四十年二月，孙丕扬去，改署吏部。时神宗怠于于事，曹署多空。内阁惟叶向高，杜门者已三月。六卿止一焕在，又兼署吏部，吏部无复堂上官。兵部尚书李化龙卒，召王象乾未至，亦不除侍郎。户、礼、工三部各止一侍郎而已。都察院自温纯罢去，八年无正官。故事，给事中五十人，御史一百十人，至是皆不过十人。焕累疏乞除补。帝皆不报。其年八月，遂用焕为吏部尚书，诸部亦除侍郎四人。既而考选命下，补给事中十七人，御史五十人，言路称盛。
然是时朋党已成，中朝议论角立。焕素有清望，骤起田间，于朝臣本无所左右，顾雅不善东林。诸攻东林者乘间入之。所举措往往不协清议，先后为御史李若星、给事中孙振基所劾。帝皆优诏慰留之。已，兵部主事卜履吉为署部事都御史孙玮所论。焕以履吉罪轻，拟夺俸三月。给事中赵兴邦劾焕徇私。焕疏辨，再乞罢。向高言：“今国事艰难，人才日寡。在野者既赐环无期，在朝者复晨星无几，乃大小臣工，日寻水火，甚非国家福也。臣愿自今已后共捐成心，忧国事，议论听之言官，主张听之当事。使大臣得展布而毋苦言官之掣肘，言官得发舒而毋患当事之摧残，天下事尚可为也。”因请谕焕起视事，焕乃出。
明年春，以年例出振基及御史王时熙、魏云中于外。三人尝力攻汤宾尹、熊廷弼者，又不移咨都察院，于是御史汤兆京守故事争，且诋焕。焕屡疏讦辩，杜门不出，诏慰起之。兆京以争不得，投劾径归。其同官李邦华、周起元、孙居相，及户部郎中贺烺交章劾焕擅权，请还振基等于言路。帝为夺诸臣俸，贬烺官以慰焕。焕请去益力。九月，遂叩首阙前，出城待命。帝犹遣谕留。给事中李成名复劾焕伐异党同，焕遂称疾笃，坚不起。逾月，乃许乘传归。
四十六年，吏部尚书郑继之去国。时党人势成，清流斥逐已尽。齐党亓诗教挚尤张。以焕为乡人老而易制，力引焕代继之，年七十有七矣。比至，一听诗教指挥，不敢异同，由是素望益损。帝终以焕清操，委信之。及明年七月，辽东告警，焕率廷臣诣文华门固请帝临朝议政。抵暮，始遣中官谕之退，而诸军机要务废阁如故。焕等复具疏趣之，且作危语曰：“他日蓟门蹂躏，敌人叩阍，陛下能高枕深宫，称疾谢却之乎？”帝由是嗛焉。考满当增秩，寝不报。焕寻卒，恤典不及。光宗立，始赐如制。熹宗初，赠太子太保。
郑继之，字伯孝，襄阳人。嘉靖四十四年进士。除余干知县。迁户部主事，历郎中。迁宁国知府，进四川副使，以养亲归。服除，久之不出。万历十九年，用给事中陈尚象荐，起官江西，进右参政。召为太仆少卿，累迁大理卿。东征师罢，吏部尚书李戴议留戍兵万五千，令朝鲜供亿。继之曰：“既留兵，自当转饷，柰何疲敝属国。”议者韪之。为大理九年，擢南京户部尚书，就改吏部。
四十一年，吏部尚书赵焕罢。时帝虽倦勤，特谨铨部选，久不除代。以继之有清望，明年二月，乃召之代焕。继之久处散地，无党援。然是时言路持权，齐、楚、浙三党尤横，大僚进退，惟其喜怒。继之故楚产，习楚人议论，且年八十余，耄而愦，遂一听党人意指。文选郎中王大智者，继之所倚信。其秋以年例出御史宋匋、潘之祥，给事中张键，南京给事中张笃敬于外，皆尝攻汤宾尹、熊廷弼者也。时定制，科道外迁必会都察院吏科，继之不令与闻。比考选科道，中书舍人张光房，知县赵运昌、张廷拱、旷鸣鸾、濮中玉当预，而持议颇右于玉立、李三才，遂见抑，改授部曹。大智同官赵国琦以为言。大智怒，构于继之逐之去。由是御史孙居相、张五典、周起元等援年例故事以争，且为光房等五人称枉，吏科都给事中李瑾亦以失职抗疏劾大智。御史唐世济则右吏部，诋居相等。居相、瑾怒，交章劾世济。给事中、御史复助世济排击居相。居相再疏力攻大智，大智乃引疾去。继之亦觉其非，不为辩。
至明年二月，胡来朝为文选，出兵科都给事中张国儒、御史马孟祯、徐良彦于外，复不咨都察院、吏科。国儒已陪推京卿，法不当出外；孟祯、良彦则素忤党人，故来朝抑之。继之不能禁。时居相等已去国，独瑾再争，诋继之、来朝甚力。来朝等不能难，其党思以众力胜之，于是诸御史群起攻瑾。瑾争之强，疏三上。来朝等亦三疏诋讦，词颇穷。来朝乃言：“年例协赞之旨，实秉国者调停两袒，非可为制，乞改前令从事。”帝一无所处分。瑾方奉使，自引去。其秋，给事中梅之焕、御史李若星、张五典年例外转，所司复不预闻。吏科韩光裕、御史徐养量稍言之，然势孤，竟不能争也。时缙云李鋕以刑部尚书兼署都察院，亦浙党所推毂。四十五年，大计京官，继之与鋕司其事，考功郎中赵士谔、给事中徐绍吉、御史韩浚佐之。所去留悉出绍吉等意，继之受成而已。一时与党人异趣者，贬黜殆尽，大僚则中以拾遗，善类为空。
继之以笃老累疏乞休，帝辄慰留不允。明年春，稽首阙下，出郊待命。帝闻，命乘传归。又数年卒，年九十二。赠少保。
赞曰：张瀚、王国光、梁梦龙皆以才办称，杨巍、赵焕、郑继之亦负清望，及秉铨政，蒙诟议焉。于时政府参怀，言路胁制，固积重难返，然以公灭私之节，诸人盖不能无愧云。