永乐八年，大雅死，子宗鼎袭。初，宗鼎凶暴，与其副使黄禧构怨，奏讦累年。朝廷以田氏世守其土，又先归诚，曲与保全，改禧为辰州知府。未几，思州宣慰田琛与宗鼎争沙坑地有怨。禧遂与琛结，图宗鼎，构兵。琛自称天主，禧为大将，率兵攻思南。宗鼎挈家走，琛杀其弟，发其坟墓，并戮其母尸。宗鼎诉于朝，屡敕琛、禧赴阙自辨，皆拒命不至，潜使奸人入教坊司，伺隙为变。事觉，遣行人蒋廷瓒召之，命镇远侯顾成以兵压其境，执琛、禧械送京师，皆引服。琛妻冉氏尤强悍，遣人招诱台罗等寨苗普亮为乱，冀朝廷遣琛还招抚，以免死。帝闻而锢之。
以宗鼎穷蹙来归，得未减，令复职，还思南。而宗鼎必得报怨，以绝祸根。帝以宗鼎幸免祸，不自惩，乃更逞忿，亦留之。宗鼎出诽言，因发祖母阴事，谓与禧奸，实造祸本。祖母亦发宗鼎缢杀亲母渎乱人伦事。帝命刑部正其罪，谕户部尚书夏原吉曰：“琛、宗鼎分治思州、思南，皆为民害。琛不道，已正其辜。宗鼎灭伦，罪不可宥。其思州、思南三十九长官地，可更郡县，设贵州布政使司总辖之。”命顾成剿台罗诸寨。成斩苗贼普亮，思州乃平。十二年遂分其地为八府四州，贵州为内地，自是始。两宣慰废，田氏遂亡。
正统初，蛮夷长官司奏土官衙门婚姻，皆从土俗，乞颁恩命。帝以土司循袭旧俗，因亲结婚者，既累经赦宥不论，继今悉依朝廷礼法，违者罪之。景泰间，思南府奏府四面皆山，关隘五处，无城可守，乞发附近土军修筑。命巡抚王来经画之。
镇远，故为竖眼大田溪洞。元初，置镇远沿边溪洞招讨使，后改为镇远府。洪武五年改为州，隶湖广。永乐十一年仍改府，属贵州。领长官司二：曰遍桥，曰邛水十五洞。领县二：曰镇远，即金容金达、杨溪公俄二长官司地；曰施秉，即施秉长官司地也。洪武二十年，土官赵士能来朝，贡马。三十年，镇远鬼长菁等处苗民作乱，指挥万继、百户吴彬战死。都指挥许能率兵会偏桥卫军击败之，众散走。永乐初，镇远长官何惠言：“每岁修治清浪、焦溪、镇远三桥，工费浩大。所部临溪部民，皆佯、儣、亻苗、佬，力不胜役，乞令军民参助。”从之。
宣德初，镇远邛水奥洞蛮苗章奴劫掠清浪道中，为思州都坪峨异溪长官司所获。其父苗银总劫取之，聚兵欲攻思州。因令赤溪洞长官杨通谅往抚，银总伏兵杀谅，又掠埂洞。命总兵官萧授调辰、沅诸卫兵万四千人剿之，会于清浪卫，指挥张名讨银总，克奥洞，尽杀其党，银总遁。正统三年革镇远州，以镇远、施秉二长官司隶镇远府。十二年，巡按御史虞祯奏：“贵州蛮贼出没，抚之不从，捕之不得，若非设策，难以控制。臣观清水江等处，峭壁层崖，仅通一径出入，彼得恃险为恶。若将江外山口尽行闭塞，江内山口并津渡俱设关堡，屯兵守御，又择寨长有才干者为办事官，庶毋疏虞。”从之。十四年命振偏桥卫，以被苗寇杀掠，不能自存，有司以请，从之。
天顺七年，镇守湖广太监郭闵奏：“贵州洪江贼苗虫虾等纠合二千余人，伪称王侯，攻劫镇远屯寨。抚谕不服，请合兵进讨。”命总兵官李震、李安等分道入，贼退守平坤寨，官兵追至清水江，获虫虾，并斩贼首飞天侯、苗老底、额头等六百四十余人，并复黎平之赤溪湳洞，贼平。弘治十年改镇远金容金达长官司为镇远州，设流官。时土官碖父子罪死，土人思得流官，守臣以闻，报可。
万历末，邛水长官司杨光春贪暴，土目彭必信济之箕敛。苗不堪，将上诉改设流官，光春与必信遂谋反，言官兵欲剿诸苗，当敛金赎，得金五百余。都御史何起鸣诇知之，捕光春下狱，瘐死。于是每四户择壮兵一人，立四哨，不为兵者佐糗粮鱼盐，简土吏何文奎等掌之。必信复醵诸苗金，诉于朝，言巴也、梁止诸寨为乱，指挥使陶效忠不问，反索土官杨光春金而杀之。改旧例用新法，不便。书上，意自得，归谒知府王一麟。一麟缚之下狱，檄诸苗，言：“若等十五洞所苦者，以兵饷月米三斗过甚耳。然岁给白虫铺米，每洞月八斗，他于平溪驿剩余征银两，皆可足饷。我为若通之，毋为必信所诬。”苗皆悦服，乃坐必信罪。时有土舍杨载清者应袭推官，尝中贵州乡试，命于本卫加俸级优异之。
天启五年，巡抚傅宗龙奏：“苗寇披猖，地方受害，乞敕偏沅抚臣移镇偏桥，勿复回沅，凡思、石、偏、镇等处俾练兵万余人，平时以之剿苗，大征即统为督臣后劲，庶苗患宁而西贼之气亦渐夺矣。”报可。