成化十八年，土知府黄道奏所辖思明州土官孙黄义为族人黄绍所杀，乞发兵捕剿。帝命两广守臣区处以闻。
弘治十年，况村贼黄绍侵占思明、上石、下石三州，复谋杀知府黄道父子。道妻赵氏累诉于朝，且谓屡经委官勘问，俱被赂免，乞发兵诛之。十一年，绍集众数千人焚劫乡村，据三州，屡抚不下，总镇请发兵捕剿。嘉靖四十一年，以剿平瑶、僮功，命土官知州男黄承祖暂袭本职。隆庆四年，忠州土官黄贤相等据南宁府属四都地作乱，永康典史李材计诱其党，缚贤相以降。万历十六年，思明州土官黄拱圣谋夺袭，杀其母兄拱极等五人。而思明知府黄承祖乘乱掠村寨，为之援。按臣请以拱圣及诸凶正法，思明州改属流府，革承祖冠带，立功自赎，而追其所掠；更令族人黄恩护拱极妻许氏抚遗孤世延，待其长官之。
三十三年，总督戴耀奏：“思明叛目已擒，土官黄应雷纵仆起衅，弃印而逃，断难复官。黄应宿争地，杀戮六哨成仇，且系义子，不应袭职。黄应聘系承祖幼子，人心推戴，似应承袭知府，以存黄氏宗祀。但年甫七岁，暂令流官同知署府事，待至十五岁，交印接管。应雷既废，不宜同城，应降为土舍，其后永袭土舍，给田养赡，制其出入。应宿仍管故业，俱属思明府节制。于府治设教授一员，量给廪生六名，其寄附太平府者，悉归本学，嗣后续增其祭祀廪饩之用，则地方可安，文教可兴。”诏悉从之。
崇祯十一年，总督张镜心疏报土官杀职官思明州黄日章、黄德志等，鼓众叛逆。帝令速擒首恶以靖地方。论者以黄矰神奸，身逭大盩，世济其凶，传及四世，犹并思明州而有之，王纲隳矣。然骨肉相屠，至是四见，盖天道云。
思明州，东抵思明府，西抵交阯界，南抵西平州，北抵龙英州。土官黄姓，与思明府同族。洪武初，黄君寿归附，授世袭知州，属思明府，后为黄矰所并。万历十六年，黄拱圣之乱，改属太平。
上石西州，宋属永平寨，元属思明路。明初属思明府，至万历三十八年改属太平府。州更土官赵氏、何氏、黄氏凡三姓，皆绝，始改流官。下石西州，宋分石西州置，元属思明路。洪武二年，土官闭贤归附。授世袭知州，设流官吏目佐之。
忠州，宋置，隶邕州。元属思明路。洪武初，土官黄威庆率子中谨归附，授威庆江州知州，中谨忠州知州，皆世袭，设流官同知吏目佐之。其邻地有四峒者，界于南宁、思明、忠江之间，思明、忠州屡肆侵夺。副使翁万达议改峒名四都，隶之南宁，地方稍定。隆庆三年冬，思明府土官黄承祖奏取四都地，忠州土官黄贤相争之，遂擅立总管诸名目，分兵数千戍守，因纵令剽掠，为祸甚烈。佥事谭惟鼎调永康典史李材以计擒贤相，毙之于狱。议改流官，不果，遂改隶州于南宁，仍以州印予贤相子有瀚，俾袭职。
凭祥，宋为凭祥洞，属永平寨，元属思明路。洪武十八年，土蛮李升归附。置凭祥镇，授升巡检，属思明府。永乐二年置县，以升为知县。成化八年升为州，以升孙广宁为知州，直隶布政司。广宁有十子，广宁死，诸子争立不决，凡三四年，乃以孙珠袭知州职。嘉靖十年，珠死，族弟珍、珏争立，珍挈印走况村，珏摄州事。十四年，州目李清、赵琪等谋纳珍，许思明府黄朝以州属之。朝遂以兵纳珍于凭祥，珏奔罄柳。既珍悔属思明，与朝隙，朝乃以外妇所生子时芳，诡云广宁孙，以兵千人纳之。时珍淫纵，为部民所怨，于是广宁季子寰以尊属谋废立。十七年，寰遂杀珍而附于安南，莫登庸藉为向导。总督蔡经属副使翁万达擒之，论死。于是珏与时芳复争立，时芳倚思明势，州民皆右之。万达黜珏而论时芳死，更立李佛嗣珍为知州，凭祥遂定。
思恩，汉属交阯。唐为思恩州，属邕，乃澄州止戈县地。宋开宝间，废澄州，以止戈、贺水、无虞三县省入上林。治平间，以上林之止戈入武缘，隶邕。无属田州路。历代羁縻而已。
明洪武二十二年，田州府知府岑坚遣其子思恩州知州永昌贡方物。二十八年，归德州土官黄碧言，思恩州知州岑永昌既匿五县民，不供赋税，仍用故元印章。帝以不奉朝命，命左都督杨文相机讨之，既以荒远不问。永乐初，改属布政司，时居民仅八百户。永昌死，子瑛袭。宣德二年，瑛遣弟璥贡马。正统三年进瑛职为知府，仍掌州事。瑛有谋略，善治兵，从征蛮寇，屡有功，故有是命。因与知府岑绍交恶，各具奏，下总兵官及三司议。于是安远侯柳溥等请升思恩为府，俾瑛、绍各守疆土，以杜侵争，从之。六年，瑛受属挟诈事觉，帝以土蛮宥不问，令法司移文戒之。瑛以府治僻隘，桥利堡正当瑶寇出没之所，且有城垣公廨，乞徙置，许之。以思恩府为思恩军民府。十二年设儒学，置教授一员，训导四员，俱从瑛请也。