初，以倭患急，特命都督刘远为浙江总兵官，兼辖苏、松诸郡，数月无所为。廷臣争言大猷才。三十五年三月遂罢远，以大猷代。贼犯西庵、沈庄及清水洼。大猷偕邦政击败之，贼走陶山，诏还世荫。贼自黄浦遁出海，大猷追败之。其年冬，以与平徐海功，加都督佥事。海既平，浙西倭悉靖。独宁波舟山倭负险，官兵环守不能克。是时土兵狼兵悉已遣归，而川、贵所调麻寮、大剌、镇溪、桑植兵六千始至。大猷乘大雪，四面攻之。贼死战，杀土官一人。诸军益竞，进焚其栅，贼多死，其逸出者复殪，贼尽平。加大猷署都督同知。
明年，胡宗宪方图汪直，用卢镗言将与通市，大猷力争不可。及直诱入下吏，其党毛海峰等遂据舟山，阻岑港自守。大猷环攻之，时小胜。然苦仰攻，将士先登多死，新倭又大至。朝廷趣宗宪甚急，宗宪谩为大言以对。廷臣竞诋宗宪，并劾大猷。乃夺大猷及参将戚继光职，期一月内平贼。大猷等惧，攻益力，贼益死守。三十七年七月乃自岑港移柯梅，造舟成，泛海去。大猷等横击之，沈其一舟，余贼遂扬帆而南，流劫闽、广。大猷先后杀倭四五千，贼几平。而官军围贼已一年，宗宪亦利其去，阴纵之，不督诸将邀击。比为御史李瑚所劾，则委罪大猷纵贼以自解。帝怒，逮系诏狱，再夺世荫。
陆炳与大猷善，密以己资投严世蕃解其狱，令立功塞上。大同巡抚李文进习其才，与筹军事。乃造独轮车拒敌马。尝以车百辆，步骑三千，大挫敌安银堡。文进上其制于朝，遂置兵车营。京营有兵车，自此始也。文进将袭板升，谋之大猷，果大获，诏还世荫。寇掠广武，大猷拒却之。先论平汪直功，许除罪录用。及是，镇篁有警，川湖总督黄光升荐大猷，即用为镇篁参将。
广东饶平贼张琏数攻陷城邑，积年不能平。四十年七月诏移大猷南赣，合闽、广兵讨之。时宗宪兼制江西，知琏远出，檄大猷急击。大猷谓：“宜以潜师捣其巢，攻其必救，奈何以数万众从一夫浪走哉？”乃疾引万五千人登柏嵩岭，俯瞰贼巢。琏果还救，大猷连破之，斩首千二百余级。贼惧，不出。用间诱琏出战，从阵后执之，并执贼魁萧雪峰。广人攘其功，大猷不与较。散余党二万，不戮一人。擢副总兵，协守南、赣、汀、漳、惠、湖诸郡。遂乘胜征程乡盗，走梁宁，擒徐东洲。林朝曦者，独约黄积山大举。官军攻斩积山，朝曦遁，后亦为徐甫宰所灭。大猷寻擢福建总兵官，与戚继光复兴化城，共破海倭。详《继光传》。继光先登，受上赏，大猷但赉银币。
四十二年十月徙镇南赣。明年改广东。潮州倭二万与大盗吴平相掎角，而诸峒蓝松三、伍端、温七、叶丹楼辈日掠惠、潮间。闽则程绍录乱延平，梁道辉扰汀州。大猷以威名慑群盗，单骑入绍禄营，督使归峒，因令驱道辉归，两人卒为他将所灭。惠州参将谢敕与伍端、温七战，失利。以“俞家军”至，恐之，端乃驱诸酋以归。无何，大猷果至，七被擒。端自缚，乞杀倭自效。大猷使先驱，官军继之，围倭邹塘，一日夜克三巢，焚斩四百有奇，又大破之海丰。倭悉奔崎沙、甲子诸澳，夺渔舟入海。舟多没于风，脱者二千余人，还保海丰金锡都。大猷围之两月，贼食尽，欲走。副将汤克宽设伏邀之，手斩其枭将三人。参将王诏等继至，贼遂大溃。乃移师潮州，以次降蓝松三、叶丹楼。遂使招降吴平，居之梅岭。平未几复叛，造战舰数百，聚众万余，筑三城守之，行劫滨海诸郡县。福建总兵官戚继光袭平，平遁保南澳。四十四年秋入犯福建，把总朱玑等战没于海中。大猷将水兵，继光将陆兵，夹击平南澳，大破之。平仅以身免，奔据饶平凤凰山。继光留南澳。大猷部将汤克宽、李超等蹑贼后，连战不利，平遂掠民舟出海。闽广巡按御史交章论之，大猷坐夺职。平卒为克宽所追击，远遁以免，不敢入犯矣。
河源、翁源贼李亚元等猖獗。总督吴桂芳留大猷讨之，征兵十万，分五哨进。大猷使间携贼党而亲捣其巢，生擒亚元，俘斩一万四百，夺还男妇八万余人。乃还大猷职，以为广西总兵官。故事：以勋臣总两广兵，与总督同镇梧州。帝用给事中欧阳一敬议，两广各置大帅，罢勋臣，乃召恭顺侯吴继爵还京，以大猷代，予平蛮将军印。而以刘显镇广东。两广并置帅，自大猷及显始也。伍端死，其党王世桥复叛，劫执同知郭文通。大猷连败之，其部下执以献。进署都督同知。
海贼曾一本者，吴平党也。既降复叛，执澄海知县，败官军，守备李茂才中炮死。诏大猷暂督广东兵协讨。隆庆二年，一本犯广州，寻犯福建。大猷合郭成、李锡军擒灭之。录功，进右都督。