京营故有占役、虚冒之弊。占役者，其人为诸将所役，一小营至四五百人，且有卖闲、包操诸弊。虚冒者，无其人，诸将及勋戚、奄寺、豪强以苍头冒选锋壮丁，月支厚饷。邦华核还占役万，清虚冒千。三大营军十余万，半老弱。故事，军缺听告补，率由贿得。邦华必亲校，非年壮力强者不录，自是军鲜冒滥。三营选锋万，壮丁七千，饷倍他军，而疲弱不异。邦华下令，每把总兵五百，月自简五人，年必二十五以下，力必二百五十斤以上，技必兼弓矢火炮，月一解送，补选锋壮丁之缺，自是人人思奋。三大营领六副将，又分三十六营，官以三百六十七人计，所用掾史皆积猾。邦华按罪十余人，又行一岁二考察之令，自是诸奸为戢。
营马额二万六千，至是止万五千。他官公事得借骑，总督、协理及巡视科道，例有坐班马，不肖且折橐入钱，营马大耗。邦华首减己班马三之一，他官借马，非公事不得骑，自是滥借为希。
京营岁领太仆银万六千两，屯田籽粒银千六十两，犒军制器胥徒工食取给焉。各官取之无度，岁用不敷。邦华建议，先协理岁取千四百，总督巡视递节减，自是营帑遂裕。
营将三百六十，听用者称是。一官缺，请托纷至。邦华悉杜绝，行计日省成法。每小营各置簿，月上事状于协理，以定殿最。旧制，三大营外复设三备兵营，营三千人，饷视正军，而不习技击，益为豪家隐冒。邦华核去四千余人，又汰老弱千，疏请归并三大营不另设，由是戎政大厘。
仓场总督南居益言：“京营岁支米百六十六万四千余石，视万历四十六年增五万七千余石，宜减省。”邦华因上议军以十二万为额，饷以百四十四万石为额，岁省二十二万有奇。帝亦报可，著为令。帝知邦华忠，奏无不从，邦华亦感帝知，不顾后患。诸失利者衔次骨，而怨谤纷然矣。
其年十月，畿辅被兵，简精卒三千守通州，二千援蓟州，自督诸军营城外，军容甚壮。俄有命邦华军撤还守陴，于是侦者不敢远出，声息遂断，则请防寇贼，缉间谍，散奸宄，禁讹言。邦华自闻警，衣不解带，捐赀造炮车及诸火器，又以外城单薄，自请出守。而诸不逞之徒，乃构蜚语入大内。襄城伯李守锜督京营，亦衔邦华扼己，乘间诋諆。邦华自危，上疏陈情，归命于帝。会满桂兵拒大清兵德胜门外，城上发大炮助桂，误伤桂兵多。都察院都事张道泽遂劾邦华，言官交章论列，遂罢邦华闲住。自是代者以为戒，率因循姑息，戎政不可问矣。邦华前后罢免家居二十年。父廷谏无恙。
十二年四月，起南京兵部尚书，定营制，汰不急之将，并分设之营。谓守江南不若守江北，防下流不若防上流。乃由浦口历滁、全椒、和，相形势，绘图以献。于浦口置沿江敌台，于滁设戍卒，于池河建城垣，于滁、椒咽喉则筑堡于藕塘。和遭屠戮，请以隶之太平。又请开府采石之山，置哨太平之港，大垦当涂闲田数万顷资军储。徐州，南北要害，水陆交会，请宿重兵，设总督，片檄征调，奠陵京万全之势。皆下所司，未及行，以父忧去。
十五年冬，起故官，掌南京都察院事，俄代刘宗周为左都御史。都城被兵，即日请督东南援兵入卫，力疾上道。明年三月抵九江。左良玉溃兵数十万，声言饷乏，欲寄帑于南京，艨艟蔽江东下。留都士民一夕数徙，文武大吏相顾愕眙。邦华叹曰：“中原安静土，东南一角耳。身为大臣，忍坐视决裂，袖手局外而去乎！”乃停舟草檄告良玉，责以大义。良玉气沮，答书语颇恭。邦华用便宜发九江库银十五万饷之，而身入其军，开诚慰劳。良玉及其下皆感激，誓杀贼报国，一军遂安。帝闻之，大喜，陛见嘉劳。邦华跪奏移时，数诏起立，温语如家人，中官屏息远伏。其后召对百官，帝辄目注邦华云。旧例，御史出巡，回道考核。邦华谓回道而后黜，害政已多。论罢巡按、巡盐御史各一人。奉命考试御史，黜冒滥者一人，追黜御史无显过而先任推官著贪声者一人。台中始畏法。
十七年二月，李自成陷山西。邦华密疏请帝固守京师，仿永乐朝故事，太子监国南都。居数日未得命，又请定、永二王分封太平、宁国二府，拱护两京。帝得疏意动，绕殿行，且读且叹，将行其言。会帝召对群臣，中允李明睿疏言南迁便，给事中光时亨以倡言泄密纠之。帝曰：“国君死社稷，正也，朕志定矣。”遂罢邦华策不议。未几，贼逼都城，亟诣内阁言事。魏藻德漫应曰：“姑待之。”邦华太息而出。已，率诸御史登城，群奄拒之不得上。十八日，外城陷，走宿文信国祠。明日，内城亦陷，乃三揖信国曰：“邦华死国难，请从先生于九京矣。”为诗曰：“堂堂丈夫兮圣贤为徒，忠孝大节兮誓死靡渝，临危授命兮吾无愧吾。”遂投缳而绝。赠太保、吏部尚书，谥忠文。本朝赐谥忠肃。