懋第濒行言：“臣此行，生死未卜。请以辞阙之身，效一言。愿陛下以先帝仇耻为心，瞻高皇之弓剑，则思成祖列圣之陵寝何存；抚江上之残黎，则念河北、山东之赤子谁恤。更望时时整顿士马，必能渡河而战，始能扼河而守；必能扼河而守，始能画江而安。”众韪其言。王令赍白金十万两、币帛数万匹，以兵三千人护行。八月，舟渡淮。十月朔，次张家湾，本朝传令止许百人从行。
懋第衰纟至入都门，至则馆之鸿胪寺。请祭告诸陵及改葬先帝，不可，则陈太牢于旅所，哭而奠之。即以是月二十有八日遣还出都。弘范乃请身赴江南招诸将刘泽清等降附，而留懋第等勿遣。于是自沧州追还懋第，改馆太医院。顺治二年六月，闻南京失守，恸哭。其从弟懋泰先为吏部员外郎，降贼，后归本朝授官矣，来谒懋第。懋第曰：“此非吾弟也。”叱出之。至闰月十二日，与从行兵部司务陈用极，游击王一斌，都司张良佐、刘统、王廷佐俱以不降诛，而绍愉获免。
祁彪佳，字弘吉，浙江山阴人。祖父世清白吏。彪佳生而英特，丰姿绝人。弱冠，第天启二年进士，授兴化府推官。始至，吏民易其年少。及治事，剖决精明，皆大畏服。外艰归。崇祯四年，起御史。疏陈赏罚之要，言：“黔功因一级疑，稽三年之叙，且恩及督抚总帅帷幄大臣，而陷敌冲锋之士不预，何以励行间。山东之变，六诚连陷，未尝议及一官，欺蒙之习不可不破。”帝即命议行。又言：“九列之长，诘责时闻，四朝遗老或蒙重谴。诸臣怵严威，竞迎合以保名位。臣所虑于大臣者此也。方伯或一二考，台员或十余载，竟不得迁除，监司守令多贬秩停俸。臣子精神才具无余地，展布曷由。急功赴名之民不胜其掩罪匿瑕。臣所虑于小臣者此也。国家闻鼙鼓思将帅，苟得其人，推毂筑坛，礼亦宜之。若必依序循资，冒滥之窦虽可清，奖拔之术或未尽。臣所虑于武臣者此也。抚按则使中官监视会同，隙开水火，其忠显；潜通交结，其患深。臣所虑于内臣者此也。”忤旨谯责。
寻上《合筹天下全局疏》，以策关、宁，制登海为二大要。分析中州、秦、晋之流贼，江右、楚、粤之山贼，浙、闽、东粤之海贼，滇、黔、楚、蜀之土贼为四大势。极控制驾驭之宜，而归其要于戢行伍以节饷，实卫所以销兵。复陈民间十四大苦：曰里甲，曰虚粮，曰行户，曰搜赃，曰钦提，曰隔提，曰讦讼，曰窝访，曰私税，曰私铸，曰解运，曰马户，曰盐丁，曰难民。帝善其言，下之所司。出按苏、松诸府，廉积猾四人杖杀之。宜兴民发首辅周延儒祖墓，又焚翰林陈于鼎、于泰庐，亦发其祖墓。彪佳捕治如法，而于延儒无所徇，延儒憾之。回道考核，降俸，寻以侍养归。家居九年，母服终，召掌河南道事。十六年佐大计，问遗莫敢及门。刷卷南畿，乞休，不允，便道还家。
北都变闻，谒福王于南京。王监国，或请登极。彪佳请发丧，服满议其仪，从之。高杰兵扰扬州，民奔避江南，奸民乘机剽兑攵，命彪佳往宣谕，斩倡乱者数人，一方遂安。迁大理寺丞，旋擢右佥都御史，巡抚江南。苏州诸生檄讨其乡官从贼者，奸民和之。少詹事项煜及大理寺正钱位坤、通政司参议宋学显、礼部员外郎汤有庆之家皆被焚劫。常熟又焚给事中时敏家，毁其三代四棺。彪佳请议从逆诸臣罪，而治焚掠之徒以加等，从之。
诏设厂卫缉事官。彪佳上言：“洪武初，官民有犯，或收系锦衣卫，高皇帝见非法凌虐，焚其刑具，送囚刑部。是祖制原无诏狱也。后乃以罗织为事，虽曰朝廷爪牙，实为权奸鹰狗。举朝尽知其枉，而法司无敢雪。惨酷等来、周，平反无徐、杜。此诏狱之弊也。洪武十五年改仪銮司为锦衣卫，耑掌直驾侍卫等事，未尝令缉事也。永乐间设立东厂，始开告密门。凶人投为厮役，赤手钜万。飞诬及于善良，招承出于私拷，怨愤满乎京畿。欲绝苞苴，而苞苴弥盛；欲清奸宄，而奸宄益多。此缉事之弊也。古者刑不上大夫。逆瑾用事，始去衣受杖。本无可杀之罪，乃蒙必死之刑。朝廷受愎谏之名，天下反归忠直之誉。此廷杖之弊也。”疏奏，乃命五城御史体访，而缉事官不设。
督辅部将刘肇基、陈可立、张应梦、于永绶驻京口，浙江入卫都司黄之奎亦部水陆兵三四千戍其地。之奎御军严。四将兵恣横，刃伤民，浙兵缚而投之江，遂有隙。已而守备李大开统浙兵斫镇兵马，镇兵与相击，射杀大开。乱兵大焚掠，死者四百人。彪佳至，永绶等遁去。彪佳劾治四将罪，赒恤被难家，民大悦。