时蜀中兵十六万，土、汉各半。汉兵不任战，而土兵骄淫不肯尽力。成都围解，不即取重庆；重庆复，不即捣永宁；及永宁、蔺州并下，贼失巢穴，又纵使远窜。大抵土官利养寇，官军效之，贼得展转为计。崇明父子方窘甚，燮元以蜀已无贼，遂不穷追。永宁既拔，拓地千里。燮元割膏腴地归永宁卫，以其余地为四十八屯，给诸降贼有功者，令岁输赋于官，曰“屯将”，隶于叙州府，增设同知一人领之。且移叙州兵备道于卫城，与贵州参将同驻，蜀中遂靖。而邦彦张甚。
四年春陷贵州，巡抚王三善军没。明年，总理鲁钦败于织金，贵州总督蔡复一军又败。廷臣以三善等失事由川师不协助，议合两督府。乃命燮元以兵部尚书兼督贵州、云南、广西诸军，移镇遵义；而以尹同皋代抚四川。燮元赴重庆，邦彦侦知之。六年二月，谋乘官军未发，分犯云南、遵义，而令寅专犯永宁。未行，寅被杀，乃已。寅凶淫甚，有阿引者，受燮元金钱，乘寅醉杀之。寅既死，崇明年老无能为，邦彦亦乞抚，燮元闻于朝，许之，乃遣参将杨明辉往抚。燮元旋以父丧归，偏沅巡抚闵梦得来代。
先是，贵州巡抚王瑊谓督臣移镇贵阳有十便，朝议从之。梦得乃陈用兵机宜，请自永宁始，次普市、摩泥、赤水，百五十里皆坦途，赤水有城可屯兵，进白岩、层台、毕节、大方仅二百余里。我既宿重兵，诸番交通之路绝，然后贵阳、遵义军克期进，贼必不能支。疏未报，梦得召还，代以尚书张鹤鸣，议遂寝。鹤鸣未至，明辉奉制书，仅招抚安位，不云赦邦彦。邦彦怒，杀明辉，抚议由此绝。鹤鸣视师年余，未尝一战，贼得养其锐。
崇祯元年六月，复召燮元代之，兼巡抚贵州，仍赐尚方剑。录前功，进少保，世荫锦衣指挥使。时寇乱久，里井萧条，贵阳民不及五百家，山谷悉苗仲。而将士多杀降报功，苗不附。燮元招流移，广开垦，募勇敢；用梦得前议，檄云南兵下乌撒，四川兵出永宁，下毕节，而亲率大军驻陆广，逼大方。总兵官许成名、参政郑朝栋由永宁复赤水。邦彦闻之，分守陆广、鸭池、三岔诸要害，别以一军趋遵义，自称四裔大长老，号崇明大梁王，合兵十余万，先犯赤水。燮元授计成名，诱贼至永宁，乃遣总兵官林兆鼎从三岔入。副将王国祯从陆广入，刘养鲲从遵义入，合倾其巢。邦彦恃勇，拟先破永宁军，还拒诸将，急索战。四川总兵官侯良柱、副使刘可训遇贼十万于五峰山、桃红坝，大破之。贼奔据山巅。诸将乘雾力攻，贼复大败。又追败之红土川，邦彦、崇明皆授首，时二年八月十有七日也。捷闻，帝大喜。以成名与良柱争功，赏久不行。
乌撒安效良死，其妻安氏招故沾益土酋安远弟边为夫，负固不服。燮元乘兵威胁走边，遂复乌撒。燮元以境内贼略尽，不欲穷兵，乃檄招安位，位不决。燮元集将吏议曰：“水西地深险多箐篁，蛮烟僰雨，莫辨昼夜，深入难出。今当扼其要害，四面迭攻，贼乏食，将自毙。”于是攻之百余日，斩级万余。养鲲复遣人入大方，烧其室庐。位大恐，三年春，遣使乞降。燮元与约四事：一、贬秩，二、削水外六目地归之朝廷，三、献杀王巡抚者首，四、开毕节等九驿。位请如约，率四十八目出降。燮元受之，贵州亦靖。遂上善后疏曰：“水西自河以外，悉入版图。沿河要害，臣筑城三十六所，近控蛮苗，远联滇、蜀，皆立邸舍，缮邮亭，建仓廪，贼必不敢猝入为寇。鸭池、安庄傍河可屯之土，不下二千顷，人赋土使自赡，盐酪刍茭出其中。诸将士身经数百战，咸愿得尺寸地长子孙，请割新疆以授之，使知所激劝。”帝报可。
初，崇明、邦彦之死，实川中诸将功，而黔将争之。燮元颇右黔将，屡奏于朝，为四川巡按御史马如蛟所劾。燮元力求罢，帝慰留之。其冬讨平定番、镇宁叛苗，乃通威清等上六卫及平越、清平、偏桥、镇远四卫道路，凡一千六百余里，缮亭障，置游徼。贵阳东北有洪边十二马头，故宣慰宋嗣殷地也。嗣殷以助邦彦被剿灭，乃即其地置开州，又奏复故施秉县，招流民实之。
四年，阿迷州土官普名声作乱，陷弥勒州曲江所，又攻临安及宁州，远近震动。巡抚王伉、总兵官沐天波不能御，伉逮戍。燮元遣兵临之，遂就抚。
龙场坝者，邻大方，邦彦以假崇明。崇明既灭，总兵侯良柱欲设官屯守以自广。而安位谓己故地，数举兵争，燮元不之禁。会燮元劾良柱不职；良柱亦讦燮元曲庇安氏，纳其重贿。章下四川巡按御史刘宗祥。宗祥亦劾燮元受贿，且以龙场、永宁不置邑卫为欺罔。帝以责燮元，燮元乃上言：“御夷之法，来则安之，不专在攻取也。今水西已纳款，惟明定疆界，俾自耕牧，以输国赋。若设官屯兵，此地四面孤悬，中限河水，不利应援，筑城守渡，转运烦费。且内激蔺州必死之斗，外挑水西扼吭之嫌，兵端一开，未易猝止，非国家久远计。”帝犹未许。后勘其地，果如所议。论桃红坝功，进少师，世荫锦衣指挥使。一品六年满，加左柱国。再议平贼功，世荫锦衣指挥佥事。