崇祯元年复官，擢太仆少卿，进右佥都御史，巡抚陕西。关中频岁饥，盗贼蜂起。四年正月，神一元陷保安。国事遣贺虎臣援延安，而身率副将张全昌连破点灯子于中部、合阝阳、韩城，又破别部于宜君、雒川，降其魁李应鳌。诸将张全昌、赵大允、王承恩、杜文焕、贺虎臣等分剿贼澄城、宜川、耀州、白水、合阝阳，斩首千九百有奇。总督杨鹤既受群贼降，已，复相继叛，田近庵、李老柴陷中部。国事偕承恩攻围五月，克之，而所部亦频失事，杨鹤被征，国事亦戴罪自赎。
五年，红军友、李都司等将犯平凉。国事自泾趋固原，檄大帅杨嘉谟杀贼塘马，断其侦探。贼乃走庆阳西壕，嘉谟、曹文诏邀击，大败之。自三月至五月，大小数十战，贼迄破灭。国事免戴罪。
当是时，关中五镇，大帅曹文诏、杨嘉谟、王承恩、杨麟、贺虎臣各督边军协讨，总督洪承畴尤善调度。贼魁多歼，余尽走山西，关中稍靖。
六年冬，贼既从渑池渡，入卢氏。明年，贼遂由河南、湖广入汉南。总督陈奇瑜檄国事驻商州，协剿商南、卢氏贼。汉南贼遂由宁羌至两当，掠凤县，出栈道，陷宝鸡，关中贼复炽。既而奇瑜受贼降，檄诸军勿击。贼出险，遂大掠凤翔、麟游、宝鸡、扶风、汧阳、乾州、泾阳、醴泉。奇瑜委罪国事以自解，国事上言：“汉南贼尽入栈道，奇瑜檄止兵，臣未知所抚实数。及见奇瑜疏，八大王部万三千余人，蝎子块部万五百余人，张妙手部九千一百余人，八大王又一部八千三百余人，臣不觉仰天长叹。夫一月内，抚强寇四万余，尽从栈道入内地，食饮何自出，安得无剽掠？且一大帅将三千人，而一贼魁反拥万余众，安能受纪律？即藉口回籍，延安州县骤增四万余人，安集何所？合诸征剿兵不满二万，而降贼逾四万，岂内地兵力所能支，宜其连陷名城而不可救也。若咎臣不堵剿，则先有止兵檄矣；若云贼已受抚，因误杀使人致然，则未误杀之先，何为破麟游、永寿。今事已至此，惟急调大军致讨，若仍以愿回原籍，禁兵勿剿，三秦之祸安所终极哉！”疏入，事已不可为，遂逮下狱。九年正月遣戍广西。久之，叙前功，赦还，复冠带。
福王时，召为户部左侍郎，寻改兵部。十二月加尚书，仍莅侍郎事。明年二月致仕，未几卒。
丁启睿，永城人。万历四十七年进士。崇祯初，历山东右参政，坐事谪陕西副使。九年，宁夏兵变，启睿捕斩杀巡抚王楫者首恶六人，军中大定。再迁右布政使，分守关南，从巡抚孙传庭讨贼。
十一年冬，就拜右佥都御史，代传庭巡抚陕西。岁频旱，民益为盗，长武、环、白水、长安、临潼、咸阳贼起如猬毛。十三年，用督师杨嗣昌荐，擢兵部右侍郎兼右佥都御史，代郑崇俭总督陕西三边军务讨贼。明年，嗣昌死，加启睿兵部尚书，改称督师，代嗣昌尽督陕西、湖广、河南、四川、山西及江南、北诸军，仍兼总督陕西三边军务，赐剑、敕、印如嗣昌。
启睿自谪河西副使，数迁皆在陕西，然实庸才。为督、抚，奉督师期会，谨慎无功过；及督师任重专制，即莫知为计。启睿已受命出潼关，将由承天赴嗣昌军于荆州。湖广巡按汪承诏言大寇在河南，荆、襄幸息警，无烦大军，尽匿汉津船。启睿至，五日不得渡，折而向邓州，州人闭门诟；过内乡，长吏闭之籴。军行荒山间，割马骡，燎以野草，士啖不得饱。是时李自成已陷洛阳，围开封，有众七十万，启睿惮不敢援。闻张献忠在光山、固始间，少弱，乃谋于诸将曰：“上命我剿豫贼，此亦豫贼也。”遂檄左良玉破之于麻城，斩首千二百。开封日告急，则曰：“我方有事于献忠，不赴矣。”闻傅宗龙将入关督秦师，启睿曰“三边已置总督矣”，乞帝更敕书，乃更敕书宗龙办自成。九月，宗龙败殁于项城，启睿不能救。贼乘胜陷南阳，杀唐王，开、汝二郡望风下。十二月，自成再围开封。河南巡抚高名衡飞檄至，启睿督兵赴之，避贼入城，部下大淫掠。总兵陈永福射自成，中其左目。明年正月，贼解围去。
启睿之在许州也，畏贼逼，始赴开封。离城三十里，而城即破。其抵开封，启门入，贼乘之，几陷。四月，自成合群贼复攻开封。六月，帝释侯恂于狱，命督援剿诸军救开封。未至，开封围益急。帝数诏切责启睿。启睿不得已，乃大集良玉、虎大威、杨德政、方国安之军，偕保定总督杨文岳，以七月会于朱仙镇，与贼垒相望。贼众百万，启睿欲战，良玉曰：“贼锋锐，未可击也。”启睿曰：“围已急，必击之。”诸将皆惧。良玉归营即先走，诸营俱走，启睿、文岳联骑奔汝宁。贼渡河逐之，追奔四百里。丧马骡七千，将士数万，启睿敕书、印、剑俱失。事闻，诏褫职候代。九月，贼决马家口河灌开封，开封遂陷，乃征下吏，久之释归。自嗣昌死二年而启睿败，启睿败又二年而明亡矣。