崇祯元年，起南京户部尚书兼掌吏部事。南京诸僚多忠贤遗党，是年京察，三俊澄汰一空。京师被兵，大臣大获谴。明年春，三俊以建储入贺，力言：“皇上忧劳少过，人情郁结未宣。百职庶司，救过不赡，上下睽孤，足为隐虑。愿保圣躬以保天下，收人心以收封疆。”帝褒纳之。南粮岁额八十二万七千有奇，积逋至数百万，而兵部又增兵不已。三俊初至，仓库不足一月饷。三俊力祛宿弊，纠有司尤怠玩者数人，屡与兵部争虚冒，久之，士得宿饱。万历时，税使四出，芜湖始设关，岁征税六七万，泰昌时已停。至是，度支益绌，科臣解学龙请增天下关税，南京宣课司亦增二万。三俊以为病民，请减其半，以其半征之芜湖坐贾，户部遂派芜湖三万，复设关征商。三俊请罢征，并于工部分司计舟输课，不税货物，皆不从，遂为永制。芜湖、淮安、杭州三关皆隶南户部，所遣司官李友兰、霍化鹏、任俶皆贪，三俊悉劾罢之。
居七年，就移吏部。八年正月，复当京察，斥罢七十八人，时服其公。旋上议官评、杜请属、慎差委三事，帝皆采纳。流寇大扰江北，南都震动，三俊数陈防御策。礼部侍郎陈子壮下狱，抗疏救之。
考绩入都，留为刑部尚书，加太子少保。帝以阴阳愆和，命司礼中官录囚，流徒以下皆减等。三俊以文武诸臣诖误久系者众，请令出外候谳。因论告讦株蔓之弊，乞敕“内外诸臣行恻隐实政。内而五城讯鞫，非重辟不必参送法司；外而抚按提追，非真犯不必尽解京师；刑曹决断，以十日为期。”帝皆从之。代州知州郭正中因天变，请举寒审之典，帝命考故事。三俊稽历朝宝训，得祖宗冬月录囚数事，备列上奏，寝不行。前尚书冯英坐事遣戍，其母年九十有一，三俊乞释还侍养，不许。
初，户部尚书侯恂坐屯豆事下狱，帝欲重谴之。三俊屡谳上，不称旨。谗者谓恂与三俊皆东林，曲法纵舍。工部钱局有盗穴其垣，命按主者罪，三俊亦拟轻典。帝大怒，褫其官下吏。应天府丞徐石麒适在京，上疏力救，忤旨切责。帝御经筵，讲官黄景昉称三俊至清，又偕黄道周各疏救。帝不纳，切责三俊欺罔。以无赃私，令出狱候讯。宣大总督卢象升复救之，大学士孔贞运等复以为言，乃许配赎。
十五年正月，召复故官。会吏部尚书李日宣得罪，即命三俊代之。时值考选，外吏多假缮城、垦荒名，减俸行取，都御史刘宗周疏论之。诸人乃夤缘周延儒，嘱兵部尚书张国维以知兵荐，帝即欲召对亲擢。三俊言：“考选者部、院事，天子且不得专，况枢部乎？乞先考定，乃请圣裁。”帝不悦，召三俊责之，对不屈。宗周复言：“三俊欲俟部、院考后，第其优劣纯疵，恭请钦定。若但以奏对取人，安能得真品？”帝不从，由是幸进者众。帝下诏求贤，三俊举李邦华、刘宗周自代，且荐黄道周、史可法、冯元飏、陈士奇四人。姜埰、熊开元言事下狱，及宗周获严谴，三俊皆恳救。先后奏罢不职司官数人，铨曹悉廪廪。大僚缺官，三俊数引荐，贤士之废斥者多复用。刑部尚书徐石麒获罪，率同官合疏乞留。
三俊为人端严清亮，正色立朝。惟引吴昌时为属，颇为世诟病。时文选缺郎中，仪制郎中吴昌时欲得之。首辅周延儒力荐于帝，且以嘱三俊，他辅臣及言官亦多称其贤，三俊遂请调补。帝特召问，三俊复徇众意以对。帝颔之，明日即命下。以他部调选郎，前此未有也。帝恶言官不职，欲多汰之，尝以语三俊，三俊与昌时谋出给事四人、御史六人于外。给事、御史大哗，谓昌时紊制弄权，连章力攻，并诋三俊。三俊恳乞休致，诏许乘传归。国变后，家居十余年乃卒。
李日宣，字晦伯，吉水人。万历四十一年进士。授中书舍人，擢御史。
天启元年，辽阳破。请帝时召大僚，面决庶政。寻请宥侯震旸以开言路，厚中宫以肃名分。忤旨，切责。已，又荐丁元荐、邹维琏、麻僖等十余人，乞召还朱钦相、刘廷宣等，帝以滥荐逐臣，停俸三月。旋出理河东盐政。还朝，以族父邦华佐兵部，引嫌归。五年七月，逆党倪文焕劾邦华、日宣为东林邪党，遂削籍。
庄烈帝即位，复故官，以邦华在朝，久不出。崇祯三年，起故官，巡按河南。还朝，掌河南道事。中官王坤讦大学士周延儒，日宣率同官言：“内臣监兵，不宜侵辅臣，且插款中疑，边情多故，坤责亦不可逭。”报闻。迁大理丞，屡进太常卿。九年冬，擢兵部右侍郎，镇守昌平。久之，进左侍郎，协理戎政。寻叙护陵功，加兵部尚书。十三年九月，擢吏部尚书。