瑾既得志，遂以事革韩文职，而杖责请留健、迁者给事中吕翀、刘郤及南京给事中戴铣等六人，御史薄彦徽等十五人。守备南京武靖伯赵承庆、府尹陆珩、尚书林瀚，皆以传翀、郤疏得罪，珩、瀚勒致仕，削承庆半禄。南京副都御史陈寿，御史陈琳、王良臣，主事王守仁，复以救铣等谪杖有差。瑾势日益张，毛举官僚细过，散布校尉，远近侦伺，使人救过不赡。因颛擅威福，悉遣党阉分镇各边。叙大同功，迁擢官校至一千五百六十余人，又传旨授锦衣官数百员。《通鉴纂要》成，瑾诬诸翰林纂修官誊写不谨，皆被谴，而命文华殿书办官张骏等改誊，超拜官秩。骏由光禄卿擢礼部尚书，他授京卿者数人，装潢匠役悉授官。创用枷法，给事中吉时，御史王时中，郎中刘绎、张玮，尚宝卿顾璿，副使姚祥，参议吴廷举等，并摭小过，枷濒死，始释而戍之。其余枷死者无数。锦衣狱徽纆相属。恶锦衣佥事牟斌善视狱囚，杖而锢之。府丞周玺、五官监候杨源杖至死。源初以皇变陈言，罪瑾者也。瑾每奏事，必侦帝为戏弄时。帝厌之。亟麾去曰：“吾用若何事，乃溷我！”自此遂专决，不复白。
二年三月，瑾召群臣跪金水桥南，宣示奸党，大臣则大学士刘健、谢迁，尚书则韩文、杨守随、张敷华、林瀚，部曹则郎中李梦阳，主事王守仁、王纶、孙磐、黄昭，词臣则检讨刘瑞，言路则给事中汤礼敬、陈霆、徐昂、陶谐、刘郤、艾洪、吕翀、任惠、李光翰、戴铣、徐蕃、牧相、徐暹、张良弼、葛嵩、赵士贤，御史陈琳、贡安甫、史良佐、曹闵、王弘、任诺、李熙、王蕃、葛浩、陆昆、张鸣凤、萧乾元、姚学礼、黄昭道、蒋钦、薄彦徽、潘镗、王良臣、赵佑、何天衢、徐珏、杨璋、熊卓、朱廷声、刘玉等，皆海内号忠直者也。又令六科寅入酉出，使不得息，以困苦之。令文臣毋辄予封诰，痛绳文吏。宁王宸濠图不轨，赂瑾求复护卫，瑾予之，濠反谋遂成。瑾不学，每批答章奏，皆持归私第，与妹婿礼部司务孙聪、华亭大猾张文冕相参决，辞率鄙冗，焦芳为润色之，东阳頫首而已。
当是时，瑾权擅天下，威福任情。有罪人溺水死，乃坐御史匡翼之罪。尝求学士吴俨贿，不得，又听都御史刘宇谗，怒御史杨南金，乃以大计外吏奏中，落二人职。授播州土司杨斌为四川按察使。令奴婿闾洁督山东学政。公侯勋戚以下，莫敢钧礼，每私谒，相率跪拜。章奏先具红揭投瑾，号红本，然后上通政司，号白本，皆称刘太监而不名。都察院奏谳误名瑾，瑾怒詈之，都御史屠滽率属跪谢乃已。遣使察核边仓，都御史周南、张鼐、马中锡、汤全、刘宪，布政以下官孙禄、冒政、方矩、华福、金献民、刘逊、郭绪、张翼，郎中刘绎、王荩等，并以赦前罪，下狱追补边粟，宪至瘐死。又察盐课，杖巡盐御史王润，逮前运使甯举、杨奇等。察内甲字库，谪尚书王佐以下百七十三人。复创罚米法，尝忤瑾者，皆擿发输边。故尚书雍泰、马文升、刘大夏、韩文、许进，都御史杨一清、李进、王忠，侍郎张缙，给事中赵士贤，任良弼，御史张津，陈顺、乔恕、聂贤、曹来旬等数十人悉破家，死者系其妻孥。
其年夏，御道有匿名书诋瑾所行事，瑾矫旨召百官跪奉天门下。瑾立门左诘责，日暮收五品以下官尽下狱。明日，大学士李东阳申救，瑾亦微闻此书乃内臣所为，始释诸臣。而主事何釴、顺天推官周臣、进士陆伸已暍死。是日酷暑，太监李荣以冰瓜啖群臣，瑾恶之。太监黄伟愤甚，谓诸臣曰：“书所言皆为国为民事，挺身自承，虽死不失为好男子，奈何枉累他人。”瑾怒，即日勒荣闲住，而逐伟南京。时东厂、西厂缉事人四出，道路惶惧。瑾复立内行厂，尤酷烈，中人以微法，无得全者。又悉逐京师客佣，令寡妇尽嫁，丧不葬者焚之，辇下汹汹几致乱。都给事中许天锡欲劾瑾，惧弗克，怀疏自缢。
瑾故急贿，凡入觐、出使官皆有厚献。给事中周钥勘事归，以无金自杀。其党张彩曰：“今天下所馈遗公者，非必皆私财，往往贷京师，而归则以库金偿。公奈何敛怨贻患。”瑾然之。会御史欧阳云等十余人以故事入赂，瑾皆举发致罪。乃遣给事、御史十四人分道盘察，有司争厚敛以补帑。所遣人率阿瑾意，专务搏击，劾尚书顾佐、侣钟、韩文以下数十人。浙江盐运使杨奇逋课死，至鬻其女孙。而给事中安奎、潘希曾，御史赵时中、阮吉、张彧、刘子厉，以无重劾下狱。奎、彧枷且死，李东阳疏救，始释为民。希曾等亦皆杖斥，忤意者谪斥有差。又矫旨籍故都御史钱钺、礼部侍郎黄景、尚书秦纮家。凡瑾所逮捕，一家犯，邻里皆坐，或瞰河居者，以河外居民坐之。屡起大狱，冤号遍道路。《孝宗实录》成，翰林预纂修者当迁秩，瑾恶翰林官素不下己，调侍讲吴一鹏等十六人南京六部。