嘉靖七年，土舍凤朝文作乱。杀同知以下官吏，劫州印，举兵与寻甸贼安铨合犯云南府，抚臣以闻。时安铨未平，朝文复起，滇中大扰。诏以右都御史伍文定为兵部尚书，提督云、贵、川、湖军务，调四镇土汉官军讨贼。五月，黔国公沐绍勋疏言：“臣奉命会同巡抚等调发官军，分道剿抚。诸贼抗逆，执留所遣官军二人，所调集各土舍，又重自疑畏。臣谨以便宜榜示，先给冠带，待后奏请承袭，众始感奋。于二月进兵，击斩强贼十余人，贼奔回武定。乞敕部授臣方略，俾获便宜行事，并宥各土舍往罪，凡有功者，俱许承袭，作其敌忾之气。”帝纳之，赐敕奖励。贼既败归，其党稍散。初，朝文绐其众，谓武定知府凤诏母子已戮，朝廷且尽剿武定蛮众。至是，凤诏同其母率众自会城往，蛮民相顾错愕，咸投凤诏降。朝文计无所出，绝普渡而走，官兵追及，复败之。朝文率家奴数人，取道沾益州，奔至东川之汤郎箐，为追兵所及，磔死。铨众犹盛，遁据寻甸故巢，列寨数十。官兵分哨夹攻之，诸寨先后破，乃并力攻拔其必古老巢。铨奔东川，入芒部，为土舍禄庆所执，贼平。是役也，生擒渠贼千余人，斩首二千九百余级，俘获男妇千二百余，抚散蛮党二万有奇，夺器械牛马无算。捷闻，铨、朝文皆枭示，籍其产，家属戍边。
十六年命土知府瞿氏掌印。初，府印自洪武以来俱掌于土官，正德间有司议以畀流官同知，土知府职专巡捕、征粮而已。及凤诏死，瞿氏以母袭子官，所辖四十七马头阿台等，数请以印属瞿氏。吏部覆言，系旧例，宜如其请，从之。
四十二年，瞿氏老，举凤诏妻索林自代。比索林袭，遂失事姑礼。瞿氏大恚，乃收异姓儿继祖入凤氏宗，挟其甥婿贵州水西土舍安国亨、四川建昌土官凤氏兵力，欲废索林，以继祖嗣。不克，乃具疏自称为索林囚禁，令继祖诣阙告之。继祖归，诈称受朝命袭职，驱目兵逼夺府印。索林抱印奔会城，抚按官谕解之。索林归武定，视事如故，而复听继祖留瞿氏所，于是妇姑嫌隙益甚。索林谋诛继祖，事泄，继祖遂大发兵围府，行劫和曲、禄劝等州县，杀伤调至土官王心一等兵。索林复抱印走云南，巡抚曹忭下令收印，逮其左右郑竤系狱，令瞿氏暂理府事；贷继祖，责其自新。
四十四年添设府通判一员。四十五年筑武定新城成，巡抚吕光洵遣郑竤回府复业。郑竤者，前为索林谋杀继祖者也。继祖执而杀之，纠众攻新城。临安通判胡文显督百户李鳌、土舍王德隆往援，至鸡溪子隘，遇伏，鳌及德隆俱死。佥事张泽督寻甸兵二千余驰救，亦败，泽及千户刘裕被执。镇巡官促诸道兵并进，逼继祖东山寨，围之。继祖惧，携泽及索林走照姑。已，复杀泽。官军追之急，由直勒渡过江，趋四川，依东川妇家阿科等。巡按刘思问以状闻，敕云南、四川会兵讨贼。
初，继祖之走东川也，土官凤氏与之通。已而见滇、蜀官军与土舍禄绍先等兵皆会，乃背继祖，发卒七千人来援，继祖益穷。贼帅者色赴绍先营降，斩继祖以献。姚县土官高继先复擒其余党，姚安府同知高钦及第钧，谋主赵士杰等皆伏诛。守臣议改设流官，犹不欲绝凤氏，授索林支属凤历子思尧经历，给庄百余。凤历以不得知府怨望，阴结四川七州及水西宣慰安国亨谋作乱。流官知府刘宗寅遣谕之，不听，遂聚众称思尧知府，夜袭府城。城中严备不能入，退屯鲁墟。宗寅夜出兵，砍其营，贼溃，追至马刺山，擒凤历，伏诛。
万历三十五年，继祖侄阿克久徙金沙江外，贼党郑举等诱阿克作乱，阴结江外会川诸蛮，直陷武定，大肆劫掠。连破元谋、罗次诸城，索府印。会流官知府携印会城，不能得。贼以无印难号召，劫推官，请冠带、印信。镇抚以兵未集，惧，差人以府印授之。贼退入武定，立阿克为知府。镇抚调集土兵，分五路进剿，克复武定、元谋、罗次、禄丰、嵩明等州县，擒阿克及其党至京师，砾于市。武定平，遂悉置流官。
寻甸，古滇国地，Ａ１刺蛮居之，号仲紥溢源部，后为乌蛮裔斯丁所夺，号斯丁部。蒙氏为寻甸，至段氏，改仁德部。元初，置仁德万户，后改府。洪武十五年定云南，仁德土官阿孔等贡马及方物，改为寻甸军民府。十六年，土官安阳来朝，贡马及虎皮、毡衫等物，诏赐衣服、锦绮、钞锭。十七年以寻甸土官沙琛为知府。二十三年置木密关守御千户所于寻甸之甸头易龙驿，又置屯田所于甸头里果马里，联络耕种，以为边备。是后，土官皆按期入贡。