至九月，士龙劾顺天府丞邵辅忠奸贪，希孔、允成亦劾之，辅忠大惧。朝等因诱以超擢，令攻士龙。辅忠遂讦士龙官杭州时盗库纳妓，进忠从中下其疏。尚书周嘉谟等言两人所讦，风闻，请宽贷。进忠不从，削士龙籍，辅忠落职闲住。进忠后易名忠贤，显盗国柄，恨士龙未已。四年冬，令其私人张讷劾之，再命削籍。明年三月入之汪文言狱词，谓纳李三才贿三千，谋起南京吏部，下抚按提讯追赃，遣戍平阳卫。已而辅忠起用，骤迁兵部侍郎。六年十二月，御史刘徽复摭辅忠前奏，劾士龙纳访犯万金，下法司逮治。士龙知忠贤必杀己，夜中逾墙遁，其妾不知也，谓有司杀之，被发号泣于道，有司无如之何。士龙乃潜至家，载妻子浮太湖以免。
庄烈帝嗣位，忠贤伏诛。朝士为士龙称冤，诏尽赦其罪。士龙始诣阙谢恩，且陈被陷之故。帝怜之，命复官致仕，竟不召用。至崇祯十四年，里人周延儒再相，始起漕储副使，督苏、松诸郡粮。明年冬，入为太仆少卿。又明年春，擢左佥都御史。时左都御史李邦华、副都御史惠世扬皆未至，士龙独掌院事。帝尝语辅臣：“往例御史巡方，类微服访民间。近高牙大纛，气凌巡抚，且公署前后皆通窦纳贿，每奉使，富可敌国，宜重惩。”士龙闻，劾逮福建巡按李嗣京。十月谢病归。国变后卒。
赞曰：满朝荐，健令也，出死力以抗凶锋，幽深牢而弗悔。及跻言路，益发愤时事，庶几强立不反者欤。江秉谦、侯震旸之论经抚，李希孔之论“三案”，皆切中事理。王允成直攻刘朝、魏进忠，而不与杨、左、周、黄诸人同难。毛士龙顾以谲免。盖忠贤杀人皆成于附阉邪党，彼其甘心善类，授之刃而假手焉且加功者，罪直浮于忠贤已。