜击杀老夭。官军遂入龙停砦，并执扳凳砦苗龙老内，令执献章保。于是诸苗悉降。白洗、养鹅诸苗叛，讨擒其魁，降百余砦。
湖广溆浦瑶沈亚当等为乱，总督石勇檄邦宪讨之，生擒亚当，斩获二百有奇。溆浦甫平，铜仁、都匀苗相煽叛。邦宪亟驰还，率守备安大朝进剿。先破彪山砦贼，乘胜略定诸砦。获贼首龙老罗、王三等，余党尽平。又与总督黄光升，修湖北墩台、烽堠百十所，招降冷水溪诸洞苗二十八砦。
播州容山副长官土舍韩甸与正长官土舍张问相攻，甸屡胜，遂纠生苗剽湖、贵境，垂二十年。问亦纠党自助。邦宪讨之，斩百余人。问潜出，被获。官军乘胜入甸巢。会暮，大雨，迷失道。守备叶勋、百户魏国相等陷伏中，死焉。邦宪夺围出，还军镇远。再征之，贼沿江守。邦宪佯与争，而别自上流三十里编竹以渡。水陆并进，大破之。斩甸，容山平。进右都督。
寻与巡抚吴维岳招降平州叛酋杨珂，剿平龙里卫贼阿利等。当是时，水西宣慰安国亨恃众跋扈，谒上官，辞色不善，辄鼓众讙噪而出。邦宪召责之曰：“尔欲反耶？吾视尔釜中鱼尔。尔兵孰与云、贵、川、湖多？尔四十八酋长，吾铸四十八印畀之。朝下令，夕灭尔矣。”国亨叩头谢，为敛戢。隆庆元年剿平镇远苗。已，又破诛白泥土官杨赟及苗酋龙力水等。部内帖然。
邦宪生长黔土，熟苗情。善用兵，大小数十百战，无不摧破。前后进秩者四，赉银币十有三。所得俸赐，悉以飨士，家无赢资。为总兵官十七年，威镇蛮中。与四川何卿、广西沈希仪并称一时名将。明年卒官。赠左都督。
赞曰：呜呼，明至中叶，曷尝无边材哉！如马永、梁震、周尚文、沈希仪之徒，出奇制胜，得士卒死力，虽古名将何以加焉？然功高赏薄，起蹶靡常。此无异故，其抗怀奋激，无以结欢在朝柄政重人，宜其龃龉不相入也。马芳三代为将，父子兄弟先后殉国，伟矣哉！