十八年南巡，元节病，以仲文代。次卫辉，有旋风绕驾，帝问：“此何祥也？”对曰：“主火。”是夕行宫果火，宫人死者甚众。帝益异之，授神霄保国宣教高士，寻封神霄保国弘烈宣教振法通真忠孝秉一真人。明年八月欲令太子监国，专事静摄。太仆卿杨最疏谏，杖死，廷臣震慑。大臣争谄媚取容，神仙祷祀日亟。以仲文子世同为太常丞，子婿吴浚、从孙良辅为太常博士。帝有疾，既而瘳，喜仲文祈祷功，特授少保、礼部尚书。久之，加少傅，仍兼少保。仲文起筦库，不二岁登三孤，恩宠出元节上。乃请建雷坛于乡县，祝圣寿，以其徒臧宗仁为左至灵，驰驿往，督黄州同知郭显文监之。工稍稽，谪显文典史，遣工部郎何成代，督趋甚急，公私骚然。御史杨爵、郎中刘魁言及之。给事中周怡陈时事，有“日事祷祠”语。帝大怒，悉下诏狱，拷掠长系。吏部尚书熊浃谏乩仙，即命削籍。自是，中外争献符瑞，焚修、斋醮之事，无敢指及之者矣。
帝自二十年遭宫婢变，移居西内，日求长生，郊庙不亲，朝讲尽废，君臣不相接，独仲文得时见；见辄赐坐，称之为师而不名。心知臣下必议己，每下诏旨多愤疾之辞，廷臣莫知所指。小人顾可学、盛端明、朱隆禧辈，皆缘以进。其后，夏言以下冠香叶冠，积他衅至死。而严嵩以虔奉焚修蒙异眷者二十年。大同获谍者王三，帝归功上玄，加仲文少师，仍兼少傅少保。一人兼领三孤，终明世，惟仲文而已。久之，授特进光禄大夫柱国兼支大学士俸，荫子世恩为尚宝丞。复以圣诞加恩，给伯爵俸，授其徒郭弘经、王永宁为高士。时都御史胡缵宗下狱，株连数十人。二十九年春，京师灾异频见，帝以咨仲文。封言虑有冤狱，得雨方解。俄法司上缵宗等爰书，帝悉从轻典，果得雨。乃以平狱功，封仲文恭诚伯，岁禄千二百石，弘经、永宁封真人。仇鸾之追戮也，下诏称仲文功，增禄百石，荫子世昌国子生。三十二年，仲文言：“齐河县道士张演建大清桥，浚河得龙骨一，重千斤。又突出石沙一脉，长数丈，类有神相。”帝即发帑银助之。时建元岳湖广太和山，既成，遣英国公张溶往行安神礼，仲文偕顾可学建醮祈福。明年，圣诞，加恩，荫子锦衣百户。
帝益求长生，日夜祷祠，简文武大臣及词臣入直西苑，供奉青词。四方奸人段朝用、龚可佩、蓝道行、王金、胡大顺、蓝田玉之属，咸以烧炼符咒荧惑天子，然不久皆败，独仲文恩宠日隆重，久而不替，士大夫或缘以进。又创二龙不相见之说，青宫虚位者二十年。
三十五年，上皇考道号为三天金阙无上玉堂都仙法主玄元道德哲慧圣尊开真仁化大帝，皇妣号为三天金阙无上玉堂总仙法主玄元道德哲慧圣母天后掌仙妙化元君，帝自号灵霄上清统雷元阳妙一飞玄君，后加号九天弘教普济生灵掌阴阳功过大道思仁紫极仙翁一阳真人元虚玄应开化伏魔真忠孝帝君，再号太上大罗天仙紫极长生圣智昭灵统元证应玉虚总掌五雷大真人玄都境万寿帝君。明年，仲文有疾，乞还山，献上历年所赐蟒玉、金宝、法冠及白金万两。既归，帝念之不置，遣锦衣官存问，命有司以时加礼，改其子尚宝少卿世恩为太常丞兼道录司右演法，供事真人府。
仲文得宠二十年，位极人臣。然小心慎密，不敢恣肆。三十九年卒，年八十余。帝闻痛悼，葬祭视邵元节，特谥荣康惠肃。世恩后至太常卿。隆庆元年坐与王金伪制药物，下狱论死。仲文秩谥亦追削。
段朝用，合肥人。以烧炼干郭勋，言所化银皆仙物，用为饮食器，当不死。勋进之帝，帝大悦。仲文亦荐之，献万金助雷坛工费。帝嘉其忠，授紫府宣忠高士。朝用请岁进数万金以资国用，帝益喜。已而术不验，其徒王子岩攻发其诈。帝执子岩、朝用，付镇抚拷讯，朝用所献银，故出勋资。事既败，帝亦浸疏勋。明年，勋亦下狱，朝用乃胁勋贿，捶死其家人，复上疏渎奏。帝怒，遂论死。
龚可佩，嘉定人。出家昆山为道士，通晓道家神名，由仲文进。诸大臣撰青词者，时从可佩问道家故事，俱爱之，得为太常博士。帝命入西宫，教宫人习法事，累迁太常少卿。为中官所恶，诬其嗜酒，使使侦之，报可佩醉员外郎邵畯所。执下诏狱，并逮畯，俱杖六十。可佩杖死，尸暴潞河，为群犬所食，畯亦夺官。畯与可佩故无交，无敢白其枉者。
蓝道行以扶鸾术得幸，有所问，辄密封遣中官诣坛焚之，所答多不如旨。帝咎中官秽亵，中官惧，交通道行，启视而后焚，答始称旨。帝大喜，问：“今天下何以不治？”道行故恶严嵩，假乩仙言嵩奸罪。帝问：“果尔，上仙何不殛之？”答曰：“留待皇帝自殛。”帝心动，会御史邹应龙劾嵩疏上，帝即放嵩还。已，嵩诇知道行所为，厚赂帝左右，发其怙宠招权诸不法事。下诏狱，坐斩，死狱中。