明年冬，两河工成。又明年春，加太子太保，进工部尚书兼左副都御史。季驯初至河上，历虞城、夏邑、商丘，相度地势。旧黄河上流，自新集经赵家圈、萧县，出徐州小浮桥，极深广。自嘉靖中北徙，河身既浅，迁徙不常，曹、单、丰、沛常苦昏垫。上疏请复故河。给事中王道成以方筑崔镇高堰，役难并举。河南抚按亦陈三难，乃止。迁南京兵部尚书。十一年正月，召改刑部。
季驯之再起也，以张居正援。居正殁，家属尽幽系，子敬修自缢死。季驯言：“居正母逾八旬，旦暮莫必其命，乞降特恩宥释。”又以治居正狱太急，宣言居正家属毙狱者已数十人。先是，御史李植、江东之辈与大臣申时行、杨巍相讦。季驯力右时行、巍，痛诋言者，言者交怒。植遂劾季驯党庇居正，落职为民。十三年，御史李栋上疏讼曰：“隆庆间，河决崔镇，为运道梗。数年以来，民居既奠，河水安流，咸曰：‘此潘尚书功也。’昔先臣宋礼治会通河，至于今是赖，陛下允督臣万恭之请，予之谥荫。今季驯功不在礼下，乃当身存之日，使与编户齿，宁不隳诸臣任事之心，失朝廷报功之典哉！”御史董子行亦言季驯罪轻责重。诏俱夺其俸。其后论荐者不已。
十六年，给事中梅国楼复荐，遂起季驯右都御史，总督河道。自吴桂芳后，河漕皆总理，至是复设专官。明年，黄水暴涨，冲入夏镇，坏田庐，居民多溺死。季驯复筑塞之。十九年冬，加太子太保、工部尚书兼右都御史。
季驯凡四奉治河命，前后二十七年，习知地形险易。增筑设防，置官建闸，下及木石桩埽，综理纤悉，积劳成病。三疏乞休，不允。二十年，泗州大水，城中水三尺，患及祖陵。议者或欲开傅宁湖至六合入江，或欲浚周家桥入高、宝诸湖，或欲开寿州瓦埠河以分淮水上流，或欲弛张福堤以泄淮口。季驯谓祖陵王气不宜轻泄，而巡抚周寀、陈于陛、巡按高举谓周家桥在祖陵后百里，可疏浚，议不合。都给事中杨其休请允季驯去。归三年卒，年七十五。
万恭，字肃卿，南昌人。嘉靖二十三年进士。授南京文选主事，历考功郎中。寿王丧过南京，中贵欲令朝王妃，恭厉声曰：“礼不朝后，况妃乎！”遂止。就迁光禄少卿，入改大理。
四十二年，寇逼通州，帝方急兵事。以兵部右侍郎蔡汝楠、协理戎政侍郎喻时不胜任，调之南京，欲代以郑晓、杨顺、葛缙，手诏问徐阶。阶以晓文士，顺、缙匪人，请命吏部推择。帝乃谕尚书严讷越格求之，遂以湖广参政李燧代时，而命恭代汝楠。恭列上选兵、议将、练兵车、火器诸事，皆报可。明年，燧罢，众将推恭，恭引疾。及用赵炳然，恭起视事。于是给事中胡应嘉劾恭奸欺。恭奏辩，部议调恭。诏勿问。恭不自安，力请剧边自效。乃命兼佥都御史，巡抚山西。甫至，寇犯龙须墩，恭伏兵击却之。未几，寇五万骑至朔州川，恭与战老高墓。列车为阵，发火器，寇少却。忽风起，火反焚车，寇复大至。诸将殊死战，寇乃去。事闻，赉银币。巡抚故无旗牌，恭请得之。滨河州县患套寇东掠，岁凿冰以防，恭为筑墙四十里。教人以耕及用水车法，民大利之。浃岁，以内艰归。
隆庆初，给事中岑用宾等拾遗及恭。吏部尚书杨博议，仍用之边方。暨服阕，恭遂不出。六年春，给事中刘伯燮荐恭异才。会河决邳州，运道大阻，已遣尚书朱衡经理，复命恭以故官总理河道。恭与衡筑长堤，北自磨脐沟迄邳州直河，南自离林迄宿迁小河口，各延三百七十里。费帑金三万，六十日而成。高、宝诸河，夏秋泛滥，岁议增堤，而水益涨。恭缘堤建平水闸二十余，以时泄蓄，专令浚湖，不复增堤，河遂无患。
恭强毅敏达，一时称才臣。治水三年，言者劾其不职，竟罢归。家居垂二十年卒。孙燝，自有传。
吴桂芳，字子实，新建人。嘉靖二十三年进士。授刑部主事。有崔鉴者，年十三，忿父妾凌母，手刃之。桂芳为著论拟赦。尚书闻渊曰：“此董仲舒《春秋》断狱，柳子厚《复雠议》也。鉴遂得宥。及渊入吏部，欲任以言职。会闻继母病，遽请归，留之不可。起补礼部，历迁扬州知府。御倭有功，迁俸一级。又建议增筑外城。扬有二城，自桂芳始。历浙江左布政使，进右佥都御史，巡抚福建。父丧归。起故官，抚治郧阳。寻进右副都御史总理河道，未任。两广总督张臬以非军旅才被劾罢，部议罢总督，改桂芳兵部右侍郎兼右佥都御史，提督两广军务兼理巡抚。