十三年三月，擢右佥都御史，代方一藻巡抚辽东，按行关外八城，驻宁远。十四年春，锦州被围，填壕毁堑，声援断绝。有传其帅祖大寿语者：“逼以车营，毋轻战。”总督洪承畴集兵，民仰转饷，未发。帝忧之。朝议两端。命郎中张若麒就行营计议，若麒至，则趣进师。七月，师次乳峰，去锦州五六里而营，旦日，杨国柱之军溃。逾月，王朴军亦溃。未几，马科等五将皆溃。大清兵掘松山，断我归路，遂大败，蹂躏杀溺无算，退保松山。围急，外援不至，刍粮竭。至明年二月，且半年矣，城破，承畴降，民仰死，若麒跳从海上荡渔舟而还，宁远、关门劲旅尽丧。事闻，帝惊悼甚，设坛都城，承畴十六，民仰六，赐祭尽哀。赠民仰右副都御史，官为营葬，录其一子。寻命建祠都城外，与承畴并列，帝将亲临祭焉。将祭，闻承畴降，乃止。
邱禾嘉，贵州新添卫人。举万历四十一年乡试，好谈兵。天启时，安邦彦反，捐资制器，协擒其党何中蔚。选祁门教谕，以贵州巡抚蔡复一请，迁翰林待诏，参复一军。
崇祯元年，有荐其知兵者，命条上方略。帝称善，即授兵部职方主事。三年正月，蓟辽总督梁廷栋入主中枢，衔总理马世龙违节制，命禾嘉监纪其军。时永平四城失守，枢辅孙承宗在关门，声息阻绝。蓟辽总督张凤翼未至，而顺天巡抚方大任老病不能军，惟禾嘉议通关门声援，率军入开平。二月，大清兵来攻，禾嘉力拒守，乃引去。已，分略古治乡，禾嘉令副将何可纲、张洪谟、金国奇、刘光祚等迎战，抵滦州。甫还，而大清兵复攻牛门、水门，又督参将曹文诏等转战，抵遵化而返。无何，四城皆复。
宁远自毕自肃遇害，遂废巡抚官，以经略兼之，至是议复设。廷栋力推禾嘉才，超拜右佥都御史，巡抚其地，兼辖山海关诸处。禾嘉初莅镇，大清兵以二万骑围锦州，禾嘉督诸将赴救，城获全。登莱巡抚孙元化议彻岛上兵于关外，规复广宁及金、海、盖三卫，禾嘉议用岛兵复广宁、义州、右屯。廷栋虑其难，以咨承宗。承宗上奏曰：“广宁去海百八十里，去河百六十里，陆运难。义州地偏，去广宁远，必先据右屯，聚兵积粟，乃可渐逼广宁。”又言：“右屯城已隳，修筑而后可守。筑之，敌必至，必复大、小凌河，以接松、杏、锦州。锦州绕海而居敌，难陆运。而右屯之后即海，据此则粮可给，兵可聚，始得为发轫地。”奏入，廷栋力主之，于是有大凌筑城之议。
会禾嘉讦祖大寿，大寿亦发其赃私。承宗不欲以武将去文臣，抑使弗奏，密闻于朝，请改禾嘉他职。四年五月，命调南京太仆卿，以孙谷代。谷未至，部檄促城甚急。大寿以兵四千据其地，发班军万四千人筑之，护以石硅土兵万人。禾嘉往视之，条九议以上。工垂成，廷栋罢去。廷议大凌荒远不当城，撤班军赴蓟，责抚镇矫举，令回奏。禾嘉惧，尽撤防兵，留班军万人，输粮万石济之。
八月，大清兵抵城下，掘濠筑墙，四面合围，别遣一军截锦州大道。城外堠台皆下，城中兵出，悉败还。禾嘉闻之，驰入锦州，与总兵官吴襄、宋伟合兵赴救。离松山三十余里，与大清兵遇，大战长山、小凌河间，互有伤损。九月望，大清兵薄锦州，分五队直抵城下。襄、伟出战不胜，乃入城。二十四日，监军张春会襄、伟兵，过小凌河东五里，筑垒列车营，为大凌声援。大清兵扼长山，不得进。禾嘉遣副将张洪谟、祖大寿、靳国臣、孟道等出战五里庄，亦不胜。夜趋小凌河，至长山接战，大败。春及副将洪谟、杨华征、薛大湖等三十三人俱被执，副将张吉甫、满库、王之敬等战殁。大寿不敢出，凌城援自此绝。败书闻，举朝震骇。孙谷代禾嘉，未至而罢，改命谢琏。琏畏惧，久不至。后兵事亟，召琏驻关外，禾嘉留治中。及是闻败，移驻松山，图再举，言官以推委诋之帝。帝以禾嘉独守松山，非卸责，戒饬而已。
大凌粮尽食人马。大清屡移书招之，大寿许诺，独副将可纲不从。十月二十七日，大寿杀可纲，与副将张存仁等三十九人投誓书约降。是夕出见，以妻子在锦州，请设计诱降锦州守将，而留诸子于大清。禾嘉闻大凌城炮声，谓大寿得脱，与襄及中官李明臣、高起潜发兵往迎。适大寿伪逃还，遂俱入锦州。大凌城人民商旅三万有奇，仅存三之一，悉为大清所有，城亦被毁。十一月六日，大清复攻杏山，明日攻中左所。城上用炮击，乃退。大寿入锦州，未得间，而禾嘉知其纳款状，具疏闻于朝。因初奏大寿突围出，前后不雠，引罪请死。于是言官交劾，严旨饬禾嘉。而帝于大寿欲羁縻之，弗罪也。