成祖从燕起靖难，患宁王蹑其后，自永平攻大宁，入之。谋胁宁王，因厚赂三卫说之来。成祖行，宁王饯诸郊，三卫从，一呼皆起，遂拥宁王西入关。成祖复选其三千人为奇兵，从战。天下既定，徙宁王南昌，徙行都司于保定，遂尽割大宁地畀三卫，以偿前劳。
帝践阼初，遣百户裴牙失里等往告。永乐元年复使指挥萧尚都赍敕谕之。明年夏，头目脱儿火察等二百九十四人随尚都来朝贡马。命脱儿火察为左军都督府都督佥事，哈儿兀歹为都指挥同知，掌朵颜卫事；安出及土不申俱为都指挥佥事，掌福余卫事；忽剌班胡为都指挥佥事，掌泰宁卫事；余三百五十七人，各授指挥、千百户等官。赐诰印、冠带及白金、钞币、袭衣。自是，三卫朝贡不绝。三年冬，命来朝头目阿散为泰宁卫掌卫事、都指挥佥事，其朵儿朵卧等各升赏有差。
四年冬，三卫饥，请以马易米。帝命有司第其马之高下，各倍价给之。久之，阴附鞑靼掠边戍，复假市马来窥伺。帝下诏切责，令其以马赎罪。十二年春，纳马三千于辽东，帝敕守将王真，一马各予布四匹。已，复叛附阿鲁台。二十年，帝亲征阿鲁台还，击之，大败其众于屈烈河，斩馘无算，来降者释勿杀。
仁宗嗣位，诏三卫许自新。洪熙元年，安出奏其印为寇所夺，请更给，许之。冬，三卫头目阿者秃来归，授千户，赐钞币、袭衣、鞍马，仍命有司给供具。自后来归者，悉如例。
宣宗初，三卫掠永平、山海间，帝将亲讨之，三卫头目皆谢罪入贡，抚纳之如初。七年更给泰宁卫印。秋，以朵颜头目哈剌哈孙、福余头目安出、泰宁头目脱火赤等恭事朝廷久，加赐织金彩币表里有差。
正统间，屡寇辽东、大同、延安境。独石守备杨洪击败之，擒其头目朵栾帖木儿。未几，复附瓦剌也先，泰宁拙赤妻也先以女，皆阴为之耳目。入贡辄易名，且互用其印，又东合建州兵入广宁前屯。帝恶其反覆，九年春，命成国公朱勇偕恭顺侯吴克忠出喜峰，兴安伯徐亨出界岭，都督马亮出刘家口，都督陈怀出古北，各将精兵万人，分剿之。勇等捕其扰边者致阙下，并夺回所掠人畜。
拙赤等拘肥河卫使人杀之，肥河卫头目别里格与战于格鲁坤迭连，拙赤大败。瓦剌复分道截杀，建州亦出兵攻之，三卫大困。
十二年春，总兵曹义、参将胡源、都督焦礼等分巡东边，值三卫入寇，击之，斩三十二级，擒七十余人。其年，瓦剌赛刊王复击杀朵颜乃儿不花，大掠以去。也先继至，朵颜、泰宁皆不支，乞降，福余独走避脑温江，三卫益衰。畏瓦剌强，不敢背，仍岁来致贡，止以利中国赐赉；又心衔边将剿杀，故常潜图报复。
十四年夏，大同参将石亨等复击其盗边者于箭溪山，擒斩五十人，三卫益怨。秋，导瓦剌大入，英宗遂以是役北狩。
景泰初，朝廷仍遣使抚谕。三卫受也先旨，数以非时入贡，多遣使往来伺察中国。既而也先虐使之，复逼徙朵颜所部于黄河母纳地，三卫皆不堪，遂阴输瓦剌情于中国，请得近边屯驻。旧制，三卫每岁三贡，其贡使俱从喜峰口验入，有急报则许进永平。时三卫使有自独石及万全右卫来者。边臣以为言，敕止之。天顺中，尝乘间掠诸边，复窃通鞑靼孛来，每为之乡导。所遣使与孛来使臣偕见。中国待鞑靼厚，请加赏不得，大忿，遂益与孛来相结。
成化元年，头目朵罗干等以兵从孛来，大入辽河。已，复西附毛里孩，东合海西兵，数入塞。又时独出没广宁、义州间。九年，辽东总兵欧信以偏将韩斌等败之于兴中，追及麦州，斩六十二级，获马畜器械几数千。其年，喜峰守将吴广以贪贿失三卫心，三卫入犯，广下狱死。明年复掠开原，庆云参将周俊击退之。
十四年诏复三卫马市。初，国家设辽东马市三，一城东，一广宁，皆以待三卫。正统间，以其部众屡叛，罢之。会鞑靼满都鲁暴强，侵掠三卫，三卫头目皆走避塞下。数饥困，请复马市再四，不许。至是巡抚陈钺为帝言，始许之。满都鲁死，亦思马因主兵柄，三卫复数为所窘。
二十二年，鞑靼别部那孩拥三万众入大宁、金山，涉老河，攻杀三卫头目伯颜等，掠去人畜以万计。三卫乃相率携老弱，走匿边圉。边臣刘潺以闻，诏予刍粮优飖之。
弘治初，常盗掠古北、开原境，守臣张玉、总兵李杲等以计诱斩其来市者三百人，遂北结脱罗干，请为复仇，数寇广宁、宁远诸处。时海西尚古者，以不得通贡叛中国，数以兵阻诸蕃入贡，诸蕃并衔之。朝廷旋许尚古纳款，抚宁猛克帖木儿等皆以尚古为辞，入寇辽阳，杀掠甚众。鞑靼小王子屡掠三卫，三卫因各叩关输罪，朝廷许之，然阳为恭顺而已。